# Lane 1 : Tile 1204 : Raw : Read 1 Aligned bases (outside insertions or deletions) :- 3471525 bases of sequence found 10087 were errors 55 were blanks 0.29 percent error rate 0.00 percent blank rate Indels :- 0 insertions 10 deletions 10 deletion bases mean deletion length 1.00 unique alignments : 46287 (total score 18613946) cycles : 75 All error breakdowns and patterns below refer to non-indel bases. 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Really: Read As: N pc A pc C pc G pc T pc A 0.00 99.82 0.06 0.09 0.03 C 0.00 0.20 99.51 0.06 0.22 G 0.00 0.19 0.02 99.70 0.09 T 0.00 0.05 0.09 0.10 99.76 Error rate relative to reference base (excluding blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: A pc C pc G pc T pc A 99.82 0.06 0.09 0.03 C 0.20 99.51 0.06 0.22 G 0.19 0.02 99.70 0.09 T 0.05 0.09 0.10 99.76 Error rate relative to sequenced base (excluding ref blanks) (Given a sequenced base, what was it really?) Read As: Really: A pc C pc G pc T pc N 40.00 21.82 16.36 21.82 A 99.63 0.16 0.15 0.05 C 0.07 99.79 0.02 0.11 G 0.11 0.06 99.71 0.12 T 0.03 0.18 0.07 99.72 Breakdown of errors by nucleotide Read As: Really: A ct C ct G ct T ct N 22 12 9 12 A 951352 1572 1455 512 C 576 771759 192 828 G 858 480 769376 928 T 259 1737 690 958659 Full breakdown of errors by cycle and nucleotide Cycle: Read As: Really: A ct C ct G ct T ct 1 N 0 0 0 0 1 A 12795 1 14 1 1 C 0 10111 5 5 1 G 3 0 9526 0 1 T 3 31 12 13655 2 N 0 0 0 0 2 A 12930 3 12 1 2 C 0 10061 3 6 2 G 11 0 10202 0 2 T 2 21 15 12898 3 N 0 0 0 0 3 A 12760 3 17 4 3 C 0 10299 0 7 3 G 7 1 10228 2 3 T 0 28 10 12804 4 N 0 2 0 0 4 A 12524 3 16 1 4 C 0 10316 1 5 4 G 4 0 10326 1 4 T 3 16 5 12948 5 N 0 0 0 0 5 A 12749 3 9 3 5 C 0 9822 1 10 5 G 8 1 10453 2 5 T 1 23 6 13082 6 N 0 0 0 0 6 A 12740 2 15 2 6 C 1 10299 1 10 6 G 5 0 10432 2 6 T 1 14 4 12646 7 N 0 0 0 0 7 A 12722 6 11 1 7 C 1 10059 0 9 7 G 4 0 10513 0 7 T 1 21 4 12825 8 N 0 0 0 0 8 A 12827 3 21 2 8 C 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NNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNN. NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNN Log likelihood scores Cycle: Read As: Really: A C G T >1 N -47 -47 -47 -47 >1 A 290 -410 -296 -410 >1 C -47 300 -330 -330 >1 G -350 -47 350 -47 >1 T -365 -264 -305 247 >2 N -47 -47 -47 -47 >2 A 290 -363 -303 -411 >2 C -47 304 -352 -322 >2 G -296 -47 296 -47 >2 T -381 -278 -293 253 >3 N -47 -47 -47 -47 >3 A 272 -362 -287 -350 >3 C -47 316 -47 -316 >3 G -316 -401 300 -370 >3 T -47 -266 -310 252 >4 N -47 -47 -47 -47 >4 A 279 -362 -289 -409 >4 C -47 323 -401 -331 >4 G -341 -47 331 -401 >4 T -363 -290 -341 273 >5 N -47 -47 -47 -47 >5 A 292 -362 -315 -362 >5 C -47 295 -399 -299 >5 G -311 -401 297 -371 >5 T -411 -275 -333 263 >6 N -47 -47 -47 -47 >6 A 282 -380 -292 -380 >6 C -401 293 -401 -301 >6 G -331 -47 317 -371 >6 T -410 -295 -350 282 >7 N -47 -47 -47 -47 >7 A 284 -332 -306 -410 >7 C -400 300 -47 -304 >7 G -341 -47 341 -47 >7 T -410 -278 -350 269 >8 N -47 -47 -47 -47 >8 A 269 -363 -278 -380 >8 C -400 283 -400 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1 insertion bases mean insertion length 1.00 17 deletions 19 deletion bases mean deletion length 1.12 unique alignments : 45854 (total score 18118281) cycles : 75 All error breakdowns and patterns below refer to non-indel bases. Breakdown of errors by cycle Cycle: Err pc: Blank pc: 1 0.50 0.00 2 0.27 0.00 3 0.31 0.00 4 0.26 0.00 5 0.31 0.00 6 0.32 0.00 7 0.35 0.00 8 0.38 0.00 9 0.36 0.08 10 0.40 0.00 11 0.42 0.00 12 0.32 0.00 13 0.33 0.00 14 0.47 0.00 15 0.51 0.00 16 0.47 0.04 17 0.41 0.00 18 0.33 0.00 19 0.33 0.00 20 0.34 0.00 21 0.30 0.00 22 0.35 0.00 23 0.40 0.00 24 0.30 0.00 25 0.35 0.00 26 0.38 0.00 27 0.39 0.00 28 0.39 0.00 29 0.38 0.00 30 0.49 0.00 31 0.47 0.00 32 0.58 0.00 33 0.72 0.00 34 0.56 0.00 35 0.74 0.00 36 0.68 0.00 37 0.59 0.00 38 0.81 0.00 39 0.83 0.00 40 0.60 0.00 41 0.83 0.00 42 0.88 0.00 43 0.79 0.00 44 0.83 0.00 45 0.80 0.01 46 0.86 0.00 47 0.75 0.00 48 0.75 0.00 49 0.74 0.00 50 0.84 0.00 51 0.39 0.00 52 0.41 0.00 53 0.41 0.00 54 0.49 0.00 55 0.48 0.00 56 0.49 0.00 57 0.54 0.00 58 0.49 0.00 59 0.60 0.00 60 0.67 0.00 61 0.57 0.00 62 0.68 0.00 63 0.71 0.00 64 0.73 0.00 65 0.84 0.00 66 0.74 0.00 67 0.81 0.00 68 0.88 0.00 69 0.97 0.00 70 0.85 0.00 71 1.01 0.00 72 1.04 0.00 73 1.16 0.00 74 1.03 0.00 75 1.07 0.00 Error rate relative to reference base (including blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: N pc A pc C pc G pc T pc A 0.00 99.55 0.22 0.18 0.05 C 0.00 0.47 99.06 0.22 0.25 G 0.00 0.25 0.06 99.57 0.12 T 0.00 0.10 0.13 0.33 99.43 Error rate relative to reference base (excluding blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: A pc C pc G pc T pc A 99.55 0.22 0.18 0.05 C 0.47 99.06 0.22 0.25 G 0.25 0.06 99.57 0.12 T 0.10 0.13 0.33 99.43 Error rate relative to sequenced base (excluding ref blanks) (Given a sequenced base, what was it really?) Read As: Really: A pc C pc G pc T pc N 16.95 25.42 30.51 27.12 A 99.32 0.38 0.20 0.10 C 0.28 99.50 0.06 0.16 G 0.22 0.22 99.15 0.41 T 0.05 0.20 0.10 99.65 Breakdown of errors by nucleotide Read As: Really: A ct C ct G ct T ct N 10 15 18 16 A 944638 3588 1929 958 C 2110 759659 447 1257 G 1671 1693 764459 3154 T 459 1912 920 940680 Full breakdown of errors by cycle and nucleotide Cycle: Read As: Really: A ct C ct G ct T ct 1 N 0 0 0 0 1 A 12643 26 20 8 1 C 45 10197 5 17 1 G 16 7 9351 11 1 T 18 35 21 13300 2 N 0 0 0 0 2 A 13471 17 19 4 2 C 14 9707 5 6 2 G 19 3 10130 10 2 T 5 14 6 12290 3 N 0 0 0 0 3 A 12735 18 27 10 3 C 7 10235 8 8 3 G 10 5 10222 13 3 T 3 23 10 12388 4 N 0 0 0 0 4 A 12241 14 22 8 4 C 7 10498 0 18 4 G 9 5 10408 11 4 T 1 20 5 12460 5 N 0 0 0 0 5 A 12490 23 18 10 5 C 6 9895 7 11 5 G 19 9 10454 12 5 T 3 19 5 12748 6 N 0 0 0 0 6 A 12514 30 26 7 6 C 11 10305 3 10 6 G 17 4 10477 18 6 T 4 17 1 12291 7 N 0 0 0 0 7 A 12523 16 21 5 7 C 19 9938 4 13 7 G 21 8 10548 22 7 T 3 25 5 12564 8 N 0 0 0 0 8 A 12649 32 21 5 8 C 19 10041 3 14 8 G 12 11 10457 31 8 T 6 16 6 12419 9 N 8 7 13 8 9 A 12615 17 18 12 9 C 21 10076 2 12 9 G 18 13 10180 25 9 T 8 15 3 12677 10 N 0 0 0 0 10 A 12527 30 23 12 10 C 15 10127 2 17 10 G 11 11 10086 25 10 T 5 19 12 12827 11 N 0 0 0 0 11 A 12709 28 30 7 11 C 10 10052 3 4 11 G 14 17 10291 36 11 T 2 31 10 12513 12 N 0 0 0 0 12 A 12548 25 17 7 12 C 12 10192 2 8 12 G 18 7 10169 18 12 T 2 25 5 12711 13 N 0 0 0 0 13 A 12714 25 19 9 13 C 16 10110 2 13 13 G 11 11 10158 17 13 T 4 17 8 12634 14 N 0 0 0 0 14 A 12817 41 21 7 14 C 13 9915 1 19 14 G 20 15 10224 45 14 T 10 16 8 12600 15 N 0 0 0 0 15 A 12531 26 30 8 15 C 24 10099 11 14 15 G 22 17 10225 38 15 T 9 25 10 12688 16 N 2 7 3 5 16 A 12768 39 22 10 16 C 25 10209 2 15 16 G 19 13 9989 23 16 T 10 32 6 12581 17 N 0 0 0 0 17 A 12788 29 14 13 17 C 17 9936 1 12 17 G 18 18 10023 29 17 T 7 24 5 12847 18 N 0 0 0 0 18 A 12657 34 14 11 18 C 10 10226 5 12 18 G 16 10 10044 20 18 T 2 16 3 12705 19 N 0 0 0 0 19 A 12602 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2046 sequences 14 2 1960 sequences 15 1 11271 sequences The 5 most common blank patterns (N=any nonblank character) Ranking Occurrences Words 1 49061 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 2 21 NNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 3 18 NNNNNNNN.NNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 4 2 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN..NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 5 1 NNNNNNNN.NNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN Log likelihood scores Cycle: Read As: Really: A C G T >1 N -47 -47 -47 -47 >1 A 236 -268 -280 -320 >1 C -235 218 -331 -278 >1 G -276 -312 243 -293 >1 T -287 -258 -280 225 >2 N -47 -47 -47 -47 >2 A 252 -289 -285 -352 >2 C -284 258 -328 -320 >2 G -272 -352 250 -300 >2 T -339 -294 -331 269 >3 N -47 -47 -47 -47 >3 A 236 -285 -267 -310 >3 C -316 264 -310 -310 >3 G -301 -331 256 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Error rate relative to reference base (including blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: N pc A pc C pc G pc T pc A 0.00 99.69 0.14 0.13 0.04 C 0.00 0.33 99.29 0.14 0.24 G 0.00 0.22 0.04 99.63 0.10 T 0.00 0.08 0.11 0.21 99.60 Error rate relative to reference base (excluding blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: A pc C pc G pc T pc A 99.69 0.14 0.13 0.04 C 0.33 99.29 0.14 0.24 G 0.22 0.04 99.63 0.10 T 0.08 0.11 0.21 99.60 Error rate relative to sequenced base (excluding ref blanks) (Given a sequenced base, what was it really?) Read As: Really: A pc C pc G pc T pc N 28.07 23.68 23.68 24.56 A 99.47 0.27 0.18 0.08 C 0.17 99.65 0.04 0.14 G 0.16 0.14 99.43 0.26 T 0.04 0.19 0.08 99.69 Breakdown of errors by nucleotide Read As: Really: A ct C ct G ct T ct N 32 27 27 28 A 1895990 5160 3384 1470 C 2686 1531418 639 2085 G 2529 2173 1533835 4082 T 718 3649 1610 1899339