T-COFFEE, Version_4.62(Sun Oct 8 16:41:22 2006)
Cedric Notredame 
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SCORE=42
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 BAD AVG GOOD
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A   :  48
B   :  43
D   :  46
C   :  33

A   CTCCGTGTCTAGGAGT-TTACGTGGAGT
B   CTGAGA----AGCCGCCTGAGGTCG---
D   CTTCGT----AGTCGT-TTAAGACA---
C   -TTAAGGTCC---AGATTGCGGAGC---

c    *            *  *   *