WARNING: Input file sequence names and quality values file sequence names are not in the same order - ATGOB77TF , ATGOB77TR !
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4996 : 0
4997 : 0
4998 : 0
4999 : 0
5000 : 0
5001 : 0
227 Sequences in potential repeat regions (matches/median):
ATFOU09TR		3.3
ATFOI82TF		3.3
ATGOE46TF		3.2
ATFOU58TR		3.2
ATGOB02TR		3.2
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ATFOV02TR		3.0
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ATFOA21TF		3.0
ATFOG24TR		3.0
ATFOS06TR		2.9
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ATFOZ63TR		2.9
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ATFOJ53TR		2.9
ATFOS05TF		2.9
ATFOU09F		2.9
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ATFOL80TR		2.8
ATFOR08TF		2.8
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ATFOU39TF		2.8
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ATFOK68TR		2.8
ATFOL81TF		2.8
ATFOG24R		2.7
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ATGOC52TR		2.7
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ATFOV02TF		2.7
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ATGOB02R		2.7
ATFOU39F		2.7
ATFOX87TR		2.7
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ATFOV40TR		2.7
ATGOC85TF		2.7
ATFOL80TF		2.6
ATFOZ24TR		2.6
ATFOV28TF		2.6
ATFOX40TR		2.6
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ATGOD05TR		2.6
ATFOK68TF		2.6
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ATFOR58TF		2.6
ATFOU07TR		2.6
ATFOW36TR		2.6
ATFOA04TF		2.6
ATFOE85TR		2.6
ATFOI92TR		2.6
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ATFOL55F		2.6
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ATFOW82TR		2.5
ATFOK38TF		2.5
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ATGOC65TF		2.5
ATFOR24TF		2.5
ATFOU11TR		2.5
ATFOU64TF		2.5
ATFOU26TF		2.5
ATFOG28TR		2.5
ATFOZ48TR		2.5
ATGOC83TB26422A		2.5
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ATFOY30TF		2.4
ATFOZ44TR		2.4
ATGOC83TB26422AB		2.4
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ATFOU63TF		2.4
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ATFOR81TF		2.4
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ATFOI93TF		2.3
ATFOJ90TF		2.3
ATFOX40TF		2.3
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ATFOZ07TR		2.3
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ATFOI93TB24121A		2.3
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ATFOV34TF		2.2
ATFOZ53TF		2.2
ATGOC26TE25105A		2.2
ATFOE96TR		2.2
ATFOU37TR		2.2
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ATGOB77TR		2.1
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ATFOW88TF		2.0
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ATFOX46R		1.9
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ATFOL79TF		1.9
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ATFOS94TR		1.9
ATGOC55TR		1.9
ATFOI13TR		1.8
ATFOJ96TF		1.8
ATFOL79TR		1.8
ATFOL82TR		1.8
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ATGOD08TR		1.8
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ATFOR53TF		1.8
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ATFOL39TF		1.8
ATFOU86T5658		1.8
ATFOZ36TF		1.8
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ATFOS29TR		1.8
ATFOU70TR		1.8
ATFOY64TR		1.8
ATFOZ23TR		1.8
ATGOE67TR		1.8
total pairwise matches 24829 nonduplicate/repeat/low 12296
resorting 12296 matches
!!ATFOE95TR vs. ATFOX76TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOE95TE24109A vs. ATFOX76TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK01R vs. ATFOI60TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOX19TR vs. ATFOI60TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK01TR vs. ATFOI60TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOC50TF vs. ATFOI60TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOC32TR vs. ATFOI60TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOV56TR vs. ATFOI60TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOC32TR vs. ATFOI60TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOE95TR vs. ATFOW16TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOE95TE24109A vs. ATFOW16TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK03TR vs. ATFOU04TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK03TR vs. ATFOZ53TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK03TR vs. ATGOC26TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK03TR vs. ATFOE19TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK03TR vs. ATFOJ90TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK03TR vs. ATFOX01TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK03TR vs. ATFOE19F - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK03TR vs. ATFOX72TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOE95TR vs. ATFOY26TE24109A - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOE95TR vs. ATFOX02TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOE95TE24109A vs. ATFOY26TE24109A - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOV01TR vs. ATFOW93TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOW16TE24113A vs. ATFOY26TE24109A - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOX19TR vs. ATFOW46TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOE95TE24113A vs. ATFOY26TE24109A - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK01R vs. ATFOW46TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOV01TR vs. ATGOD24TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
resorting score restart_inc = 32
resorting 3882 matches
!!ATGOC32TR vs. ATFOW46TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOC32TR vs. ATFOW46TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOC32TR vs. ATFOI57TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK01TR vs. ATFOW46TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOE95TE24109A vs. ATFOX02TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK19TF vs. ATFOY26TE24109A - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOS13F vs. ATFOY26TE24109A - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOS13TF vs. ATFOY26TE24109A - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK19F vs. ATFOY26TE24109A - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOE95TR vs. ATFOA40TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOW84TR vs. ATGOD24TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
resorting score restart_inc = 16
resorting 3576 matches
!!ATFOK03TR vs. ATFOE48TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOW84TR vs. ATFOW93TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK03TR vs. ATFOE17TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK03TR vs. ATGOC28TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOE62TR vs. ATFOV01TR - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
!!ATGOE62TR vs. ATFOW84TR - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
resorting score restart_inc = 8
resorting 3382 matches
!!ATFOK11TF vs. ATFOG52TF - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
!!ATFOK11TF vs. ATFOZ30TF - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
!!ATFOK11TF vs. ATFOZ30F - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
!!ATFOK11TF vs. ATGOC67TR - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
!!ATFOK03TR vs. ATGOE76TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK03TR vs. ATFOA93TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
resorting score restart_inc = 4
resorting 3185 matches
resorting score restart_inc = 2
resorting 2966 matches
!!ATFOK27TB26420AB vs. ATFOX02TE26422A - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
!!ATFOK27TB26420AB vs. ATGOE47TB26420A - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
!!ATGOE62TF vs. ATFOR68TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK27TB26420AB vs. ATFOK27TB26420A - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
!!ATFOK27TB26420AB vs. ATFOV53TE26422A - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
!!ATFOY32T5653 vs. ATFOJ14TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOY32T5653 vs. ATFOY32TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOK27TB26420AB vs. ATFOV53TE24110A - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
!!ATFOK27TB26420AB vs. ATFOV53TE26422AB - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
!!ATFOK27TB26420AB vs. ATGOE47TB26420AB - is a slight mismatch due to sequencing error/gene duplication/etc
!!ATGOE62TF vs. ATFOZ33TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOE62TF vs. ATGOD24TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOE62TF vs. ATGOC08TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOE62TF vs. ATFOR79TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOE62TF vs. ATFOZ32TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
resorting score restart_inc = 1
resorting 2748 matches
!!ATGOE62TF vs. ATFOE28TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOE62TF vs. ATFOA54TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOY32T5653 vs. ATFOV04TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOE62TF vs. ATFOR48TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOE62TF vs. ATFOA53TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOY32T5653 vs. ATGOB15TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
resorting score restart_inc = 1
resorting 2612 matches
!!ATFOY32T5653 vs. ATFOG24TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOD32TF vs. ATFOR48TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOD32TF vs. ATFOR79TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOD32TF vs. ATGOD24TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOD32TF vs. ATFOE28TR - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOY32T5653 vs. ATFOU13T5653 - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOD32TF vs. ATFOR68TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOD32TF vs. ATGOC08TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOY32T5653 vs. ATFOU63TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
resorting score restart_inc = 1
resorting 2472 matches
!!ATGOD32TF vs. ATFOV59TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATGOE62TF vs. ATFOV59TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
resorting score restart_inc = 1
resorting 2292 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 2132 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 1997 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 1772 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 1458 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 1301 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 1141 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 767 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 361 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 113 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 70 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 29 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 20 matches
resorting score restart_inc = 1
resorting 10 matches
!!ATFOS53TF vs. ATFOR08TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOS53TF vs. ATFOV28TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOS53TF vs. ATFOU07TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOS53TF vs. ATFOZ63TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOS53TF vs. ATGOD05TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOS53TF vs. ATFOX87TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc
!!ATFOS53TF vs. ATFOU53TF - is a possible chimera/repeat/splice variant/etc