/*	20-June-1986	universal pam file */

#ifndef XTERNAL

#ifndef GAP_OPEN
int gdelval= -12;
#else
int gdelval= -10;
#endif
int del_set=0;

int ggapval= -2;
int gap_set=0;

int gshift = -30;
int shift_set=0;

#define EOSEQ 31
#define MAXSQ 32

char qsqnam[]={"aa"};
char sqnam[]={"aa"};
char sqtype[]={"protein"};

char *sq;
char aa[MAXSQ] = {"ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX"};

int naa = 23;
int nsq;

int haa[MAXSQ] = {0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,2,6,0};
int *hsq;

int apam250[450] = {
  2,
 -2, 6,
  0, 0, 2,
  0,-1, 2, 4,
 -2,-4,-4,-5,12,
  0, 1, 1, 2,-5, 4,
  0,-1, 1, 3,-5, 2, 4,
  1,-3, 0, 1,-3,-1, 0, 5,
 -1, 2, 2, 1,-3, 3, 1,-2, 6,
 -1,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-3,-2, 5,
 -2,-3,-3,-4,-6,-2,-3,-4,-2, 2, 6,
 -1, 3, 1, 0,-5, 1, 0,-2, 0,-2,-3, 5,
 -1, 0,-2,-3,-5,-1,-2,-3,-2, 2, 4, 0, 6,
 -4,-4,-4,-6,-4,-5,-5,-5,-2, 1, 2,-5, 0, 9,
  1, 0,-1,-1,-3, 0,-1,-1, 0,-2,-3,-1,-2,-5, 6,
  1, 0, 1, 0, 0,-1, 0, 1,-1,-1,-3, 0,-2,-3, 1, 2,
  1,-1, 0, 0,-2,-1, 0, 0,-1, 0,-2, 0,-1,-3, 0, 1, 3,
 -6, 2,-4,-7,-8,-5,-7,-7,-3,-5,-2,-3,-4, 0,-6,-2,-5,17,
 -3,-4,-2,-4, 0,-4,-4,-5, 0,-1,-1,-4,-2, 7,-5,-3,-3, 0,10,
  0,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-1,-2, 4, 2,-2, 2,-1,-1,-1, 0,-6,-2, 4,
  0,-1, 2, 3,-4, 1, 2, 0, 1,-2,-3, 1,-2,-5,-1, 0, 0,-5,-3,-2, 2,
  0, 0, 1, 3,-5, 3, 3,-1, 2,-2,-3, 0,-2,-5, 0, 0,-1,-6,-4,-2, 2, 3,
 -1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1};

int apam120[450] = {
  3,
 -3, 6,
  0,-1, 4,
  0,-3, 2, 5,
 -3,-4,-5,-7, 9,
 -1, 1, 0, 1,-7, 6,
  0,-3, 1, 3,-7, 2, 5,
  1,-4, 0, 0,-5,-3,-1, 5,
 -3, 1, 2, 0,-4, 3,-1,-4, 7,
 -1,-2,-2,-3,-3,-3,-3,-4,-4, 6,
 -3,-4,-4,-5,-7,-2,-4,-5,-3, 1, 5,
 -2, 2, 1,-1,-7, 0,-1,-3,-2,-2,-4, 5,
 -2,-1,-3,-4,-6,-1,-4,-4,-4, 1, 3, 0, 8,
 -4,-4,-4,-7,-6,-6,-6,-5,-2, 0, 0,-6,-1, 8,
  1,-1,-2,-2,-3, 0,-1,-2,-1,-3,-3,-2,-3,-5, 6,
  1,-1, 1, 0,-1,-2,-1, 1,-2,-2,-4,-1,-2,-3, 1, 3,
  1,-2, 0,-1,-3,-2,-2,-1,-3, 0,-3,-1,-1,-4,-1, 2, 4,
 -7, 1,-5,-8,-8,-6,-8,-8,-5,-7,-5,-5,-7,-1,-7,-2,-6, 12,
 -4,-6,-2,-5,-1,-5,-4,-6,-1,-2,-3,-6,-4, 4,-6,-3,-3,-1, 8,
  0,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-2,-3, 3, 1,-4, 1,-3,-2,-2, 0,-8,-3, 5,
  1,-1, 4, 5,-4, 1, 3, 1, 2,-2,-3, 1,-3,-4,-1, 1, 1,-5,-2,-2, 6,
  0, 0, 1, 3,-6, 5, 5,-1, 2,-2,-2, 0,-1,-5, 0, 0,-1,-6,-4,-2, 4, 6,
 -1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1};

int abl50[] = {
  5,
 -2, 7,
 -1,-1, 7,
 -2,-2, 2, 8,
 -1,-4,-2,-4,13,
 -1, 1, 0, 0,-3, 7,
 -1, 0, 0, 2,-3, 2, 6,
  0,-3, 0,-1,-3,-2,-3, 8,
 -2, 0, 1,-1,-3, 1, 0,-2,10,
 -1,-4,-3,-4,-2,-3,-4,-4,-4, 5,
 -2,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-4,-3, 2, 5,
 -1, 3, 0,-1,-3, 2, 1,-2, 0,-3,-3, 6,
 -1,-2,-2,-4,-2, 0,-2,-3,-1, 2, 3,-2, 7,
 -3,-3,-4,-5,-2,-4,-3,-4,-1, 0, 1,-4, 0, 8,
 -1,-3,-2,-1,-4,-1,-1,-2,-2,-3,-4,-1,-3,-4,10,
  1,-1, 1, 0,-1, 0,-1, 0,-1,-3,-3, 0,-2,-3,-1, 5,
  0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 2, 5,
 -3,-3,-4,-5,-5,-1,-3,-3,-3,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-4,-3,15,
 -2,-1,-2,-3,-3,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2, 0, 4,-3,-2,-2, 2, 8,
  0,-3,-3,-4,-1,-3,-3,-4,-4, 4, 1,-3, 1,-1,-3,-2, 0,-3,-1, 5,
 -2,-1, 4, 5,-3, 0, 1,-1, 0,-4,-4, 0,-3,-4,-2, 0, 0,-5,-3,-4, 5,
 -1, 0, 0, 1,-3, 4, 5,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-4,-1, 0,-1,-2,-2,-3, 2, 5,
 -1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1, 0,-3,-1,-1,-1,-1,-1};

int abl62[] = {
  4,
 -1, 5,
 -2, 0, 6,
 -2,-2, 1, 6,
  0,-3,-3,-3, 9,
 -1, 1, 0, 0,-3, 5,
 -1, 0, 0, 2,-4, 2, 5,
  0,-2, 0,-1,-3,-2,-2, 6,
 -2, 0, 1,-1,-3, 0, 0,-2, 8,
 -1,-3,-3,-3,-1,-3,-3,-4,-3, 4,
 -1,-2,-3,-4,-1,-2,-3,-4,-3, 2, 4,
 -1, 2, 0,-1,-3, 1, 1,-2,-1,-3,-2, 5,
 -1,-1,-2,-3,-1, 0,-2,-3,-2, 1, 2,-1, 5,
 -2,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-1, 0, 0,-3, 0, 6,
 -1,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-4, 7,
  1,-1, 1, 0,-1, 0, 0, 0,-1,-2,-2, 0,-1,-2,-1, 4,
  0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 5,
 -3,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-3,-2,11,
 -2,-2,-2,-3,-2,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2,-1, 3,-3,-2,-2, 2, 7,
  0,-3,-3,-3,-1,-2,-2,-3,-3, 3, 1,-2, 1,-1,-2,-2, 0,-3,-1, 4,
 -2,-1, 3, 4,-3, 0, 1,-1, 0,-3,-4, 0,-3,-3,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 4,
 -1, 0, 0, 1,-3, 3, 4,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 1, 4,
  0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1};

int abl80[450] = {
  5,
 -2, 6,
 -2,-1, 6,
 -2,-2, 1, 6,
 -1,-4,-3,-4, 9,
 -1, 1, 0,-1,-4, 6,
 -1,-1,-1, 1,-5, 2, 6,
  0,-3,-1,-2,-4,-2,-3, 6,
 -2, 0, 0,-2,-4, 1, 0,-3, 8,
 -2,-3,-4,-4,-2,-3,-4,-5,-4, 5,
 -2,-3,-4,-5,-2,-3,-4,-4,-3, 1, 4,
 -1, 2, 0,-1,-4, 1, 1,-2,-1,-3,-3, 5,
 -1,-2,-3,-4,-2, 0,-2,-4,-2, 1, 2,-2, 6,
 -3,-4,-4,-4,-3,-4,-4,-4,-2,-1, 0,-4, 0, 6,
 -1,-2,-3,-2,-4,-2,-2,-3,-3,-4,-3,-1,-3,-4, 8,
  1,-1, 0,-1,-2, 0, 0,-1,-1,-3,-3,-1,-2,-3,-1, 5,
  0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-1,-1,-2,-2, 1, 5,
 -3,-4,-4,-6,-3,-3,-4,-4,-3,-3,-2,-4,-2, 0,-5,-4,-4,11,
 -2,-3,-3,-4,-3,-2,-3,-4, 2,-2,-2,-3,-2, 3,-4,-2,-2, 2, 7,
  0,-3,-4,-4,-1,-3,-3,-4,-4, 3, 1,-3, 1,-1,-3,-2, 0,-3,-2, 4,
 -2,-2, 4, 4,-4, 0, 1,-1,-1,-4,-4,-1,-3,-4,-2, 0,-1,-5,-3,-4, 4,
 -1, 0, 0, 1,-4, 3, 4,-3, 0,-4,-3, 1,-2,-4,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 0, 4,
 -1,-1,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-1,-2,-1,-1,
 -1,-1,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-1,-2,-1,-1, 6};

int a_md10[450]= {
 11,
-12, 12,
-12,-13, 13,
-11,-18, -3, 12,
-13,-10,-14,-20, 17,
-13, -5,-11,-13,-19, 13,
-10,-15,-12, -2,-22, -5, 12,
 -8, -9,-11, -9,-12,-16, -9, 11,
-16, -5, -5,-10,-12, -3,-15,-16, 16,
-13,-17,-14,-19,-17,-20,-19,-21,-18, 12,
-15,-14,-19,-21,-16,-12,-20,-21,-13, -7, 10,
-14, -2, -6,-15,-21, -6, -8,-15,-13,-17,-18, 12,
-13,-14,-15,-18,-15,-14,-18,-19,-15, -4, -4,-12, 16,
-18,-22,-19,-22,-11,-22,-23,-22,-14,-11, -6,-23,-14, 14,
 -7,-12,-17,-18,-18, -8,-17,-16,-10,-19,-10,-16,-17,-17, 13,
 -5,-10, -4,-12, -7,-13,-15, -7,-11,-14,-13,-13,-15,-11, -6, 11,
 -4,-12, -7,-14,-14,-13,-15,-14,-13, -7,-16,-10, -7,-19, -9, -4, 12,
-21, -9,-21,-21,-10,-17,-21,-13,-21,-21,-13,-21,-17,-13,-21,-15,-18, 18,
-20,-17,-12,-13, -7,-16,-21,-20, -3,-15,-16,-20,-17, -3,-20,-12,-17,-12, 15,
 -6,-17,-17,-15,-12,-17,-14,-13,-19, -1, -8,-18, -5,-12,-16,-14,-10,-16,-18, 11,
-12,-15,  5,  5,-17,-12, -7,-10, -7,-16,-20,-11,-17,-21,-17, -8,-10,-22,-13,-16, 13,
-16,-18,-17, -8,-32,  1,  9,-17,-17,-29,-26,-11,-24,-34,-21,-21,-21,-29,-29,-22, -9, 13,
 -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1};

int a_md20[450] = {
 10,
-10, 12,
 -9,-10, 13,
 -8,-14, -1, 12,
-10, -7,-11,-16, 17,
-10, -3, -8, -9,-16, 13,
 -7,-11, -9,  1,-19, -3, 11,
 -5, -6, -8, -6, -9,-12, -7, 11,
-12, -3, -2, -7, -9,  0,-12,-13, 15,
-10,-14,-11,-16,-14,-16,-16,-17,-14, 12,
-12,-11,-15,-18,-13, -9,-17,-18,-10, -4, 10,
-11,  0, -4,-12,-17, -3, -5,-12, -9,-14,-15, 12,
 -9,-11,-12,-15,-12,-11,-15,-16,-12, -1, -2, -9, 15,
-15,-19,-16,-19, -8,-18,-20,-19,-11, -8, -4,-19,-10, 13,
 -5, -9,-13,-15,-14, -5,-14,-12, -7,-15, -7,-13,-14,-14, 12,
 -2, -8, -1, -9, -4,-10,-12, -5, -8,-11,-10,-10,-12, -8, -3, 10,
 -1, -9, -4,-11,-10,-10,-12,-11,-10, -4,-12, -7, -4,-15, -7, -1, 11,
-17, -6,-18,-18, -7,-14,-18,-10,-17,-17,-10,-17,-14,-10,-18,-12,-15, 18,
-16,-14, -9,-11, -4,-12,-18,-17,  0,-12,-12,-17,-14,  0,-16, -9,-13, -9, 14,
 -3,-14,-14,-12, -9,-14,-11,-11,-15,  2, -5,-15, -2, -9,-13,-11, -7,-13,-14, 11,
 -9,-12,  6,  6,-14, -9, -4, -7, -4,-13,-17, -8,-13,-18,-14, -5, -7,-19,-10,-13, 12,
-12,-13,-13, -4,-27,  4, 10,-13,-12,-24,-21, -6,-20,-29,-17,-17,-17,-24,-24,-18, -6, 12,
 -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1 };

int a_md40[450] = {
  9,
 -7, 11,
 -6, -6, 12,
 -6,-10,  1, 11,
 -7, -5, -8,-13, 16,
 -7,  0, -5, -6,-12, 12,
 -5, -8, -5,  3,-15,  0, 11,
 -3, -4, -5, -4, -7, -9, -4, 10,
 -9,  0,  0, -4, -6,  2, -8,-10, 14,
 -6,-10, -8,-12,-11,-12,-12,-13,-11, 11,
 -9, -9,-12,-14,-10, -6,-13,-14, -7, -1,  9,
 -8,  3, -1, -8,-12, -1, -3, -9, -6,-11,-12, 11,
 -6, -8, -9,-12, -9, -8,-11,-12, -9,  1,  1, -7, 14,
-11,-15,-12,-15, -5,-14,-16,-15, -7, -5, -1,-16, -7, 13,
 -2, -6, -9,-11,-11, -3,-11, -9, -4,-11, -5,-10,-10,-11, 12,
  0, -5,  1, -6, -2, -7, -8, -2, -6, -8, -7, -7, -8, -6, -1,  9,
  1, -6, -2, -8, -7, -7, -8, -7, -7, -2, -9, -5, -2,-11, -4,  1, 10,
-14, -4,-14,-15, -4,-11,-15, -7,-13,-13, -8,-13,-11, -7,-14, -9,-12, 18,
-13,-10, -6, -8, -2, -9,-14,-13,  2, -9, -9,-13,-11,  2,-13, -7,-10, -6, 14,
 -1,-11,-10, -9, -7,-11, -8, -8,-12,  4, -2,-12,  0, -6, -9, -7, -4,-10,-11, 10,
 -6, -8,  6,  6,-10, -6, -1, -4, -2,-10,-13, -5,-10,-14,-10, -3, -5,-15, -7,-10, 11,
 -8, -8, -8,  0,-21,  6, 10, -8, -7,-18,-16, -3,-15,-23,-12,-12,-12,-19,-18,-14, -3, 11,
 -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1};

/*	DNA alphabet

	A, C, G, T U
	R, Y
	M (A or C)	6
	W (A or T)	7
	S (C or G)	8
	K (G or T)	9
	D (not C)	10
	H (not G)	11
	V (not T)	12
	B (not A)	13
	N X 		14
*/

char nt[MAXSQ]={"ACGTURYMWSKDHVBNX"};

int nnt = 17;

int hnt[MAXSQ] = {0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,0,0};

int npam[450] = {
/*       A  C  G  T  U  R  Y  M  W  S  K  D  H  V  B  N  X  */
	 5,						/* A */
	-4, 5,						/* C */
	-4,-4, 5,					/* G */
	-4,-4,-4, 5,					/* T */
	-4,-4,-4, 5, 5,					/* U */
	 2,-1, 2,-1,-1, 2,				/* R (A G)*/
	-1, 2,-1, 2, 2,-2, 2,				/* Y (C T)*/
	 2, 2,-1,-1,-1,-1,-1, 2,			/* M (A C)*/
	 2,-1,-1, 2, 2, 1, 1, 1, 2,			/* W (A T)*/
	-1, 2, 2,-1,-1, 1, 1, 1,-1, 2,			/* S (C G)*/
	-1,-1, 2, 2, 2, 1, 1,-1, 1, 1, 2,		/* K (G T)*/
	 1,-2, 1, 1, 1, 1,-1,-1, 1,-1, 1, 1,		/* D (!C) */
	 1, 1,-2, 1, 1,-1, 1, 1, 1,-1,-1,-1, 1,		/* H (!G) */
	 1, 1, 1,-2,-1, 1,-1, 1,-1, 1,-1,-1,-1, 1,	/* V (!T) */
	-2, 1, 1, 1, 1,-1, 1,-1,-1, 1, 1,-1,-1,-1, 1,	/* B (!A) */
	-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1, /* N */
	-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1}; /* X */
/*       A  C  G  T  U  R  Y  M  W  S  K  D  H  V  B  N  */

int rnpam[450] = {
/*       A  C  G  T  U  R  Y  M  W  S  K  D  H  V  B  N  X  */
	 5,						/* A */
	-4, 5,						/* C */
	 2,-4, 5,					/* G */
	-4, 2,-4, 5,					/* T */
	-4, 2,-4, 5, 5,					/* U */
	 2,-1, 2,-1,-1, 2,				/* R (A G)*/
	-1, 2,-1, 2, 4,-2, 2,				/* Y (C T)*/
	 2, 2,-1,-1,-1,-1,-1, 2,			/* M (A C)*/
	 2,-1,-1, 2, 2, 1, 1, 1, 2,			/* W (A T)*/
	-1, 2, 2,-1,-1, 1, 1, 1,-1, 2,			/* S (C G)*/
	-1,-1, 2, 2, 2, 1, 1,-1, 1, 1, 2,		/* K (G T)*/
	 1,-2, 1, 1, 1, 1,-1,-1, 1,-1, 1, 1,		/* D (!C) */
	 1, 1,-2, 1, 1,-1, 1, 1, 1,-1,-1,-1, 1,		/* H (!G) */
	 1, 1, 1,-2,-1, 1,-1, 1,-1, 1,-1,-1,-1, 1,	/* V (!T) */
	-2, 1, 1, 1, 1,-1, 1,-1,-1, 1, 1,-1,-1,-1, 1,	/* B (!A) */
	-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1, /* N */
	-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1}; /* X */
/*       A  C  G  T  U  R  Y  M  W  S  K  D  H  V  B  N  */

int *pam;
int **pam2;
int pamh1[MAXSQ];		/* used for kfact replacement */

#else
#define MAXSQ 32

extern char qsqnam[];
extern char sqnam[];
extern char sqtype[];
extern int gdelval, ggapval, gshift;
extern int del_set, gap_set, shift_set;
extern	char aa[];
extern	char nt[];
extern 	char *sq;

#define EOSEQ 31

extern  int naa;
extern  int nnt;
extern	int nsq;

extern  int hnt[];
extern  int haa[];
extern	int *hsq;

extern  int apam250[], apam120[], abl50[], abl62[], abl80[];
extern  int a_md10[], a_md20[], a_md40[];
extern	int npam[], rnpam[];
extern	int *pam;

extern  int **pam2;
extern	int pamh1[];
#endif