java -jar "$BIRCH/java/blentrez/dist/blentrez.jar" temp.gi junk.out
java -jar "$BIRCH/java/blentrez/dist/blentrez.jar"  -d protein temp.gi junk.out

# errors
java -jar "$BIRCH/java/blentrez/dist/blentrez.jar"  -d 
java -jar "$BIRCH/java/blentrez/dist/blentrez.jar"  -d protein temp.gi