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# $Id: contigmake,v 1.4 1999/11/24 11:44:47 fw Exp $
#
# Makefile for contigc and related programs
#
# adapted by rd for SCCS structure from original of fw
#
# changed again by fw to work better with the acedb makesystem
# removed duplicate compilation of graphlib etc.
# libfree/graph.a are assumed to be there (handled in 'makefile')
#
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#
#   If you wish to specify one off compiler options such as
#   setting the debug flag (-g) or a preprocessor macro
#   value (-DMY_OWN_COMPILE_FLAG) then rather than editting
#   this file use the USEROPTS make macro like this:
#
#   make USEROPTS='-g -DMY_OWN_COMPILE_FLAG -x -y'
#
#   these will then be included in the flags used to compile
#   the .o files.

# suppress auto SCCS extraction
.SCCS_GET:
.KEEP_STATE:
.SUFFIXES: .o .c .ng.o

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################## Graphic Libraries ############################
#################################################################
# In principle the following X libraries can be found using:

Xt_LIBS = -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11

###########################################################
##  Compiler and library options
## CC, LIBS, NAME are defined in $(ACEDB_MACHINE)_DEF
###########################################################
 
IDIR = -I. -I../wh -I../contigc
# Do not use -I/usr/include
# it prevents gcc from picking up its own includes
# (cc goes to /usr/include anyway)

CCFLAGS =  ## to undefine any rubbish
CCFLAGS =  -g
GCFLAGS =  ## to undefine any rubbish

## Different platforms use CC or COMPILE.c
#  (USEROPTS - see comments at top of file)
#
CC =        $(COMPILER) $(USEROPTS) $(IDIR) -D$(NAME) -c
COMPILE.c = $(COMPILER)  $(USEROPTS) $(IDIR) -D$(NAME) -c

#
########### Compilation of non-graph variants ############
#
.c.ng.o: $<
	$(COMPILER) $(USEROPTS) $(IDIR) -D$(NAME) -DNO_GRAPHICS -c $< -o $@

################ machine dependent compiler definitions ########

include deffile

# On badly configurated machines, you may redefine these libraries
# in a more precise way in your $(ACEDB_MACHINE)_DEF file

###################################################
############### do not edit below  ################
############### override the above ################
###### settings in $(ACEDB_MACHINE)_DEF ###########
############### if necessary ######################
###################################################

########## link-libaries for graphical and text-only apps ##########
GRAPHIC_LIBS = -L. -lgraph -lgraphXaw -lgif -lfree $(Xt_LIBS) $(LIBS)
TEXT_LIBS    = $(LIBS)

##########################################
# rules to link contig-sources to bin-dir
##########################################

CONTIGC_SOURCES = auto.c cemsub.c clib.c contaslib.c contasp.c \
	contig.c difmap.c extend.c f2c.c fphinx.c fpabi.c \
	anytoany.c checkdb.c rmvec.c getascdb.c graphc9.c laben.c \
	lastclones.c makeascnam.c mapsub7.c openmapdb.c plot1.c \
	pmap.c rjps.c vt640.c logdb.c rancl.c randb.c modelcc.c \
	cc2ace.c contig_dumpace.c

$(CONTIGC_SOURCES):
	ln -s ../contigc/$@ . 


contig_clean:
	rm -f $(CONTIGC_SOURCES:.c=.o)

#######################################
# contigc : interactive contig assembly
#######################################

CONTIG_OBJS = auto.o \
		clib.o \
		contig.o \
		difmap.o \
		laben.o \
		plot1.o \
		rjps.o \
		cc2ace.o \
		vt640.o \
		graphc9.o \
		f2c.o

contig : $(CONTIG_OBJS)
	 $(LINKER) -o contig $(CONTIG_OBJS) $(GRAPHIC_LIBS)

####################################
# pmap : readonly version of contigc
####################################

PMAP_OBJS = pmap.o \
		cemsub.o \
		contaslib.o \
		clib.o \
		laben.o \
		auto.o \
		f2c.o \
		vt640.o \
		plot1.o \
		rjps.o \
		graphc9.o

pmap :  $(PMAP_OBJS)
	$(LINKER) -o pmap $(PMAP_OBJS)  $(GRAPHIC_LIBS)

###################################################
# contasp: program to arrange contigs automatically
###################################################

CONTASP_OBJS = contasp.o \
		contaslib.ng.o \
		clib.ng.o \
		f2c.ng.o

contasp : $(CONTASP_OBJS)
	$(LINKER) -o contasp $(CONTASP_OBJS) $(TEXT_LIBS)

############################################################
#######    seperate auxiliary programs
############################################################

################################################
#fphinx: add data from .bands file to a database
################################################
fphinx:		fphinx.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o fphinx fphinx.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)

#################################################
#fpabi: add data from ABI data file to a database
#################################################
fpabi:		fpabi.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o fpabi fpabi.o f2c.ng.o $(TEXT_LIBS)

#####################################################################
#contig_dumpace: command-line program to dump ContigC-DB as .ace-file
#####################################################################
contig_dumpace:	contig_dumpace.o cc2ace.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o contig_dumpace contig_dumpace.o cc2ace.o f2c.ng.o $(TEXT_LIBS)

#############################################################
# lastclones:   show last clones of .nam file
#############################################################
lastclones:	lastclones.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o lastclones lastclones.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)

#############################################################
# makeascnam:   dump .nam as ascii
#############################################################
makeascnam:	makeascnam.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o makeascnam makeascnam.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)

################################################
#openmapdb: initialize a new database
################################################
openmapdb:	openmapdb.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o openmapdb openmapdb.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)

################################################
#mapsub: generate MAP.OUT file
################################################
mapsub:		mapsub7.o clib.ng.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o mapsub mapsub7.o clib.ng.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)

################################################
#extend: search contig ends
################################################
extend:		extend.o clib.ng.o f2c.ng.o difmap.ng.o rjps.ng.o
		$(LINKER) -o extend extend.o clib.ng.o f2c.ng.o difmap.ng.o rjps.ng.o  $(TEXT_LIBS)

######################################################################
# getascdb:   program to convert ASCII VAX database to UNIX bin-format
######################################################################
getascdb:	getascdb.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o getascdb getascdb.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)

##################################################################
# anytoany:   program to update one project with data from another
##################################################################
anytoany:	anytoany.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o anytoany anytoany.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)

####################################
# checkdb:   check & correct project
####################################
checkdb:	checkdb.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o checkdb checkdb.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)

##########################################################
# rmvec:   remove all vector bands from the whole database
##########################################################
rmvec:		rmvec.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o rmvec rmvec.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)

##################################
# logdb : records project progress
##################################
logdb:		logdb.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o logdb logdb.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)

################################
# rancl : random database model
################################
rancl:		rancl.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o rancl rancl.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)

################################
# randb : create random database
################################
randb:		randb.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o randb randb.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)

########################################
# model : database modelling
########################################
model:		modelcc.o f2c.ng.o
		$(LINKER) -o model modelcc.o f2c.ng.o  $(TEXT_LIBS)


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## end of ContigC makefile ##
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