D3HOM Version 5/13/91 X-axis: >HUMRSA16 Y-axis: >HUMRSA16 SIMILARITY RANGE: 10 MIN.PERCENT SIMILARITY: 60 SCALE FACTOR: 0.95 COMPRESSION: 20
|---- AluI family sequence ---| |-- eight 66bp repeats ---| 200 400 600 800 1000 1200 A . . . . . . A R . . . . . . A . . T . . . . R A . . . . . . A . . S . . . . A . . T U . . . . A . T . . . . . A . . . . . . A. . S . . . . 200 .........A......R........................................... .A TLT. . . . . . A J . . . . . . A T .T . . . . T . A . KK . . . . . A . KO . . . U . . T A R. T . . . . RT A . . . . . .LJ A . . . . . .T R AT . T . . 400 ..................TA........................................ . T .A . . . . . K . A . . . . T . KK . AA . . . . . O . AA . . . . T . . A . . . . S . T . A . . . . S. . A . . . . U . . A . . . . . . ARNU U PU QQ QOU SR QTR U . 600 ............................RAHFOJJ.FF.KHJNHITJD.EFSJJI..... . . NHAJIGD DATKALQEDTHAQFAJIDK . . . UFJA CDCCAAICC FDCHCHDADEHD . . . OI ATLAAIAAIAAPLA ICCIDAL O . . . JGCTADUACJJCATDH DF FDJCDJ . . . UJDDLDA HDDIDAJFF JDKHDHFFK T. . . . CAU A AA AAUFA CC DA OO . . . PFDCAAH ACJHGEFFDQHCSDAEAHF . . . UFAAICD CARIACQDDTFATDADEDD . . . .TAAJDAJRA.LAAIDAL CHLDCTFO . 800 ..................T.........QKKIAJIAHI.ATKADKCHMCCKNCMOP.... . . QHACICD GALTANQAD DA CANECF . . . JLCAAAAECAKNA HFCHGFFEFCFI . . . QNQ ATJAFQAAQ A TAOQCCQDCT O . . . OHEFPDFUFDIDAH AK DE AALKFM . . . UIDDLHFFDDDKDFTKA MDFHDDKFF U. . . TTCA AQTAC CA A CI DCTKO . . . SJHH DJ HFLHDHODM AL DDLJFO . . . RDACIFD CA MAGQED LA HADGCF . . . .QHC KCSTCC FC FC A. AA HM U. 1000 ............................QEFDCFHCDDHCCFCAHIDH.AFICHJU.... . . TFAAIDD AALKAEQAD DA FATGCD . . . RSJDDJHDEDDNNFDLDDLDAITA MD S. . . JIEACFAAECCECCKKCJGACG AKKM . . . JDHLDF HDTMCFTFFTFC HCMKAM . . . UIKD JKOFDFOFI MFKOFHJDDKMA U. . U . . O O OP O O MU M AQ . . . . . . QA . . . . . . A . . . . T . U U. S U A. 1200 ...........................................................A