/* Concurrent read version */ /* 20-June-1986 universal pam file */ /* $Id: upam.h 1124 2013-03-13 20:24:57Z wrp $ */ /* $Revision: 1124 $ */ /* modified to accomodate both lower and upper case amino acid numbers as a result MAXSQ = 50 */ #ifndef UPAM_GBL_DEF #define UPAM_GBL_DEF #define TERM 25 #define EOSEQ 0 #define MAXSQ 60 /* increased to accomodate ESS=57 */ #define MAXUC 28 #define MAXLC 56 #define MAXHASH 32 #define NMAP MAXHASH+1 struct std_pam_str { char abbrev[6]; /* argument name */ char name[10]; /* canonical name */ int *pam; /* data pointer */ float scale; /* pam scale (ln(2)/2, ln(2)/3 */ float ulambda; /* lambda (ungapped) */ float entropy; /* bits/position */ float tfract_id; /* target fract id */ int gdel, ggap; /* gdel, ggap */ }; #ifndef XTERNAL int pamoff=0; /*extern int gdelval, ggapval;*/ /* char sqnam[]="aa"; */ /* char sqtype[]="protein"; */ /* this alphabet covers 56 values, so that libraries can include lower-case characters which will be re-mapped unless -S */ char *NCBIstdaa = "-ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZU*OJ"; char *NCBIstdaa_l = "-ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZU*OJ-ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZU*OJ"; char NCBIstdaa_n = 28; char *NCBIstdaa_ext = "-ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZU*OJ-abcdefghiklmnpqrstvwxyzu*oj"; char NCBIstdaa_ext_n = 56; /* the residue ordering used for the internal pam matrices */ char *pam_sq; int pam_sq_n; char *apam_sq = "\0ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*"; int apam_sq_n = 25; char *npam_sq = "\0ACGTURYMWSKDHVBNX"; int npam_sq_n = 17; /* these values have been replaced by NCBIstdaa and *pam_sq */ /* char aa[MAXSQ+1] = {"\0ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*JARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*J\0"}; char aax[MAXSQ+1] = {"\0ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*Jarndcqeghilkmfpstwyvbzx*j\0"}; */ char pssm_aa[26] = {"\0ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*"}; char othx[MAXSQ+1] = {"OUou\0"}; int noth = 2; int nothx = 4; int naa = 25; /* this should be calculated from aa[] */ int naax = 50; /* haa[] used to map all valid amino acid codes into a hash value; now, there is an additional hash value - not-mapped - NM */ /* this has been expanded to accomodate '*' */ /* 0 A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * J */ /* int haa[MAXSQ+1] = { NMAP,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,3,7,NMAP,NMAP,10, 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,3,7,NMAP,NMAP,10}; */ int h_NCBIstdaa[MAXSQ+1] = { /* - A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W X Y Z U * O J */ NMAP,1,13,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,NMAP,21, 5, 3,NMAP,10,11, NMAP,1,13,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,NMAP,21, 5, 3,NMAP,10,11 }; int h_NCBIstdaa_ext[MAXSQ+1] = { /* - A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W X Y Z U * O J */ NMAP,1,13,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,NMAP,21, 5, 3,NMAP,10,11, NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP, NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP, }; /* int haax[MAXSQ+1] = { NMAP, 1,2,3,4,5,6,7,8,9, 10,11,12,13,14,15,16,17,18,19, 20,3,7,NMAP,NMAP,10,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP, NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP, NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP, NMAP}; */ /* PAM 250 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049 Expected score = -0.844, Entropy = 0.354 bits Lowest score = -8, Highest score = 17 */ int apam250[450] = { 2, -2, 6, 0, 0, 2, 0,-1, 2, 4, -2,-4,-4,-5,12, 0, 1, 1, 2,-5, 4, 0,-1, 1, 3,-5, 2, 4, 1,-3, 0, 1,-3,-1, 0, 5, -1, 2, 2, 1,-3, 3, 1,-2, 6, -1,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-3,-2, 5, -2,-3,-3,-4,-6,-2,-3,-4,-2, 2, 6, -1, 3, 1, 0,-5, 1, 0,-2, 0,-2,-3, 5, -1, 0,-2,-3,-5,-1,-2,-3,-2, 2, 4, 0, 6, -4,-4,-4,-6,-4,-5,-5,-5,-2, 1, 2,-5, 0, 9, 1, 0,-1,-1,-3, 0,-1,-1, 0,-2,-3,-1,-2,-5, 6, 1, 0, 1, 0, 0,-1, 0, 1,-1,-1,-3, 0,-2,-3, 1, 2, 1,-1, 0, 0,-2,-1, 0, 0,-1, 0,-2, 0,-1,-3, 0, 1, 3, -6, 2,-4,-7,-8,-5,-7,-7,-3,-5,-2,-3,-4, 0,-6,-2,-5,17, -3,-4,-2,-4, 0,-4,-4,-5, 0,-1,-1,-4,-2, 7,-5,-3,-3, 0,10, 0,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-1,-2, 4, 2,-2, 2,-1,-1,-1, 0,-6,-2, 4, 0,-1, 2, 3,-4, 1, 2, 0, 1,-2,-3, 1,-2,-5,-1, 0, 0,-5,-3,-2, 2, 0, 0, 1, 3,-5, 3, 3,-1, 2,-2,-3, 0,-2,-5, 0, 0,-1,-6,-4,-2, 2, 3, 0,-1, 0,-1,-3,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 0, 0,-4,-2,-1,-1,-1,-1, 0,-1, 0,-1,-3,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 0, 0,-4,-2,-1,-1,-1,-1, 8}; /* This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] PAM 120 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 Expected score = -1.64, Entropy = 0.979 bits Lowest score = -8, Highest score = 12 */ int apam120[450] = { 3, -3, 6, 0,-1, 4, 0,-3, 2, 5, -3,-4,-5,-7, 9, -1, 1, 0, 1,-7, 6, 0,-3, 1, 3,-7, 2, 5, 1,-4, 0, 0,-5,-3,-1, 5, -3, 1, 2, 0,-4, 3,-1,-4, 7, -1,-2,-2,-3,-3,-3,-3,-4,-4, 6, -3,-4,-4,-5,-7,-2,-4,-5,-3, 1, 5, -2, 2, 1,-1,-7, 0,-1,-3,-2,-2,-4, 5, -2,-1,-3,-4,-6,-1,-4,-4,-4, 1, 3, 0, 8, -4,-4,-4,-7,-6,-6,-6,-5,-2, 0, 0,-6,-1, 8, 1,-1,-2,-2,-3, 0,-1,-2,-1,-3,-3,-2,-3,-5, 6, 1,-1, 1, 0,-1,-2,-1, 1,-2,-2,-4,-1,-2,-3, 1, 3, 1,-2, 0,-1,-3,-2,-2,-1,-3, 0,-3,-1,-1,-4,-1, 2, 4, -7, 1,-5,-8,-8,-6,-8,-8,-5,-7,-5,-5,-7,-1,-7,-2,-6, 12, -4,-6,-2,-5,-1,-5,-4,-6,-1,-2,-3,-6,-4, 4,-6,-3,-3,-1, 8, 0,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-2,-3, 3, 1,-4, 1,-3,-2,-2, 0,-8,-3, 5, 0,-2, 3, 4,-6, 0, 3, 0, 1,-3,-4, 0,-4,-5,-2, 0, 0,-6,-3,-3, 4, -1,-1, 0, 3,-7, 4, 4,-2, 1,-3,-3,-1,-2,-6,-1,-1,-2,-7,-5,-3, 2, 4, -1,-2,-1,-2,-4,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-2,-2,-3,-2,-1,-1,-5,-3,-1,-1,-1,-2, -1,-2,-1,-2,-4,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-2,-2,-3,-2,-1,-1,-5,-3,-1,-1,-1,-2, 6}; /* # # VTML_10 # # This matrix was produced from: vtml_10qij.mat using robinson2.back background frequencies # # VTML_10 substitution matrix, Units = bits/2.0 # Expected score = -3.859581 bits; Entropy = 3.462930 bits # Target fraction identity = 0.9107 # Lowest Score = -20, Highest Score= 12 # */ int a_vt10[450] = { 7, -9, 8, -8, -7, 9, -8, -16, -3, 8, -5, -9, -10, -18, 11, -7, -4, -6, -6, -17, 9, -7, -14, -7, -3, -18, -3, 8, -6, -9, -7, -8, -10, -10, -8, 7, -9, -5, -4, -6, -9, -4, -8, -9, 11, -9, -10, -11, -15, -8, -12, -12, -19, -11, 8, -9, -10, -11, -19, -17, -8, -10, -13, -8, -3, 7, -8, -2, -5, -7, -17, -4, -4, -9, -7, -10, -10, 8, -7, -8, -9, -11, -7, -6, -10, -12, -15, -3, -2, -7, 11, -10, -12, -13, -20, -17, -10, -18, -13, -6, -6, -5, -18, -4, 9, -6, -8, -10, -8, -11, -7, -8, -10, -8, -12, -9, -7, -12, -10, 8, -4, -7, -4, -7, -5, -6, -6, -6, -6, -11, -10, -7, -10, -8, -6, 7, -5, -8, -5, -8, -8, -7, -7, -10, -7, -6, -9, -6, -6, -10, -8, -3, 8, -11, -10, -12, -12, -20, -19, -20, -11, -8, -8, -8, -10, -16, -4, -11, -10, -19, 12, -10, -9, -8, -17, -7, -16, -9, -13, -3, -9, -8, -10, -15, -1, -19, -8, -10, -4, 10, -5, -11, -11, -11, -6, -9, -9, -12, -10, -1, -5, -9, -5, -8, -10, -10, -6, -17, -9, 8, -8, -11, 3, 2, -14, -6, -5, -7, -5, -13, -15, -6, -10, -16, -9, -5, -6, -12, -12, -11, 8, -7, -9, -6, -4, -17, 3, 2, -9, -6, -12, -9, -4, -8, -14, -7, -6, -7, -19, -12, -9, -4, 8, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 8 }; /* # # VTML_20 # # This matrix was produced from: vtml_20qij.mat using robinson2.back background frequencies # # VTML_20 substitution matrix, Units = bits/2.0 # Expected score = -2.889610 bits; Entropy = 2.921119 bits # Target fraction identity = 0.8312 # Lowest Score = -16, Highest Score= 12 # */ int a_vt20[450] = { 7, -7, 8, -6, -5, 8, -6, -12, -1, 8, -3, -7, -8, -14, 11, -5, -2, -4, -4, -13, 8, -5, -10, -5, -1, -14, -1, 7, -4, -7, -5, -6, -8, -8, -6, 7, -7, -3, -3, -5, -7, -2, -6, -7, 10, -7, -8, -9, -13, -6, -10, -10, -15, -9, 8, -7, -8, -9, -15, -13, -7, -8, -11, -7, -1, 6, -6, 0, -3, -5, -14, -2, -2, -7, -5, -8, -8, 8, -5, -6, -7, -9, -5, -5, -8, -10, -12, -1, 0, -5, 10, -8, -10, -10, -16, -13, -8, -14, -11, -5, -4, -3, -14, -2, 9, -4, -6, -8, -6, -9, -5, -6, -8, -6, -10, -7, -6, -10, -8, 8, -2, -6, -2, -5, -4, -4, -5, -4, -4, -9, -8, -5, -8, -6, -4, 7, -3, -6, -4, -6, -6, -5, -6, -8, -5, -4, -7, -4, -4, -8, -6, -1, 8, -9, -8, -10, -11, -16, -15, -16, -9, -6, -6, -6, -8, -12, -3, -9, -8, -15, 12, -8, -7, -6, -14, -5, -12, -7, -10, -1, -7, -6, -8, -11, 1, -15, -6, -8, -2, 9, -3, -9, -9, -9, -4, -7, -7, -10, -8, 1, -3, -8, -3, -6, -8, -8, -4, -13, -7, 7, -6, -8, 3, 3, -11, -4, -3, -5, -4, -11, -12, -4, -8, -13, -7, -3, -5, -10, -10, -9, 8, -5, -6, -4, -3, -13, 3, 3, -7, -4, -10, -7, -2, -6, -11, -5, -4, -5, -15, -9, -7, -2, 7, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 8 }; /* # # VTML_40 # # This matrix was produced from: vtml_40qij.mat using robinson2.back background frequencies # # VTML_40 substitution matrix, Units = bits/2.0 # Expected score = -1.963330 bits; Entropy = 2.266217 bits # Target fraction identity = 0.6968 # Lowest Score = -13, Highest Score= 12 # */ int a_vt40[450] = { 6, -5, 8, -4, -3, 8, -4, -8, 0, 7, -1, -5, -6, -10, 11, -3, 0, -2, -3, -10, 8, -3, -7, -3, 1, -11, 0, 7, -2, -5, -3, -4, -6, -6, -5, 7, -5, -1, -1, -3, -5, 0, -4, -5, 10, -5, -6, -7, -10, -4, -7, -8, -12, -7, 7, -5, -6, -7, -11, -9, -5, -7, -9, -5, 1, 6, -4, 2, -2, -3, -10, -1, -1, -5, -3, -6, -6, 7, -4, -4, -5, -7, -3, -3, -6, -8, -8, 0, 1, -4, 9, -6, -8, -8, -13, -10, -7, -11, -9, -3, -2, -1, -10, -1, 9, -3, -5, -6, -4, -7, -4, -4, -6, -4, -8, -5, -4, -7, -7, 8, 0, -4, -1, -3, -2, -3, -3, -3, -3, -6, -6, -3, -6, -5, -3, 6, -1, -4, -2, -4, -4, -3, -4, -6, -3, -3, -5, -3, -2, -6, -4, 0, 7, -7, -6, -8, -9, -12, -12, -12, -7, -4, -4, -4, -7, -9, -1, -7, -6, -11, 12, -6, -5, -4, -10, -3, -9, -5, -8, 0, -5, -4, -6, -7, 2, -11, -5, -6, 0, 9, -1, -7, -7, -7, -2, -5, -6, -8, -6, 3, -1, -6, -1, -4, -6, -6, -2, -10, -5, 7, -4, -5, 4, 3, -8, -2, -1, -3, -2, -8, -9, -2, -6, -10, -5, -2, -3, -8, -7, -7, 7, -3, -4, -2, -1, -10, 4, 3, -5, -2, -7, -6, -1, -4, -9, -4, -3, -3, -12, -7, -5, 0, 7, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 8 }; /* # # VTML_80 # # This matrix was produced from: vtml_80qij.mat using robinson2.back background frequencies # # VTML_80 substitution matrix, Units = bits/2.0 # Expected score = -1.137019 bits; Entropy = 1.390771 bits # Target fraction identity = 0.5024 # Lowest Score = -9, Highest Score= 12 # */ int a_vt80[450] = { 5, -3, 7, -2, -1, 7, -2, -5, 1, 7, 0, -4, -4, -7, 10, -2, 1, -1, -1, -6, 6, -2, -3, -1, 2, -7, 1, 6, -1, -3, -1, -2, -4, -4, -3, 6, -3, 0, 0, -1, -3, 0, -2, -4, 9, -3, -5, -5, -7, -2, -5, -5, -8, -4, 6, -3, -4, -5, -8, -6, -3, -5, -7, -3, 2, 5, -2, 3, -1, -2, -6, 0, 0, -3, -1, -4, -4, 6, -2, -3, -4, -5, -2, -2, -4, -6, -5, 2, 2, -2, 8, -4, -5, -6, -9, -6, -5, -7, -7, -1, -1, 0, -7, 0, 8, -1, -3, -4, -3, -5, -2, -2, -4, -3, -5, -4, -2, -5, -5, 7, 1, -2, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -4, -4, -1, -4, -3, -1, 5, 0, -2, -1, -2, -2, -2, -2, -4, -2, -1, -3, -1, -1, -4, -3, 1, 6, -5, -4, -6, -7, -9, -8, -8, -5, -2, -2, -2, -5, -5, 1, -6, -5, -8, 12, -4, -3, -3, -7, -2, -6, -4, -6, 2, -3, -2, -4, -4, 3, -8, -3, -4, 1, 8, 0, -4, -5, -5, -1, -4, -4, -6, -4, 3, 0, -4, 0, -2, -4, -4, -1, -6, -4, 6, -2, -3, 4, 4, -5, -1, 0, -1, 0, -6, -6, -1, -4, -7, -3, 0, -1, -6, -5, -5, 7, -2, -1, -1, 0, -6, 4, 3, -3, -1, -5, -4, 0, -3, -6, -2, -1, -2, -8, -5, -4, 0, 6, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 8 }; /* # # VTML_120 # # This matrix was produced from: vtml_120qij.mat using robinson2.back background frequencies # # VTML_120 substitution matrix, Units = bits/2.0 # Expected score = -0.723803 bits; Entropy = 0.938201 bits # Target fraction identity = 0.3748 # Lowest Score = -7, Highest Score= 11 # */ int a_vt120[450] = { 4, -2, 6, -1, -1, 6, -1, -3, 2, 6, 0, -3, -3, -5, 9, -1, 1, 0, 0, -5, 5, -1, -2, 0, 2, -5, 1, 5, 0, -2, -1, -1, -3, -3, -2, 6, -2, 0, 1, -1, -3, 1, -1, -3, 8, -2, -3, -4, -5, -1, -4, -4, -6, -3, 5, -2, -3, -4, -6, -4, -3, -4, -5, -2, 2, 5, -1, 3, 0, -1, -5, 1, 1, -2, 0, -3, -3, 5, -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -5, -3, 2, 2, -2, 7, -3, -4, -4, -7, -5, -4, -5, -5, 0, 0, 1, -5, 1, 7, -1, -2, -2, -2, -4, -1, -2, -3, -2, -4, -3, -1, -4, -4, 7, 1, -1, 1, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -3, -3, -1, -2, -2, -1, 4, 0, -2, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, -2, -1, -1, -3, -2, 1, 5, -4, -3, -5, -6, -7, -6, -6, -4, -1, -2, -2, -4, -4, 2, -5, -4, -6, 11, -3, -2, -2, -5, -1, -4, -3, -5, 2, -2, -1, -3, -3, 4, -6, -2, -3, 2, 8, 0, -3, -4, -4, 0, -3, -3, -4, -3, 3, 1, -3, 1, -1, -3, -3, 0, -4, -2, 5, -1, -2, 4, 4, -4, 0, 1, -1, 0, -4, -5, 0, -3, -5, -2, 0, 0, -5, -3, -4, 6, -1, 0, 0, 0, -5, 3, 3, -2, 0, -4, -3, 1, -2, -4, -1, -1, -1, -6, -3, -3, 0, 5, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 6 }; /* # VTML160 # # This matrix was produced with scripts written by # Tobias Mueller and Sven Rahmann [June-2001]. # # VTML160 substitution matrix, Units = Third-Bits # Expected Score = -1.297840 Third-Bits # Lowest Score = -7, Highest Score = 16 # # Entropy H = 0.562489 Bits # # 30-Jun-2001 */ int a_vt160[450] = { 5, -2, 7, -1, 0, 7, -1,-3, 3, 7, 1,-3,-3,-5,13, -1, 2, 0, 1,-4, 6, -1,-1, 0, 3,-5, 2, 6, 0,-3, 0,-1,-2,-3,-2, 8, -2, 1, 1, 0,-2, 2,-1,-3, 9, -1,-4,-4,-6,-1,-4,-5,-7,-4, 6, -2,-3,-4,-6,-4,-2,-4,-6,-3, 3, 6, -1, 4, 0, 0,-4, 2, 1,-2, 0,-4,-3, 5, -1,-2,-3,-5,-1,-1,-3,-5,-3, 2, 4,-2, 8, -3,-5,-5,-7,-4,-4,-6,-6, 0, 0, 2,-5, 1, 9, 0,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-3,-2,-4,-3,-1,-4,-5, 9, 1,-1, 1, 0, 1, 0, 0, 0,-1,-3,-3,-1,-3,-3, 0, 4, 1,-1, 0,-1, 0,-1,-1,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-3,-1, 2, 5, -5,-4,-5,-7,-7,-6,-7,-5,-1,-2,-1,-5,-4, 3,-5,-4,-6,16, -3,-3,-2,-5,-1,-4,-3,-5, 3,-2,-1,-3,-2, 6,-6,-2,-3, 4,10, 0,-4,-4,-4, 1,-3,-3,-5,-3, 4, 2,-3, 1,-1,-3,-2, 0,-5,-3, 5, -1,-2, 5, 6,-4, 0, 2,-1, 0,-5,-5, 0,-4,-6,-2, 1, 0,-6,-3,-4, 5, -1, 0, 0, 3,-5, 4, 5,-2, 0,-4,-3, 2,-3,-5,-1, 0,-1,-7,-4,-3, 2, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7, 6}; /* # # VTML_200 # # This matrix was produced from: vtml_200qij.mat using vtml_P.mat background frequencies # # VTML_200 substitution matrix, Units = bits/3.0 # Expected score = -0.358430 bits; Entropy = 0.412084 bits # Target fraction identity = 0.2295 # Lowest Score = -6, Highest Score= 15 # */ int a_vt200[450] = { 4, -2, 7, -1, 0, 6, -1, -2, 3, 6, 1, -3, -2, -4, 12, -1, 2, 1, 1, -3, 5, -1, -1, 1, 3, -4, 2, 5, 0, -2, 0, -1, -2, -2, -1, 8, -2, 1, 1, 0, -2, 2, 0, -2, 8, -1, -3, -4, -5, 0, -3, -4, -6, -3, 5, -2, -3, -4, -5, -3, -2, -4, -5, -2, 3, 5, -1, 4, 1, 0, -4, 2, 1, -2, 0, -3, -3, 5, -1, -2, -3, -4, -1, -1, -3, -4, -3, 2, 3, -2, 6, -3, -4, -4, -6, -3, -3, -5, -5, 0, 0, 2, -5, 1, 8, 0, -1, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -4, -3, -1, -3, -4, 9, 1, -1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, -3, -3, 0, -2, -3, 0, 4, 1, -1, 0, -1, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -2, 0, -1, -3, -1, 2, 4, -4, -3, -5, -6, -6, -6, -6, -5, -1, -2, -1, -4, -3, 3, -4, -4, -5, 15, -3, -2, -2, -4, 0, -3, -3, -5, 3, -2, -1, -3, -2, 5, -5, -2, -3, 4, 9, 0, -3, -3, -4, 1, -2, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 2, -1, -3, -2, 0, -4, -2, 4, -1, -1, 4, 4, -3, 1, 2, 0, 0, -4, -4, 0, -3, -5, -1, 0, 0, -5, -3, -3, 6, -1, 0, 1, 2, -3, 3, 3, -1, 1, -3, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -6, -3, -2, 2, 5, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 6 }; /* Matrix made by matblas from blosum50.iij BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat Cluster Percentage: >= 50 Entropy = 0.4808, Expected = -0.3573 */ /* A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * */ int abl50[450] = { 5, -2, 7, -1,-1, 7, -2,-2, 2, 8, -1,-4,-2,-4,13, -1, 1, 0, 0,-3, 7, -1, 0, 0, 2,-3, 2, 6, 0,-3, 0,-1,-3,-2,-3, 8, -2, 0, 1,-1,-3, 1, 0,-2,10, -1,-4,-3,-4,-2,-3,-4,-4,-4, 5, -2,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-4,-3, 2, 5, -1, 3, 0,-1,-3, 2, 1,-2, 0,-3,-3, 6, -1,-2,-2,-4,-2, 0,-2,-3,-1, 2, 3,-2, 7, -3,-3,-4,-5,-2,-4,-3,-4,-1, 0, 1,-4, 0, 8, -1,-3,-2,-1,-4,-1,-1,-2,-2,-3,-4,-1,-3,-4,10, 1,-1, 1, 0,-1, 0,-1, 0,-1,-3,-3, 0,-2,-3,-1, 5, 0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 2, 5, -3,-3,-4,-5,-5,-1,-3,-3,-3,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-4,-3,15, -2,-1,-2,-3,-3,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2, 0, 4,-3,-2,-2, 2, 8, 0,-3,-3,-4,-1,-3,-3,-4,-4, 4, 1,-3, 1,-1,-3,-2, 0,-3,-1, 5, -2,-1, 4, 5,-3, 0, 1,-1, 0,-4,-4, 0,-3,-4,-2, 0, 0,-5,-3,-4, 5, -1, 0, 0, 1,-3, 4, 5,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-4,-1, 0,-1,-2,-2,-3, 2, 5, -1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1, 0,-3,-1,-1,-1,-1,-1, -1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1, 0,-3,-1,-1,-1,-1,-1, 7}; /* A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X * */ int a_md10[450]= { 11, /* A */ -12, 12, /* R */ -12,-13, 13, /* N */ -11,-18, -3, 12, /* D */ -13,-10,-14,-20, 17, /* C */ -13, -5,-11,-13,-19, 13, /* Q */ -10,-15,-12, -2,-22, -5, 12, /* E */ -8, -9,-11, -9,-12,-16, -9, 11, /* G */ -16, -5, -5,-10,-12, -3,-15,-16, 16, /* H */ -13,-17,-14,-19,-17,-20,-19,-21,-18, 12, /* I */ -15,-14,-19,-21,-16,-12,-20,-21,-13, -7, 10, /* L */ -14, -2, -6,-15,-21, -6, -8,-15,-13,-17,-18, 12, /* K */ -13,-14,-15,-18,-15,-14,-18,-19,-15, -4, -4,-12, 16, /* M */ -18,-22,-19,-22,-11,-22,-23,-22,-14,-11, -6,-23,-14, 14, /* F */ -7,-12,-17,-18,-18, -8,-17,-16,-10,-19,-10,-16,-17,-17, 13, /* P */ -5,-10, -4,-12, -7,-13,-15, -7,-11,-14,-13,-13,-15,-11, -6, 11, /* S */ -4,-12, -7,-14,-14,-13,-15,-14,-13, -7,-16,-10, -7,-19, -9, -4, 12, /* T */ -21, -9,-21,-21,-10,-17,-21,-13,-21,-21,-13,-21,-17,-13,-21,-15,-18, 18, /* W */ -20,-17,-12,-13, -7,-16,-21,-20, -3,-15,-16,-20,-17, -3,-20,-12,-17,-12, 15, /* Y */ -6,-17,-17,-15,-12,-17,-14,-13,-19, -1, -8,-18, -5,-12,-16,-14,-10,-16,-18, 11, /* V */ -12,-15, 5, 5,-17,-12, -7,-10, -7,-16,-20,-11,-17,-21,-17, -8,-10,-22,-13,-16, 13, /* B */ -16,-18,-17, -8,-32, 1, 9,-17,-17,-29,-26,-11,-24,-34,-21,-21,-21,-29,-29,-22, -9, 13, /* Z */ -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, /* X */ -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9}; /* * */ int a_md20[450] = { 10, -10, 12, -9,-10, 13, -8,-14, -1, 12, -10, -7,-11,-16, 17, -10, -3, -8, -9,-16, 13, -7,-11, -9, 1,-19, -3, 11, -5, -6, -8, -6, -9,-12, -7, 11, -12, -3, -2, -7, -9, 0,-12,-13, 15, -10,-14,-11,-16,-14,-16,-16,-17,-14, 12, -12,-11,-15,-18,-13, -9,-17,-18,-10, -4, 10, -11, 0, -4,-12,-17, -3, -5,-12, -9,-14,-15, 12, -9,-11,-12,-15,-12,-11,-15,-16,-12, -1, -2, -9, 15, -15,-19,-16,-19, -8,-18,-20,-19,-11, -8, -4,-19,-10, 13, -5, -9,-13,-15,-14, -5,-14,-12, -7,-15, -7,-13,-14,-14, 12, -2, -8, -1, -9, -4,-10,-12, -5, -8,-11,-10,-10,-12, -8, -3, 10, -1, -9, -4,-11,-10,-10,-12,-11,-10, -4,-12, -7, -4,-15, -7, -1, 11, -17, -6,-18,-18, -7,-14,-18,-10,-17,-17,-10,-17,-14,-10,-18,-12,-15, 18, -16,-14, -9,-11, -4,-12,-18,-17, 0,-12,-12,-17,-14, 0,-16, -9,-13, -9, 14, -3,-14,-14,-12, -9,-14,-11,-11,-15, 2, -5,-15, -2, -9,-13,-11, -7,-13,-14, 11, -9,-12, 6, 6,-14, -9, -4, -7, -4,-13,-17, -8,-13,-18,-14, -5, -7,-19,-10,-13, 12, -12,-13,-13, -4,-27, 4, 10,-13,-12,-24,-21, -6,-20,-29,-17,-17,-17,-24,-24,-18, -6, 12, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9 }; int a_md40[450] = { 9, -7, 11, -6, -6, 12, -6,-10, 1, 11, -7, -5, -8,-13, 16, -7, 0, -5, -6,-12, 12, -5, -8, -5, 3,-15, 0, 11, -3, -4, -5, -4, -7, -9, -4, 10, -9, 0, 0, -4, -6, 2, -8,-10, 14, -6,-10, -8,-12,-11,-12,-12,-13,-11, 11, -9, -9,-12,-14,-10, -6,-13,-14, -7, -1, 9, -8, 3, -1, -8,-12, -1, -3, -9, -6,-11,-12, 11, -6, -8, -9,-12, -9, -8,-11,-12, -9, 1, 1, -7, 14, -11,-15,-12,-15, -5,-14,-16,-15, -7, -5, -1,-16, -7, 13, -2, -6, -9,-11,-11, -3,-11, -9, -4,-11, -5,-10,-10,-11, 12, 0, -5, 1, -6, -2, -7, -8, -2, -6, -8, -7, -7, -8, -6, -1, 9, 1, -6, -2, -8, -7, -7, -8, -7, -7, -2, -9, -5, -2,-11, -4, 1, 10, -14, -4,-14,-15, -4,-11,-15, -7,-13,-13, -8,-13,-11, -7,-14, -9,-12, 18, -13,-10, -6, -8, -2, -9,-14,-13, 2, -9, -9,-13,-11, 2,-13, -7,-10, -6, 14, -1,-11,-10, -9, -7,-11, -8, -8,-12, 4, -2,-12, 0, -6, -9, -7, -4,-10,-11, 10, -6, -8, 6, 6,-10, -6, -1, -4, -2,-10,-13, -5,-10,-14,-10, -3, -5,-15, -7,-10, 11, -8, -8, -8, 0,-21, 6, 10, -8, -7,-18,-16, -3,-15,-23,-12,-12,-12,-19,-18,-14, -3, 11, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 9}; /* Matrix made by matblas from blosum62.iij * column uses minimum score BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat Cluster Percentage: >= 62 Entropy = 0.6979, Expected = -0.5209 */ int abl62[450] = { 4, -1, 5, -2, 0, 6, -2,-2, 1, 6, 0,-3,-3,-3, 9, -1, 1, 0, 0,-3, 5, -1, 0, 0, 2,-4, 2, 5, 0,-2, 0,-1,-3,-2,-2, 6, -2, 0, 1,-1,-3, 0, 0,-2, 8, -1,-3,-3,-3,-1,-3,-3,-4,-3, 4, -1,-2,-3,-4,-1,-2,-3,-4,-3, 2, 4, -1, 2, 0,-1,-3, 1, 1,-2,-1,-3,-2, 5, -1,-1,-2,-3,-1, 0,-2,-3,-2, 1, 2,-1, 5, -2,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-1, 0, 0,-3, 0, 6, -1,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-4, 7, 1,-1, 1, 0,-1, 0, 0, 0,-1,-2,-2, 0,-1,-2,-1, 4, 0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 5, -3,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-3,-2,11, -2,-2,-2,-3,-2,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2,-1, 3,-3,-2,-2, 2, 7, 0,-3,-3,-3,-1,-2,-2,-3,-3, 3, 1,-2, 1,-1,-2,-2, 0,-3,-1, 4, -2,-1, 3, 4,-3, 0, 1,-1, 0,-3,-4, 0,-3,-3,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 4, -1, 0, 0, 1,-3, 3, 4,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 1, 4, 0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1, 0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1, 6}; /* blosum80 in 1/2 bit units (previous versions had 1/3 bit units) */ /* Matrix made by matblas from blosum80.iij * column uses minimum score BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat Cluster Percentage: >= 80 Entropy = 0.9868, Expected = -0.7442 */ int abl80[450] = { 5, -2, 6, -2,-1, 6, -2,-2, 1, 6, -1,-4,-3,-4, 9, -1, 1, 0,-1,-4, 6, -1,-1,-1, 1,-5, 2, 6, 0,-3,-1,-2,-4,-2,-3, 6, -2, 0, 0,-2,-4, 1, 0,-3, 8, -2,-3,-4,-4,-2,-3,-4,-5,-4, 5, -2,-3,-4,-5,-2,-3,-4,-4,-3, 1, 4, -1, 2, 0,-1,-4, 1, 1,-2,-1,-3,-3, 5, -1,-2,-3,-4,-2, 0,-2,-4,-2, 1, 2,-2, 6, -3,-4,-4,-4,-3,-4,-4,-4,-2,-1, 0,-4, 0, 6, -1,-2,-3,-2,-4,-2,-2,-3,-3,-4,-3,-1,-3,-4, 8, 1,-1, 0,-1,-2, 0, 0,-1,-1,-3,-3,-1,-2,-3,-1, 5, 0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-1,-1,-2,-2, 1, 5, -3,-4,-4,-6,-3,-3,-4,-4,-3,-3,-2,-4,-2, 0,-5,-4,-4,11, -2,-3,-3,-4,-3,-2,-3,-4, 2,-2,-2,-3,-2, 3,-4,-2,-2, 2, 7, 0,-3,-4,-4,-1,-3,-3,-4,-4, 3, 1,-3, 1,-1,-3,-2, 0,-3,-2, 4, -2,-2, 4, 4,-4, 0, 1,-1,-1,-4,-4,-1,-3,-4,-2, 0,-1,-5,-3,-4, 4, -1, 0, 0, 1,-4, 3, 4,-3, 0,-4,-3, 1,-2,-4,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 0, 4, -1,-1,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-1,-2,-1,-1, -1,-1,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-2,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-3,-2,-1,-2,-1,-1, 6}; /* OPTIMA_5 matrix: Kann et al. (2000) Proteins 41:498-503 */ int aopt5[450] = { 7, -2,11, -4, 1,12, -4,-4, 4,13, 1,-6,-6,-6,20, -1, 2, 0, 0,-6, 9, -2, 0, 1, 4,-8, 4, 8, 1,-4, 1,-2,-6,-4,-5,13, -4, 1, 2,-2,-6, 0, 0,-4,17, -1,-6,-6,-7,-1,-6,-7,-8,-6, 7, -1,-4,-7,-9,-1,-5,-6,-8,-5, 6, 6, -2, 6, 0,-1,-6, 3, 3,-4,-1,-6,-4, 7, -2,-2,-4,-6,-2, 0,-4,-6,-4, 2, 5,-2,10, -4,-6,-6,-7,-4,-6,-6,-6,-2, 1, 3,-6, 0,11, -1,-4,-4,-1,-6,-2,-1,-4,-4,-6,-7,-2,-4,-8,15, 2,-2, 2, 1,-2, 0, 0, 0,-2,-4,-4, 1,-2,-4,-2, 7, 0,-2, 0,-2,-2,-2,-1,-3,-4,-2,-3,-2,-1,-4,-2, 4, 9, -6,-6,-8,-8,-4,-4,-6,-4,-4,-6,-3,-6,-2, 3,-8,-6,-4,22, -4,-3,-4,-4,-4,-2,-4,-6, 4,-2, 0,-4,-2, 7,-6,-4,-4, 4,14, 1,-7,-6,-6,-1,-4,-6,-6,-6, 7, 3,-5, 2, 0,-4,-5, 1,-6,-2, 8, -4,-1, 8,10,-6, 0, 3, 0, 1,-7,-8, 0,-5,-6,-2, 1,-1,-8,-4,-6, 9, -1, 1, 0, 3,-7, 6, 6,-4, 0,-6,-6, 3,-2,-6,-2, 0,-1,-5,-3,-5, 2, 6, -2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2, -2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,-2,10}; /* DNA alphabet A, C, G, T, U 1-4, 5 R, Y 6, 7 M (A or C) 8 W (A or T) 9 S (C or G) 10 K (G or T) 11 D (not C) 12 H (not G) 13 V (not T) 14 B (not A) 15 N 16 X 17 */ char nt[MAXSQ+1] ={"\0ACGTURYMWSKDHVBNXACGTURYMWSKDHVBNX\0"}; char ntx[MAXSQ+1]={"\0ACGTURYMWSKDHVBNXacgturymwskdhvbnx\0"}; char ntc[MAXSQ+1]={"\0TGCAAYRKWSMHDBVNXtgcaayrkwsmhdbvnx\0"}; /* nt complement to encoding */ /* A:T C:G G:C T:A U:A */ int gc_nt[MAXSQ+1]={ 0, 4, 3, 2, 1, 1, /* R:Y Y:R M:K W:W */ 7, 6, 11, 9, /* S:S K:M D:H H:D */ 10, 8, 13, 12, /* B:V V:B N:N X:X */ 15, 14, 16, 16}; int nnt = 17; int nntx = 34; int hnt[MAXSQ+1] = { NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP, NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP,NMAP}; int hntx[MAXSQ+1] = { NMAP,0,1,2,3,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,NMAP, NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP, NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP,NMAP}; int npam[450] = { /* A C G T U R Y M W S K D H V B N X */ 5, /* A */ -4, 5, /* C */ -4,-4, 5, /* G */ -4,-4,-4, 5, /* T */ -4,-4,-4, 5, 5, /* U */ 2,-1, 2,-1,-1, 2, /* R (A G)*/ -1, 2,-1, 2, 2,-2, 2, /* Y (C T)*/ 2, 2,-1,-1,-1,-1,-1, 2, /* M (A C)*/ 2,-1,-1, 2, 2, 1, 1, 1, 2, /* W (A T)*/ -1, 2, 2,-1,-1, 1, 1, 1,-1, 2, /* S (C G)*/ -1,-1, 2, 2, 2, 1, 1,-1, 1, 1, 2, /* K (G T)*/ 1,-2, 1, 1, 1, 1,-1,-1, 1,-1, 1, 1, /* D (!C) */ 1, 1,-2, 1, 1,-1, 1, 1, 1,-1,-1,-1, 1, /* H (!G) */ 1, 1, 1,-2,-2, 1,-1, 1,-1, 1,-1,-1,-1, 1, /* V (!T) */ -2, 1, 1, 1, 1,-1, 1,-1,-1, 1, 1,-1,-1,-1, 1, /* B (!A) */ -1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1, /* N */ -1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1}; /* X */ /* A C G T U R Y M W S K D H V B N */ int *pam; /* Pam matrix- 1D */ /* int *pam12; */ /* int *pam12x; */ int pamh1[MAXSQ+1]; /* used for kfact replacement */ /* according to Reese and Pearson (2002) Bioinformatics 18:1500-1507 the most effective gap penalties for matrices in 1/3 bit united are: open = 25 - 0.1 * Pam_distance; ext = 5 */ /* 16-Nov-2010 modified for modern gap open/gap extend */ /* must be ordered by entropy to adjust scoring matrix for query length */ #include #ifndef M_LN2 #define M_LN2 0.69314718055994530942 #endif #define BIT2_SCALE M_LN2/2.0 #define BIT3_SCALE M_LN2/3.0 #define BIT5_SCALE M_LN2/5.0 /* abbrev, name, matrix, scale, ulambda, entropy, tfract_id, gopen, gext */ struct std_pam_str std_pams[] = { {"VT10", "VT10", a_vt10, BIT2_SCALE, 0.2299, 3.4474, 0.9107, -16, -2}, {"P10", "MD10", a_md10, BIT3_SCALE, 0.2299, 3.4474, 0.9107, -23, -4}, {"M10", "MD10", a_md10, BIT3_SCALE, 0.2299, 3.4474, 0.9107, -23, -4}, {"MD10", "MD10", a_md10, BIT3_SCALE, 0.2299, 3.46293, 0.9107, -23, -4}, {"VT20", "VT20", a_vt20, BIT2_SCALE, 0.2300, 2.921119, 0.8312, -15, -2}, {"P20", "MD20", a_md20, BIT3_SCALE, 0.2300, 2.9397, 0.822, -22, -4}, {"M20", "MD20", a_md20, BIT3_SCALE, 0.2300, 2.9397, 0.822, -22, -4}, {"MD20", "MD20", a_md20, BIT3_SCALE, 0.2300, 2.9397, 0.822, -22, -4}, {"VT40", "VT40", a_vt40, BIT2_SCALE, 0.2305, 2.266217, 0.6968, -13, -1}, {"P40", "MD40", a_md40, BIT3_SCALE, 0.2305, 2.2284, 0.679, -21, -4}, {"M40", "MD40", a_md40, BIT3_SCALE, 0.2305, 2.2284, 0.679, -21, -4}, {"MD40", "MD40", a_md40, BIT3_SCALE, 0.2305, 2.2284, 0.679, -21, -4}, {"VT80", "VT80", a_vt80, BIT2_SCALE, 0.2305, 1.390771, 0.5024, -11, -1}, {"BL80", "BL80", abl80, BIT2_SCALE, 0.2259, 0.9128, 0.392, -10, -2}, {"VT120","VT120", a_vt120, BIT2_SCALE, 0.3416, 0.938201, 0.3748, -11, -1}, {"P120","PAM120", apam120, BIT3_SCALE, 0.3416, 0.9062, 0.353, -14, -3}, {"BL62", "BL62", abl62, BIT2_SCALE, 0.3716, 0.6979, 0.302, -11, -1}, {"BP62", "BL62", abl62, BIT2_SCALE, 0.3716, 0.6979, 0.302, -11, -1}, {"VT160","VT160", a_vt160, BIT3_SCALE, 0.2263, 0.617215, 0.2884, -12, -2}, {"BL50", "BL50", abl50, BIT3_SCALE, 0.2318, 0.4850, 0.273, -10, -2}, {"OPT5","OPTIMA5", aopt5, BIT5_SCALE, 0.1432, 0.4560, 0.262, -18, -2}, {"VT200","VTM200",a_vt200, BIT3_SCALE, 0.2252, 0.4121, 0.2295, -10, -2}, {"P250", "PAM250",apam250, BIT3_SCALE, 0.2252, 0.3207, 0.185, -10, -2}, {"\0", "\0", NULL, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0, 0} }; /* Robinson & Robinson counts (based on old aa[] ordering) */ long rrcounts[25] = { 0, 35155, /* A */ 23105, /* R */ 20212, /* N */ 24161, /* D */ 8669, /* C */ 19208, /* Q */ 28354, /* E */ 33229, /* G */ 9906, /* H */ 23161, /* I */ 40625, /* L */ 25872, /* K */ 10101, /* M */ 17367, /* F */ 23435, /* P */ 32070, /* S */ 26311, /* T */ 5990, /* W */ 14488, /* Y */ 29012, /* V */ 0, /* B */ 0, /* Z */ 0, /* X */ 0 /* * */ }; long rrtotal = 450431; #else /* extern char sqnam[]; */ /* extern char sqtype[]; */ /* extern int gdelval, ggapval; */ extern int pamoff; extern char *NCBIstdaa; extern char *NCBIstdaa_l; extern char NCBIstdaa_n; extern char *NCBIstdaa_ext; extern char NCBIstdaa_ext_n; extern char *pam_sq; extern char *apam_sq; extern char *npam_sq; extern int pam_sq_n; extern int apam_sq_n; extern int npam_sq_n; /* extern char aa[MAXSQ+1]; extern char aax[MAXSQ+1]; */ extern char pssm_aa[26]; extern char othx[MAXSQ+1]; extern char nt[MAXSQ+1]; extern char ntx[MAXSQ+1]; extern char ntc[MAXSQ+1]; extern int gc_nt[MAXSQ+1]; extern int naa; extern int naax; extern int noth; extern int nothx; extern int nnt; extern int nntx; extern int h_NCBIstdaa[MAXSQ+1]; extern int h_NCBIstdaa_ext[MAXSQ+1]; /* extern int haa[MAXSQ+1]; extern int haax[MAXSQ+1]; */ extern int hnt[MAXSQ+1]; extern int hntx[MAXSQ+1]; /* extern int had[MAXSQ+1]; */ extern int apam250[450]; extern int apam120[450]; extern int a_vt10[450]; extern int a_vt20[450]; extern int a_vt40[450]; extern int a_vt80[450]; extern int a_vt120[450]; extern int a_vt160[450]; extern int a_vt200[450]; extern int a_md10[450]; extern int a_md20[450]; extern int a_md40[450]; extern int abl50[450]; extern int abl62[450]; extern int abl80[450]; extern int aopt5[450]; extern int npam[450]; extern int *pam; /* extern int *pam12; */ /* extern int *pam12x; */ extern int pamh1[MAXSQ+1]; extern long rrcounts[25]; extern long rrtotal; extern struct std_pam_str std_pams[]; #endif #endif