#ifndef ENSATTRIBUTE_H #define ENSATTRIBUTE_H /* ==================================================================== */ /* ========================== include files =========================== */ /* ==================================================================== */ #include "ensdata.h" AJ_BEGIN_DECLS /* ==================================================================== */ /* ============================ constants ============================= */ /* ==================================================================== */ /* ==================================================================== */ /* ========================== public data ============================= */ /* ==================================================================== */ /* ==================================================================== */ /* ======================= public functions =========================== */ /* ==================================================================== */ /* ** Prototype definitions */ /* Ensembl Attribute */ EnsPAttribute ensAttributeNewCpy(const EnsPAttribute attribute); EnsPAttribute ensAttributeNewIni(EnsPAttributetype at, AjPStr value); EnsPAttribute ensAttributeNewRef(EnsPAttribute attribute); void ensAttributeDel(EnsPAttribute* Pattribute); EnsPAttributetype ensAttributeGetAttributetype(const EnsPAttribute attribute); AjPStr ensAttributeGetValue(const EnsPAttribute attribute); AjBool ensAttributeTrace(const EnsPAttribute attribute, ajuint level); size_t ensAttributeCalculateMemsize(const EnsPAttribute attribute); AjPStr ensAttributeGetCode(const EnsPAttribute attribute); AjPStr ensAttributeGetDescription(const EnsPAttribute attribute); AjPStr ensAttributeGetName(const EnsPAttribute attribute); /* Ensembl Attribute Adaptor */ EnsPAttributeadaptor ensRegistryGetAttributeadaptor( EnsPDatabaseadaptor dba); EnsPDatabaseadaptor ensAttributeadaptorGetDatabaseadaptor( EnsPAttributeadaptor ata); AjBool ensAttributeadaptorFetchAllbyGene( EnsPAttributeadaptor ata, const EnsPGene gene, const AjPStr code, AjPList attributes); AjBool ensAttributeadaptorFetchAllbySeqregion( EnsPAttributeadaptor ata, const EnsPSeqregion sr, const AjPStr code, AjPList attributes); AjBool ensAttributeadaptorFetchAllbySlice( EnsPAttributeadaptor ata, const EnsPSlice slice, const AjPStr code, AjPList attributes); AjBool ensAttributeadaptorFetchAllbyTranscript( EnsPAttributeadaptor ata, const EnsPTranscript transcript, const AjPStr code, AjPList attributes); AjBool ensAttributeadaptorFetchAllbyTranslation( EnsPAttributeadaptor ata, const EnsPTranslation translation, const AjPStr code, AjPList attributes); /* Ensembl Attribute Type */ EnsPAttributetype ensAttributetypeNewCpy(const EnsPAttributetype at); EnsPAttributetype ensAttributetypeNewIni(EnsPAttributetypeadaptor ata, ajuint identifier, AjPStr code, AjPStr name, AjPStr description); EnsPAttributetype ensAttributetypeNewRef(EnsPAttributetype at); void ensAttributetypeDel(EnsPAttributetype* Pat); EnsPAttributetypeadaptor ensAttributetypeGetAdaptor( const EnsPAttributetype at); AjPStr ensAttributetypeGetCode( const EnsPAttributetype at); AjPStr ensAttributetypeGetDescription( const EnsPAttributetype at); ajuint ensAttributetypeGetIdentifier( const EnsPAttributetype at); AjPStr ensAttributetypeGetName( const EnsPAttributetype at); AjBool ensAttributetypeSetAdaptor(EnsPAttributetype at, EnsPAttributetypeadaptor ata); AjBool ensAttributetypeSetCode(EnsPAttributetype at, AjPStr code); AjBool ensAttributetypeSetDescription(EnsPAttributetype at, AjPStr description); AjBool ensAttributetypeSetIdentifier(EnsPAttributetype at, ajuint identifier); AjBool ensAttributetypeSetName(EnsPAttributetype at, AjPStr name); AjBool ensAttributetypeTrace(const EnsPAttributetype at, ajuint level); size_t ensAttributetypeCalculateMemsize(const EnsPAttributetype at); /* Ensembl Attribute Type Adaptor */ EnsPAttributetypeadaptor ensRegistryGetAttributetypeadaptor( EnsPDatabaseadaptor dba); EnsPAttributetypeadaptor ensAttributetypeadaptorNew( EnsPDatabaseadaptor dba); AjBool ensAttributetypeadaptorCacheClear(EnsPAttributetypeadaptor ata); void ensAttributetypeadaptorDel(EnsPAttributetypeadaptor* Pata); EnsPBaseadaptor ensAttributetypeadaptorGetBaseadaptor( EnsPAttributetypeadaptor ata); EnsPDatabaseadaptor ensAttributetypeadaptorGetDatabaseadaptor( EnsPAttributetypeadaptor ata); AjBool ensAttributetypeadaptorFetchAll(EnsPAttributetypeadaptor ata, AjPList ats); AjBool ensAttributetypeadaptorFetchByCode(EnsPAttributetypeadaptor ata, const AjPStr code, EnsPAttributetype* Pat); AjBool ensAttributetypeadaptorFetchByIdentifier(EnsPAttributetypeadaptor ata, ajuint identifier, EnsPAttributetype* Pat); /* ** End of prototype definitions */ AJ_END_DECLS #endif /* !ENSATTRIBUTE_H */