#NEXUS [This is an example of a mixed data set] [Data from Nylander, J., F. Ronquist, J. P. Huelsenbeck and J. L. Nieves-Aldrey. 2004. Bayesian phylogenetic analysis of combined data. Systematic Biology 53:47-67.] begin data; dimensions ntax=32 nchar=3246; [Note the specification of the mixed data type. This is a MrBayes-specific extension to the Nexus standard.] format datatype=mixed(Standard:1-166,DNA:167-3246) interleave=yes gap=- missing=?; matrix [morphology] Synergus 1-1-100000000202110201011010110100000000010121001120101010101000000001100020000000111000102010000211010010001001110110000011100000100111000000011112100001001101100005 Periclistus 1-1-100000000202110201011110110100000000010100101000101010011000000001100021001000111000112010000211010010000001110111000011100000100111010000111112100001001111100002 Ceroptres 1-1-1000100002021002010111101001000000000111000???10101010010000000000100021001000111000100000000200010010101001010111000011100000100111100000101112101001100111????05 Synophromorpha 1-1-00001000021-100101001111110100000000010100101000100010010000000000100001200000111000110000000200010010001001000111000011100001120011110000111112100001001101100002 Xestophanes 1-1-00001000011-10-110001011010100000000010110101000100010010101000000100001201000121000110000000100111010001000000111000011100000110011100000010012100000100120001002 Diastrophus 011-10101000021-10-210001011010100000100000011101000100010012000000000001101201100101000110000000100100000000000000011000011100001120011100100000012000000100120001002 Gonaspis 1-1-10001000011-10-210001011010100000100000021101000100010012000000000000101201000100000110000000200110000000000000111000011100101120011100101000010-00000100120001002 Liposthenes_gle 01000030000101022020000010110111000001001000101100001000100120000000010000112011001010001120100001001110000000000000100000100010011210111-0201100012000000000120000003 Liposthenes_ker 0000102000000101????????????????????????????110???0?10001001000000??00000011101100101000112010000????1000000000??????1?1?0100000011210111-01011000???0?000?001?1????03 Antistrophus 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Xestophanes GATATGACTGATCCACCATATTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAGAAAGAGGTGTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTACAATACTGCTTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCT????????????????????????????????????????????????? Diastrophus GGCATGACTGATCCACCATATTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAGAAAGAGGTGTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTTCAATACTGCTTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCT????????????????????????????????????????????????? Gonaspis GACATGACTGATCCACCATATTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAGAAAGAGGTGTCATCATACATCAAGAAAATTGGTTACAATACTGCTTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCT????????????????????????????????????????????????? Liposthenes_gle GATATGACTGATCCACCATACTCTGAGAGTCGATTCGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTATAATACTGCGTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGTCCATTTTTATGTGAAATATACGCAATGCTTGGCTCCCTATTT Liposthenes_ker GATATGACTGATCCACCATACTCTGAGAGTCGCTTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGCTATAATACTGCGTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGCCCATTTTTATGTGAGATGTACGGAATGTTTGGTTCCCTATTC Antistrophus GATATGACTGATCCACCGTACTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAAGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTATAATACTGCGTCAGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGTCCATTTTTATGTGAGATGTACGCAATGCTTGGCTCCCTATTC Rhodus GATATGACTGATCCACCATACTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTATAATACTGCGTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGTCCATTTTTATGTGAGATGTACGCAATGTTTGGCTCCCTATTT Hedickiana GATATGATTGATCCACCATACTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTATAATACTGCGTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGTCCATTTTTATGTGAGATGTACGGAATGTTTGGCTCCCTGTTT Neaylax GATATGACTGATCCACCATACTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTATAATACTGCGTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGTCCATTTTTATGTGAGATGTACGGAATGTTTGGCTCCCTATTA Isocolus GATATGACTGATCCACCATACTCCGACAGTCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTATAATACTGCGTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGTCCGTTTTTATGTGAGATGTACGCAATGCTTGGCTCCCTATTC Aulacidea GATATGACTGATCCACCATACTCTGAGAGCCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTATAATACTGCATCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGTCCATTTTTATGTGAGATGTACGGAATGTTYGGCTCCCTATTC Panteliella GATATGACTGATCCACCATACTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTATAATACTGCGTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGTCCATTTTTATGTGAGATGTACGGAATGTTTGGCTCCCTTTTC Barbotinia GATATGACTGATCCTCCATATTCTGAAAGTCGATTTGAAGAAATAAAGAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTACAATACTGCTTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGTCCATTTATATGTGAGATATATGCAATGCTTGGCTCCCTATTT Aylax GATATGACTGATCCTCCATATTCTGAAAGTCGATTTGAAGAAATAAAGAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTACAATACTGCTTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGTCCATTTATATGTGAGATGTACGGAATGTTTGGCTCTCTATTT Iraella GATATGACTGATCCTCCATATTCTGAAAGTCGATTTGAAGAAATTAAGAAAGAAGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTACAATACTGCTTCGGTCGCATTTGTTCCAATTTCT????????????????????????????????????????????????? Timaspis GACATGGCTGATCCATCATATTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAAAAAATTGGATACAATACTGCTTCGGTTGCATTTGTACCAATTTCTTCTTGGTCCATTTTTATGTGAGATATATGCAATGCTTGGCTCCCTATTC Phanacis_1 GACATGACTGATCCACCATATTCTGAAAGTCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAAAAAATTGGATACAATACTGCTTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCT????????????????????????????????????????????????? Phanacis_2 GACATGACTGACCCACCATATTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAAAAAATTGGATACAATACTGCTTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCT????????????????????????????????????????????????? Eschatocerus GATATGACTGATCCACCATATTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATAAAAAAAGAGGTTTCCTCATACATCAAGAAAATTGGTTACAATACTTCTTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTATTTGGACCACTCTTCTGTCAAATATACGCATTGCTCGGCTCACTTTTT Diplolepis GATATGACTGACCCACCATATTCAGAGAGCCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAAGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGTTACAATACAGCTTCAGTTGCATTTGTTCCCATTTCTNNNNGGTCCATTCTTGTGTGAGATATACGCTTTACTTGGTTCTCTATTT Pediaspis GATATGACTGACCCACCATATTCTGAAAGTCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCTTCATACATCAAAAAAATTGGTTACAATACAGCTTCGGTTGCATTTGTTCCCATTTCTGTTTGGGCCATTTATATGTGAGCTGTATGCATTGTTCGGTTCCCTATTC Plagiotrochus GATATGACTGATCCGCCATATTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAGAAAGAGGTGTCTTCATACATAAAGAAAATTGGTTACAATACTGCCTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCAACATGGACCTTTTATGTGCGAGATGTACGCAATGTTTGGCTCCCTATTC Andricus GATATGACCGATCCACCATATTCTGAAAGTCGTTTTGAAGAAATCAAGAAAGAGGTTTCCTCATACATCAAGAAAATTGGTTACAATACTTCTTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGTCCATTTATGTGTGAGATCTACGCAATGCTTGGCTCCCTATTC Neuroterus GATATGACCGATCCACCATATTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTTTCCTCGTACATCAAGAAGATTGGTTACAATACTTCTTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCT????????????????????????????????????????????????? Biorhiza GATATGACTGATCCACCATATTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATAAAAAAAGAGGTTTCCTCATACATCAAGAAAATTGGTTACAATACTTCTTCGGTTGCATTTGTTCCAATTTCTTCTTGGTCCATTTATATGTGAGATCTACGCAATGCTTGGCTCCTTATTC Parnips GATATGACTGACCCACCATATTCTGAGAGCCGATTTGAGGAAATAAAAAAGGAAGTTTCTTCATACATCAAGAAAATTGGCTACAATACTGTTTCGGTTGCATTTGTTCCCATTTCTATTGGGGCCATTTATGTGTGAAATGTATGGACTAACTGGCTCTCTATTC Paramblynotus GACATGACTGATCCACCTTATTCTGAAAGTCGTTTTGAGGAGATCAAGAAAGAGGTTTCCTCATACATCAAGAAGATTGGCTACAATACAGCATCAGTTGCATTTGTACCAATTTCT????????????????????????????????????????????????? Ibalia GATATGACTGATCCACCATATTCTGAGAGTCGATTTGAAGAAATCAAAAAAGAGGTATCTTCATACATCAAGAAAATTGGCTACAATACTGCTTCAGTTGCATTTGTTCCCATTTCT????????????????????????????????????????????????? Synergus GGATGTGGCTCTATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTCGACCGATACAACGTTATCGTAAAAGGTTTAGCTGGCAAGCCCTTAACTATCAGTGGTGCAATTCTGCGCATTGCTTTTCTCTGGATCTGGGCAGTAATTTGGACAGTTGCACCAATGATAGGATGGA Periclistus GGATGTGGCTCCATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTCGATCGATACAATGTTATCGTAAAGGGTCTGGCTGGCAAACCGCTATCTATCAGTGGTGCAATTCTGCGCATTGTTGGACTCTGGGTCTGGGCAGTAATTTGGACCATTGCACCAATGATAGGATGGA Ceroptres GGATGTGCCTCCATTTGGACGATGTGTATGATTGCTTTCGACCGATACAATGTCATCGTGAAAGGTTTAGCTGGAAAGCCGCTAACTATCAGTGGTGCAATTCTGCGTATTATTGGTCTCTGGGCCTGGGCAATAGTTTGGACCGTTGCCCCAATGTTAGGATGGA Synophromorpha ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Xestophanes ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Diastrophus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Gonaspis ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Liposthenes_gle GGATGCGGCTCCATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTCGATCGATACAATGTTATCGTAAAGGGCTTAGCAGGCAAGCCCTTAACTATCACTGGTGCAATTCTGCGGATTGTTGGTCTCTGGGTTTGGGCAGTTGTTTGGACCATTGCACCAATGATAGGATGGA Liposthenes_ker GGATGCGGCTCCATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTCGATCGATATAATGTTATCGTAAAAGGCTTAGCAGGCAAGCCCTTAACTATCACTGGTGCAACTCTGCGGATTATTGGTCTCTGGGCTTGGGCAGTCGTTTGGACCATTGCACCAATGATAGGATGGA Antistrophus GGATGCGGCTCCATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTCGATCGATACAATGTTATTGTAAAAGGCTTAGCAGGCAAGCCCTTAACTATCACTGGTGCAATTCTGCGGATTGTTGGTCTCTGGGTTTGGGCAGTCGTTTGGACTATTGCACCAATGATAGGATGGA Rhodus GGATGCGGCTCCATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTCGATCGATACAATGTTATTGTAAAAGGCTTAGCAGGCAAGCCCTTAACTATCACTGGTGCAGTTCTGCGGATTGTTGGTCTCTGGGTTTGGGCAGTCGTTTGGACCATTGCACCAATGATAGGATGGA Hedickiana GGATGCGGCTCCATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTCGATCGATACAATGTTATTGTAAAAGGCTTAGCAGGCAAGCCCTTAACTATCACTGGTGCAATTCTGCGGATTGTTGGTCTATGGGTTTGGGCAGTCGTTTGGACCATTGCACCAATGATAGGATGGA Neaylax GGATGCGGCTCCATCTGGACAATGTGTATGATTGCTTTCGATCGATACAATGTTATTGTAAAAGGCTTAGCAGGCAAGACCTTAACTATCACTGGCGCAATTCTGCGGATTGTTGGTCTCTGGGTTTGGGCAGTCGTTTGGACCATTGCACCAATGATAGGATGGA Isocolus GGATGTGGCTCCATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTTGACCGATATAATGTTATCGTAAAAGGTTTAGCTGGCAAGCCCTTGACTATCACTGGTGCAATTCTGCGGATTGTTGGTCTCTGGATTTGGGCAGTCGTTTGGACCATTGCACCAATGATAGGATGGA Aulacidea GGATGTGGCTCCATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTTGACCGATATAATGTTATCGTAAAAGGCTTAGCTGGCAAGCCCTTAACTATCACTGGTGCAATTCTGCGGATTGTTGGTCTCTGGGTTTGGGCAGTTGTTTGGACCATTGCACCAATGATAGGATGGA Panteliella GGATGTGGCTCCATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTCGACCGATACAATGTTATCGTAAAAGGCTTGGCTGGCAAGCCCTTAACTATCACTGGTGCAATTCTGCGGATTGTTGGTCTCTGGGTTTGGGCAGTCATTTGGACCATTGCCCCAATGATAGGATGGA Barbotinia GGATGTGGCTCCATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTCGACCGATACAATGTTATCGTAAAAGGTTTAGCTGGCAAGCCATTAACTATCAGTGGTGCAATTCTGCGTATTGTTTTTCTCTGGGTCTGGGCGGTAGTTTGGACCATTGCACCAATGATAGGATGGA Aylax GGATGTGGATCCATTTGGACAATGAGTATGATTGCTTTCGACCGATACAATGTTATCGTAAAAGGTTTAGCTGGCAAGCCATTAACTATCAGTGGTGCAATTCTGCGTATTGNTTTCCTCTGGCTCTGGGCGGTAATTNGGACCATTGCACCAATGATAGGATGGA Iraella ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Timaspis GGATGTGGCTCCATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTTGATCGATACAATGTTATTGTAAAAGGTTTAGCTGGCAAGCCATTAACTATCAGTGGTGCAATTCTACGCATTGTTGGTCTCTGGGTCTGGGCTGTCATTTGGACCATTGCACCAATGCTAGGATGGA Phanacis_1 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phanacis_2 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Biorhiza GGATGTGCCTCCATTTGGACAATGTGTATGATTGCTTTCGACCGATACAATGTCATTGTAAAGGGTTTAGCTGGAAAGCCACTCACTATCAGTGGTGCAATTCTGCGTATTGCTGGTCTCTGGGTATGGGCAGTAATTTGGACCATTGCACCAATGTTGGGCTGGA Parnips GGATGTGGGTCCATTTGGACAATGTGCATGATTGCGTTCGACAGATACAACGTAATAGTAAAAGGTTTGGCAGGAAAACCTTTAACCATCAGTGGTGCAATTCTTCGCATAGTTGGTCTCTGGGTCTGGGCCGTTATTTGGACCATTGCACCAATGATAGGATGGA Paramblynotus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Ibalia ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Synergus ATCGGTACGTTCCGGAGGGTAACATGACAGCTTGCGGAACTGACTACCTGACTAAGGATTGGTTATCGAGGTCTTACATCATTGTATACAGCGTCTTCGTATACTTCATGCCACTTTTCCTCATCATATACAGTTACTATTTCATCATTGCTGCTGTATCTGCCCA Periclistus ATCGGTATGTTCCTGAAGGCAATTTGACAGCTTGCGGAACTGACTATCTGAGTAAGGATTGGTTGTCGAGGTCTTACATTCTTGTATACAGCGTCTTCGTATACTTCATGCCACTTTTCCTCATCATATACAGTTACTATTTCATCATCGCTGCTGTATCTGCTCA Ceroptres ATCGGTACGTTCCCGAAGGCAACATGACAGCTTGTGGAACTGACTATCTGACTAAGGATTGGTTCTCGAGATCTTACATTATTATATATAGCGTCTTCGTATACTTTGCGCCACTTTTCCTCATCATATACAGTTACTATTTCATCATTGCTGCTGTATCTGCTCA Synophromorpha ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Xestophanes ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Diastrophus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Gonaspis ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Liposthenes_gle ATCGGTACGTTCCCGAGGGTAACATGACAGCTTGTGGAACTGATTATCTAACCAAAGATTGGTTCTCAAGGTCTTATATACTTATATACAGTGTCTTTGTATACTTCATGCCACTTTTTCTCATCATATACAGCTACTATTTTATCATTGCTGCTGTATCTGCTCA Liposthenes_ker ATCGGTACGTTCCCGAGGGTAACATGACAGCTTGTGGAACTGACTATCTAACCAAAGATTGGTTCTCGAGGTCTTATATACTTATATACAGYGTCTTTGTATACTTCATGCCACTTTTTCTCATCATATACAGCTACTATTTTATCATTGCTGCTGTATCTGCTCA Antistrophus ATCGGTACGTTCCCGAAGGTAACATGACAGCTTGTGGAACTGACTATCTAACTAAAGATTGGTTCTCGAGGTCTTATATAATTATATACAGTGTCTTCGTATACTTCATGCCACTTTTTCTCATCATATACAGTTACTATTTTATCATTGCTGCTGTATCTGCTCA Rhodus ATCGGTACGTTCCCGAAGGCAATATGACAGCTTGTGGAACTGACTATCTAACTAAAGACTGGTTCTCGAGGTCTTATATACTTATATACAGTGTCTTCGTATACTTCATGCCACTTTTTCTCATTATATACAGCTACTATTTTATCATTGCTGCTGTATCTGCTCA Hedickiana ATCGGTACGTTCCCGAAGGCAACATGACAGCTTGTGGAACTGACTATCTAACTAAAGACTGGTTCTCGAGGTCTTATATACTTATATACAGTGTCTTCGTATACTTTATGCCACTTTTTCTCATCATATACAGCTACTATTTTATCATTGCTGCTGTATCTGCTCA Neaylax ATCGGTACGTTCCCGAAGGCAACATGACAGCTTGTGGAACTGACTATCTAACTAAAGACTGGTTCTCGAGGTCTTATATACTTATATACAGTGTCTTCGTATACTTCATGCCACTTTTTCTCATCATATACAGCTACTATTTTATCATTGCTGCTGTATCTGCTCA Isocolus ATCGGTACGTTCCCGAGGGCAACATGACAGCTTGTGGAACTGACTACTTGACTAAGGATTGGTTCTCGAGGTCCTATATACTTATATACAGTGTCTTCGTATATTTCATGCCACTTTTTCTCATCATATACAGCTACTATTTCATCATTGCTGCTGTATCTGCTCA Aulacidea ATCGGTATGTTCCCGAGGGTAACATGACAGCTTGTGGAACTGACTATCTAACTAAGGATTGGTTCTCCAGGTCCTTCATACTTGTATACAGTATCTTCGTATACTTCATGCCACTTTTTCTCATCATATACAGCTACTATTTCATCATTGCTGCTGTATCTGCTCA Panteliella ATCGGTACGTTCCCGAGGGCAATATGACAGCTTGTGGAACTGACTATCTGAATAAAGATTGGTTCTCGAGGTCTTATATACTTATATACAGTGTCTTTGTATACTTTATGCCACTTTTTCTCATTATATACAGTTACTATTTCATCATTGCTGCTGTATCTGCCCA Barbotinia ATCGGTACGTTCCCGAGGGCAACATGACAGCTTGTGGAACTGACTATCTAACTAAGGATTGGTTCTCGAGGTCTTACATTCTTGTATACAGCGTCTTCGTATACTTCATGCCACTTTTCCTCATCATCTACAGTTACTATTTCATCATTGCTGCTGTATCTGCTCA Aylax ATCGGTACGTNCCCGAGGGTAACATGACAGCTTGTGGAACTGACTATCTANCTAAGGATTGGTTCTCGAGGT---------------------------------------------------------------------------------------------- Iraella ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Timaspis ATCGGTATGTTCCTGAAGGTAACATGACAGCTTGTGGGACTGACTATTTGACTAAGAACTGGTTCTCGAGGTCTTACATCCTTATATACAGCATTTTCGTGTATTTCATGCCACTTTTCCTCATAATATACAGTTACTATTTCATCATTGCTGCTGCATCTGCTCA Phanacis_1 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phanacis_2 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Synergus TGAAAAGGCTATGCGTGAACAGGCCAAAAAGATGAATGTAGCTTCTCTACGATCATCTGACAATCAAAATACGAGTGCTGAACATAAACTTGCCAAGGTACTCTAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATAC-ACCCACGAGACCGATAGCGAACAAGTA Periclistus CGAAAAAGCAATGCGTGAACAGGCCAAAAAGATGAATGTAGCTTCTCTACGATCATCCGATAATCAAAATACGAGTGCTGAACATAAACTCGCCAAGGTA------------------------------------------------------------AAGGTA Ceroptres CGAAAAAGCAATGCGTGAACAGGCCAAAAAGATGAATGTAGCATCGCTACGATCATCCGACAATCAAAATACGAGCGCTGAACATAAACTCGCCAAGGTACTCTAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATAC-AACCACGAGACCGATAGCGAACAAGTA Synophromorpha ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTCTAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATAC-AACCACGAGACCGATAGCGAACAAGTA Xestophanes ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????------------------------------------------------ACCGATAGCGAACAAGTA Diastrophus 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CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Xestophanes CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Diastrophus CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Gonaspis CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Liposthenes_gle CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Liposthenes_ker CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Antistrophus CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Rhodus CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Hedickiana CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Neaylax CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Isocolus CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Aulacidea CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Panteliella CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Barbotinia CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Aylax CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Iraella CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Timaspis CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Phanacis_1 CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Phanacis_2 CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Eschatocerus CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTTGCATTAAGCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Diplolepis CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGAGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Pediaspis CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGTGTGA-TTGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Plagiotrochus CAAATCGATCGTAGGAGCTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGAAGCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Andricus CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Neuroterus CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Biorhiza CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Parnips CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Paramblynotus CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Ibalia CAAATCGATCGTCGGAACTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACTCGCGTGA-GCGAGTCTCATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGCCGAAACGACCTCAACCTAT Synergus TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Periclistus TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Ceroptres TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Synophromorpha TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAATA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Xestophanes TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAATA-------------------------------------------------- Diastrophus TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAATA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Gonaspis TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAATA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Liposthenes_gle TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Liposthenes_ker TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Antistrophus TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAAAA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Rhodus TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Hedickiana TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCAAGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Neaylax TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Isocolus TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Aulacidea TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Panteliella TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTNAAGCCAC--------------------------------------- Barbotinia TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCATTTTT Aylax TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCATTTTT Iraella TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCATTTTT Timaspis TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAATA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Phanacis_1 TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Phanacis_2 TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Eschatocerus TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAATTTATGAAGCCATGAGATATAATTGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Diplolepis TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-TTGAAGCCATGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Pediaspis TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Plagiotrochus TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTTT-TCGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Andricus TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Neuroterus TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Biorhiza TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACA-GTGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Parnips TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACG-GTGAAGCCATGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Paramblynotus TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACT-GTGAAGCCATGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT Ibalia TCTCAAACTTTAAATGGGTGAGATCTCTGGCTTGCTTGAACG-ATGAAGCCACGAGATTT---CGGATCAGAGTGCCAAGTGGGCCAATTTT ; end; begin mrbayes; [This block sets up several different partitions that could be used in the analysis of this dataset. Note that Ibalia is selected as the outgroup; the default outgroup is the first taxon in the matrix.] outgroup Ibalia; charset morphology = 1-166; charset molecules = 167-3246; charset COI = 167-1244; charset COI_1st = 167-1244\3; charset COI_2nd = 168-1244\3; charset COI_3rd = 169-1244\3; charset EF1a = 1245-1611; charset EF1a_2nd = 1245-1611\3; charset EF1a_3rd = 1246-1611\3; charset EF1a_1st = 1247-1611\3; charset LWRh = 1612-2092; charset LWRh_2nd = 1612-2092\3; charset LWRh_3rd = 1613-2092\3; charset LWRh_1st = 1614-2092\3; charset 28S = 2093-3246; charset 28S_Stem = 2160-2267 2361-2401 2489-2528 2539-2565 2577-2647 2671-2760 2768-2827 2848-3194 3220-3246; charset 28S_Loop = 2093-2159 2268-2360 2402-2488 2529-2538 2566-2576 2648-2670 2761-2767 2828-2847 3195-3219; partition Names = 5: morphology, COI, EF1a, LWRh, 28S; partition Nopart = 2: morphology, molecules; partition Morph_mito_nucl_ribo = 4: morphology, COI, EF1a LWRh, 28S; partition Extreme = 12: morphology, COI_1st, COI_2nd, COI_3rd, EF1a_2nd, EF1a_3rd, EF1a_1st, LWRh_2nd, LWRh_3rd, LWRh_1st, 28S_Stem, 28S_Loop; end; begin mrbayes; [The following lines set up a model in which all four genes have their unique GTR + gamma + proportion of invariable sites model] set partition=Names; lset applyto=(2,3,4,5) nst=6 rates=invgamma; [Unless the parameters are explicitly unlinked, they will be shared across partitions. The unlink command is used to unlink the parameters.] unlink shape=(all) pinvar=(all) statefreq=(all) revmat=(all); [The following line allows rates to vary across partitions] prset ratepr=variable; end;