#!/usr/bin/env python # # Restriction Analysis Libraries. # Copyright (C) 2004. Frederic Sohm. # # This code is part of the Biopython distribution and governed by its # license. Please see the LICENSE file that should have been included # as part of this package. # # This file is automatically generated - do not edit it by hand! Instead, # use the tool Scripts/Restriction/ranacompiler.py which in turn uses # Bio/Restriction/_Update/RestrictionCompiler.py # # The following dictionaries used to be defined in one go, but that does # not work on Jython due to JVM limitations. Therefore we break this up # into steps, using temporary functions to avoid the JVM limits. rest_dict = {} def _temp(): return { 'compsite' : '(?PTTATAA)|(?PTTATAA)', 'results' : None, 'site' : 'TTATAA', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -3, 'fst5' : 3, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 0, 'scd3' : None, 'suppl' : ('F',), 'scd5' : None, 'charac' : (3, -3, None, None, 'TTATAA'), 'ovhgseq' : '', } rest_dict['AanI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCACCTGC)|(?PGCAGGTG)', 'results' : None, 'site' : 'CACCTGC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : 8, 'fst5' : 11, 'freq' : 16384, 'size' : 7, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -4, 'scd3' : None, 'suppl' : ('F',), 'scd5' : None, 'charac' : (11, 8, None, None, 'CACCTGC'), 'ovhgseq' : 'NNNN', } rest_dict['AarI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PGAC......GTC)|(?PGAC......GTC)', 'results' : None, 'site' : 'GACNNNNNNGTC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -7, 'fst5' : 7, 'freq' : 4096, 'size' : 12, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 2, 'scd3' : None, 'suppl' : ('F',), 'scd5' : None, 'charac' : (7, -7, None, None, 'GACNNNNNNGTC'), 'ovhgseq' : 'NN', } rest_dict['AasI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PAGGCCT)|(?PAGGCCT)', 'results' : None, 'site' : 'AGGCCT', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -3, 'fst5' : 3, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 0, 'scd3' : None, 'suppl' : ('O',), 'scd5' : None, 'charac' : (3, -3, None, None, 'AGGCCT'), 'ovhgseq' : '', } rest_dict['AatI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PGACGTC)|(?PGACGTC)', 'results' : None, 'site' : 'GACGTC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -5, 'fst5' : 5, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 4, 'scd3' : None, 'suppl' : ('F', 'I', 'K', 'M', 'N', 'O', 'R', 'V'), 'scd5' : None, 'charac' : (5, -5, None, None, 'GACGTC'), 'ovhgseq' : 'ACGT', } rest_dict['AatII'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCCTCGAGG)|(?PCCTCGAGG)', 'results' : None, 'site' : 'CCTCGAGG', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -2, 'fst5' : 2, 'freq' : 65536, 'size' : 8, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -4, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I',), 'scd5' : None, 'charac' : (2, -2, None, None, 'CCTCGAGG'), 'ovhgseq' : 'TCGA', } rest_dict['AbsI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PTGCGCA)|(?PTGCGCA)', 'results' : None, 'site' : 'TGCGCA', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -3, 'fst5' : 3, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 0, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I', 'V'), 'scd5' : None, 'charac' : (3, -3, None, None, 'TGCGCA'), 'ovhgseq' : '', } rest_dict['Acc16I'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PACCTGC)|(?PGCAGGT)', 'results' : None, 'site' : 'ACCTGC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : 8, 'fst5' : 10, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -4, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I',), 'scd5' : None, 'charac' : (10, 8, None, None, 'ACCTGC'), 'ovhgseq' : 'NNNN', } rest_dict['Acc36I'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PGGTACC)|(?PGGTACC)', 'results' : None, 'site' : 'GGTACC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -1, 'fst5' : 1, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -4, 'scd3' : None, 'suppl' : ('F', 'I', 'N', 'R', 'V', 'W'), 'scd5' : None, 'charac' : (1, -1, None, None, 'GGTACC'), 'ovhgseq' : 'GTAC', } rest_dict['Acc65I'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PGG[CT][AG]CC)|(?PGG[CT][AG]CC)', 'results' : None, 'site' : 'GGYRCC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -1, 'fst5' : 1, 'freq' : 1024, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -4, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I', 'V'), 'scd5' : None, 'charac' : (1, -1, None, None, 'GGYRCC'), 'ovhgseq' : 'GYRC', } rest_dict['AccB1I'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCCA.....TGG)|(?PCCA.....TGG)', 'results' : None, 'site' : 'CCANNNNNTGG', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -7, 'fst5' : 7, 'freq' : 4096, 'size' : 11, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 3, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I', 'R', 'V'), 'scd5' : None, 'charac' : (7, -7, None, None, 'CCANNNNNTGG'), 'ovhgseq' : 'NNN', } rest_dict['AccB7I'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCCGCTC)|(?PGAGCGG)', 'results' : None, 'site' : 'CCGCTC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -3, 'fst5' : 3, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 0, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I', 'V'), 'scd5' : None, 'charac' : (3, -3, None, None, 'CCGCTC'), 'ovhgseq' : '', } rest_dict['AccBSI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PGT[AC][GT]AC)|(?PGT[AC][GT]AC)', 'results' : None, 'site' : 'GTMKAC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -2, 'fst5' : 2, 'freq' : 1024, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -2, 'scd3' : None, 'suppl' : ('B', 'J', 'K', 'M', 'N', 'O', 'R', 'S', 'U', 'W', 'X'), 'scd5' : None, 'charac' : (2, -2, None, None, 'GTMKAC'), 'ovhgseq' : 'MK', } rest_dict['AccI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCGCG)|(?PCGCG)', 'results' : None, 'site' : 'CGCG', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -2, 'fst5' : 2, 'freq' : 256, 'size' : 4, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 0, 'scd3' : None, 'suppl' : ('J', 'K'), 'scd5' : None, 'charac' : (2, -2, None, None, 'CGCG'), 'ovhgseq' : '', } rest_dict['AccII'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PTCCGGA)|(?PTCCGGA)', 'results' : None, 'site' : 'TCCGGA', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -1, 'fst5' : 1, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -4, 'scd3' : None, 'suppl' : ('J', 'K', 'R', 'W'), 'scd5' : None, 'charac' : (1, -1, None, None, 'TCCGGA'), 'ovhgseq' : 'CCGG', } rest_dict['AccIII'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCAGCTC)|(?PGAGCTG)', 'results' : None, 'site' : 'CAGCTC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : 11, 'fst5' : 13, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -4, 'scd3' : None, 'suppl' : (), 'scd5' : None, 'charac' : (13, 11, None, None, 'CAGCTC'), 'ovhgseq' : 'NNNN', } rest_dict['AceIII'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCCGC)|(?PGCGG)', 'results' : None, 'site' : 'CCGC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -1, 'fst5' : 1, 'freq' : 256, 'size' : 4, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -2, 'scd3' : None, 'suppl' : ('N',), 'scd5' : None, 'charac' : (1, -1, None, None, 'CCGC'), 'ovhgseq' : 'CG', } rest_dict['AciI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PAACGTT)|(?PAACGTT)', 'results' : None, 'site' : 'AACGTT', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -2, 'fst5' : 2, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -2, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I', 'N', 'V'), 'scd5' : None, 'charac' : (2, -2, None, None, 'AACGTT'), 'ovhgseq' : 'CG', } rest_dict['AclI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PGGATC)|(?PGATCC)', 'results' : None, 'site' : 'GGATC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : 5, 'fst5' : 9, 'freq' : 1024, 'size' : 5, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -1, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I',), 'scd5' : None, 'charac' : (9, 5, None, None, 'GGATC'), 'ovhgseq' : 'N', } rest_dict['AclWI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?P[CT]GGCC[AG])|(?P[CT]GGCC[AG])', 'results' : None, 'site' : 'YGGCCR', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -1, 'fst5' : 1, 'freq' : 1024, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -4, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I',), 'scd5' : None, 'charac' : (1, -1, None, None, 'YGGCCR'), 'ovhgseq' : 'GGCC', } rest_dict['AcoI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?P[AG]AATT[CT])|(?P[AG]AATT[CT])', 'results' : None, 'site' : 'RAATTY', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -1, 'fst5' : 1, 'freq' : 1024, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -4, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I', 'V'), 'scd5' : None, 'charac' : (1, -1, None, None, 'RAATTY'), 'ovhgseq' : 'AATT', } rest_dict['AcsI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCTGAAG)|(?PCTTCAG)', 'results' : None, 'site' : 'CTGAAG', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : 14, 'fst5' : 22, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 2, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I', 'N'), 'scd5' : None, 'charac' : (22, 14, None, None, 'CTGAAG'), 'ovhgseq' : 'NN', } rest_dict['AcuI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCACGTG)|(?PCACGTG)', 'results' : None, 'site' : 'CACGTG', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -3, 'fst5' : 3, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 0, 'scd3' : None, 'suppl' : ('Q', 'X'), 'scd5' : None, 'charac' : (3, -3, None, None, 'CACGTG'), 'ovhgseq' : '', } rest_dict['AcvI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PG[AG]CG[CT]C)|(?PG[AG]CG[CT]C)', 'results' : None, 'site' : 'GRCGYC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -2, 'fst5' : 2, 'freq' : 1024, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -2, 'scd3' : None, 'suppl' : ('J', 'M'), 'scd5' : None, 'charac' : (2, -2, None, None, 'GRCGYC'), 'ovhgseq' : 'CG', } rest_dict['AcyI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCAC...GTG)|(?PCAC...GTG)', 'results' : None, 'site' : 'CACNNNGTG', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -6, 'fst5' : 6, 'freq' : 4096, 'size' : 9, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 3, 'scd3' : None, 'suppl' : ('F',), 'scd5' : None, 'charac' : (6, -6, None, None, 'CACNNNGTG'), 'ovhgseq' : 'NNN', } rest_dict['AdeI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PGTAC)|(?PGTAC)', 'results' : None, 'site' : 'GTAC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -2, 'fst5' : 2, 'freq' : 256, 'size' : 4, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 0, 'scd3' : None, 'suppl' : ('K',), 'scd5' : None, 'charac' : (2, -2, None, None, 'GTAC'), 'ovhgseq' : '', } rest_dict['AfaI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PAGCGCT)|(?PAGCGCT)', 'results' : None, 'site' : 'AGCGCT', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -3, 'fst5' : 3, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 0, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I', 'N'), 'scd5' : None, 'charac' : (3, -3, None, None, 'AGCGCT'), 'ovhgseq' : '', } rest_dict['AfeI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCC.......GG)|(?PCC.......GG)', 'results' : None, 'site' : 'CCNNNNNNNGG', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -7, 'fst5' : 7, 'freq' : 256, 'size' : 11, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 3, 'scd3' : None, 'suppl' : ('V',), 'scd5' : None, 'charac' : (7, -7, None, None, 'CCNNNNNNNGG'), 'ovhgseq' : 'NNN', } rest_dict['AfiI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCTTAAG)|(?PCTTAAG)', 'results' : None, 'site' : 'CTTAAG', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -1, 'fst5' : 1, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 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'compsite' : '(?PTT[CG]AA)|(?PTT[CG]AA)', 'results' : None, 'site' : 'TTSAA', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -3, 'fst5' : 3, 'freq' : 512, 'size' : 5, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 1, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I',), 'scd5' : None, 'charac' : (3, -3, None, None, 'TTSAA'), 'ovhgseq' : 'S', } rest_dict['AgsI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PTTTAAA)|(?PTTTAAA)', 'results' : None, 'site' : 'TTTAAA', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -3, 'fst5' : 3, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 0, 'scd3' : None, 'suppl' : (), 'scd5' : None, 'charac' : (3, -3, None, None, 'TTTAAA'), 'ovhgseq' : '', } rest_dict['AhaIII'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PGAC.....GTC)|(?PGAC.....GTC)', 'results' : None, 'site' : 'GACNNNNNGTC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -6, 'fst5' : 6, 'freq' : 4096, 'size' : 11, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 1, 'scd3' : None, 'suppl' : ('N',), 'scd5' : None, 'charac' : (6, -6, None, None, 'GACNNNNNGTC'), 'ovhgseq' : 'N', } rest_dict['AhdI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PACTAGT)|(?PACTAGT)', 'results' : None, 'site' : 'ACTAGT', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -1, 'fst5' : 1, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : -4, 'scd3' : None, 'suppl' : ('I', 'V'), 'scd5' : None, 'charac' : (1, -1, None, None, 'ACTAGT'), 'ovhgseq' : 'CTAG', } rest_dict['AhlI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCACGTC)|(?PGACGTG)', 'results' : None, 'site' : 'CACGTC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -3, 'fst5' : 3, 'freq' : 4096, 'size' : 6, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 0, 'scd3' : None, 'suppl' : ('F',), 'scd5' : None, 'charac' : (3, -3, None, None, 'CACGTC'), 'ovhgseq' : '', } rest_dict['AjiI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PCC[AT]GG)|(?PCC[AT]GG)', 'results' : None, 'site' : 'CCWGG', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : 0, 'fst5' : 0, 'freq' : 512, 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def _temp(): return { 'compsite' : '(?PGCA......TGC)|(?PGCA......TGC)', 'results' : None, 'site' : 'GCANNNNNNTGC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -24, 'fst5' : -10, 'freq' : 4096, 'size' : 12, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 2, 'scd3' : 10, 'suppl' : ('F',), 'scd5' : 24, 'charac' : (-10, -24, 24, 10, 'GCANNNNNNTGC'), 'ovhgseq' : 'NN', } rest_dict['AlfI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PGAAC......TCC)|(?PGGA......GTTC)', 'results' : None, 'site' : 'GAACNNNNNNTCC', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -25, 'fst5' : -7, 'freq' : 16384, 'size' : 13, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 'ovhg' : 5, 'scd3' : 7, 'suppl' : ('F',), 'scd5' : 25, 'charac' : (-7, -25, 25, 7, 'GAACNNNNNNTCC'), 'ovhgseq' : 'NNNNN', } rest_dict['AloI'] = _temp() def _temp(): return { 'compsite' : '(?PAGCT)|(?PAGCT)', 'results' : None, 'site' : 'AGCT', 'substrat' : 'DNA', 'fst3' : -2, 'fst5' : 2, 'freq' : 256, 'size' : 4, 'opt_temp' : 37, 'dna' : None, 'inact_temp' : 65, 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