This is a demo file describing the file format for the rule strings that are 
used by the --rulefile option.

Briefly, it takes the overall format of a GCG REBASE file.  Anything that
appears before the separator of a line consisting of '..' is a comment.
Anything after that separator, unless prefixed with a ';' at the beginning of a
line is a rule or part thereof.

A rule consists of a Rule Name of up to 10 characters, the rule itself which
must be enclosed in parens, and a sliding window term, all separated by commas.

Rules can be split over several lines if the last character in each of the lines
is a backslash (\) and the entire length is less than the compiled-in max of 
2000 characters (MAX_LEN_RULESTRING).


..
;Name ,   Rule  , sliding window                                 
;TestRule1  ,  ((MwoI:1:8 | NaeI:1:8 | NarI:1:8) ^ ( NciI:1:8 & NcoI:1:8) | \
;(NdeI:1:8 | (NgoMIV:1:8 & NheI:1:8))),866

TestRule1  ,  (MwoI:1:8 | NaeI:1:8 | NarI:1:8) ,866

;   -x 'MwoI,NaeI,NarI,NciI,NcoI,NdeI,NgoMIV,NheI' 

;TestRule2  ,  (MwoI:1:8 | NaeI:1:8 | NarI:1:8) ^ \
;( NciI:1:8 & NcoI:1:8) | (NdeI:1:8 | \
;(NgoMIV:1:8 & NheI:1:8)),66

;TestRule2 ,   (EcoRV:1:8&FauI:1:8(Fnu4HI:1:8|FokI:1:8(FseI:1:8&FspI:1:8)|((HaeII:1:8 &HaeIII:1:8| \
;             HgaI:1:8&HhaI:1:8)&Hin4I:1:8)|HinP1I:1:8)&(HincII:1:8^(KasI:1:8|KpnI:1:8(MaeIII:1:8| \
;             MboI:1:8&MboII:1:8)|(MfeI:1:8^MluI:1:8)|MlyI:1:8)&(MnlI:1:8|MscI:1:8(MseI:1:8| \
;             (MslI:1:8&MspA1I:1:8)^MwoI:1:8)|NaeI:1:8)&NarI:1:8)^NciI:1:8),10000

;TestRule3  ,  ((HpaII:13:38 ^ AatII:1:8) | (AccI:1:8 & Acc65I:1:8 & AciI:1:8) | ((AclI:1:8 & AfeI:1:8) ^ AflII:1:8)),1111

;TestRule4  ,  (((PpuMI:1:8 & ((AflIII:1:8 & AgeI:1:8) |  AhdI:1:8) &  AloI:1:8) & AloI:1:8 | AluI:1:8) ^ (AlwI:1:8 & AlwNI:1:8) )|\
;              ((((HgaI:1:8&HhaI:1:8)&Hin4I:1:8)|HinP1I:1:8)&(HincII:1:8^(KasI:1:8|KpnI:1:8(MaeIII:1:8|))))),9876

;--rule 'TestRule4  ,  (((PpuMI:1:8 & ((AflIII:1:8 & AgeI:1:8) |  AhdI:1:8) &  ApaI:1:8) & MaeIII:1:8 | AluI:1:8) ^ (AlwI:1:8 & AlwNI:1:8) | ((((HgaI:1:8&HhaI:1:8)&HinfI:1:8)))),800' -e 30000 < Seqs/hlef.seq

;|HinP1I:1:8)&(HincII:1:8^(KasI:1:8|KpnI:1:8(MaeIII:1:8|)))) ),800' -e 30000 < Seqs/hlef.seq

;TestRule4  ,  ((((PpuMI:3:5 & ((AflIII:0:2 & AgeI:1:2) |  (AhdI:0:3) &  ApaI:2:4) & MaeIII:0:2 | AluI:3:6))) ^ \
;(AluI:5:8 & AlwNI:1:2) | ((HgaI:1:3&HhaI:5:18)&HinfI:1:8)&(HincII:3:8^(KasI:3:9|KpnI:1:3&MaeIII:1:8))),1200

;TestRule5  ,   ((PpuMI:3:8 | PshAI:1:3 ^ PsiI:2:4) & ((PspGI:2:7 | PspOMI:1:8 & HindIII:0:2) | (ApaI:1:2 & PstI:1:8))),1445
                 
;;TestRule6  ,   (((MwoI:1:2 &  NaeI:0:1) & (  NarI:2:2 | NciI:10:18 & NcoI:2:8)) & (NdeI:2:4 ^ NgoMIV:1:3) | NheI:5:8  ),999
          
; ./tacg --rule 'TestRule4  ,  ((((PpuMI:3:5 & ((AflIII:0:2 & AgeI:1:2) |  (AhdI:0:3) &  ApaI:2:4) & MaeIII:0:2 | AluI:3:6))) ^ (AluI:5:8 & AlwNI:1:2) | ((HgaI:1:3&HhaI:5:18)&HinfI:1:8)&(HincII:3:8^(KasI:3:9|KpnI:1:3&MaeIII:1:8))),1200' -e 30000 < Seqs/hlef.seq