# Lane 4 : Tile 5 : Quality Filtered : Read 1 Aligned bases (outside insertions or deletions) :- 8235 bases of sequence found 124 were errors 0 were blanks 1.51 percent error rate 0.00 percent blank rate Indels :- 0 insertions 12 deletions 12 deletion bases mean deletion length 1.00 unique alignments : 183 (total score 36822) cycles : 45 All error breakdowns and patterns below refer to non-indel bases. Breakdown of errors by cycle Cycle: Err pc: Blank pc: 1 7.10 0.00 2 6.56 0.00 3 6.56 0.00 4 4.37 0.00 5 5.46 0.00 6 3.83 0.00 7 3.28 0.00 8 3.28 0.00 9 3.28 0.00 10 2.73 0.00 11 2.73 0.00 12 0.55 0.00 13 2.19 0.00 14 0.55 0.00 15 1.09 0.00 16 2.19 0.00 17 0.00 0.00 18 1.09 0.00 19 0.00 0.00 20 2.73 0.00 21 0.55 0.00 22 1.64 0.00 23 0.55 0.00 24 2.19 0.00 25 0.00 0.00 26 0.00 0.00 27 0.00 0.00 28 0.00 0.00 29 0.00 0.00 30 0.55 0.00 31 0.55 0.00 32 0.55 0.00 33 0.00 0.00 34 0.00 0.00 35 0.00 0.00 36 0.55 0.00 37 0.00 0.00 38 0.00 0.00 39 0.00 0.00 40 0.55 0.00 41 0.00 0.00 42 0.00 0.00 43 0.00 0.00 44 0.00 0.00 45 0.55 0.00 Error rate relative to reference base (including blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: N pc A pc C pc G pc T pc A 0.00 98.55 0.31 0.57 0.57 C 0.00 0.45 98.12 0.26 1.16 G 0.00 0.63 0.17 98.69 0.51 T 0.00 0.56 0.75 0.75 97.95 Error rate relative to reference base (excluding blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: A pc C pc G pc T pc A 98.55 0.31 0.57 0.57 C 0.45 98.12 0.26 1.16 G 0.63 0.17 98.69 0.51 T 0.56 0.75 0.75 97.95 Error rate relative to sequenced base (excluding ref blanks) (Given a sequenced base, what was it really?) Read As: Really: A pc C pc G pc T pc N 0.00 0.00 0.00 0.00 A 98.45 0.36 0.57 0.62 C 0.39 98.38 0.19 1.04 G 0.63 0.23 98.24 0.91 T 0.51 0.84 0.42 98.23 Breakdown of errors by nucleotide Read As: Really: A ct C ct G ct T ct N 0 0 0 0 A 1900 7 11 12 C 6 1517 3 16 G 11 4 1728 16 T 11 18 9 2103 Full breakdown of errors by cycle and nucleotide Cycle: Read As: Really: A ct C ct G ct T ct 1 N 0 0 0 0 1 A 7 0 1 1 1 C 1 10 0 0 1 G 0 0 6 2 1 T 2 3 3 10 2 N 0 0 0 0 2 A 15 1 1 3 2 C 0 5 0 1 2 G 2 0 8 1 2 T 2 0 1 14 3 N 0 0 0 0 3 A 9 0 0 0 3 C 1 11 0 2 3 G 2 0 16 2 3 T 2 2 1 23 4 N 0 0 0 0 4 A 8 1 0 1 4 C 0 18 1 3 4 G 1 0 25 0 4 T 0 0 1 27 5 N 0 0 0 0 5 A 21 1 2 0 5 C 1 24 0 0 5 G 1 1 22 2 5 T 0 1 1 22 6 N 0 0 0 0 6 A 32 0 2 1 6 C 0 22 0 1 6 G 0 0 29 0 6 T 2 1 0 18 7 N 0 0 0 0 7 A 27 0 1 1 7 C 0 26 0 1 7 G 1 0 39 1 7 T 0 1 0 20 8 N 0 0 0 0 8 A 24 0 0 1 8 C 1 18 1 0 8 G 0 1 51 2 8 T 0 0 0 26 9 N 0 0 0 0 9 A 19 1 0 0 9 C 0 18 1 1 9 G 0 0 41 2 9 T 1 0 0 58 10 N 0 0 0 0 10 A 19 0 0 1 10 C 0 21 0 1 10 G 1 0 54 0 10 T 0 1 1 52 11 N 0 0 0 0 11 A 19 2 1 0 11 C 0 29 0 1 11 G 1 0 64 0 11 T 0 0 0 42 12 N 0 0 0 0 12 A 39 0 0 0 12 C 0 19 0 0 12 G 0 0 66 0 12 T 1 0 0 49 13 N 0 0 0 0 13 A 40 0 0 0 13 C 1 19 0 0 13 G 0 0 73 2 13 T 0 1 0 47 14 N 0 0 0 0 14 A 43 0 0 0 14 C 0 26 0 0 14 G 0 1 67 0 14 T 0 0 0 46 15 N 0 0 0 0 15 A 57 0 0 0 15 C 0 24 0 1 15 G 0 0 49 0 15 T 0 1 0 51 16 N 0 0 0 0 16 A 48 0 0 0 16 C 0 21 0 1 16 G 0 0 57 0 16 T 1 2 0 53 17 N 0 0 0 0 17 A 45 0 0 0 17 C 0 29 0 0 17 G 0 0 74 0 17 T 0 0 0 35 18 N 0 0 0 0 18 A 26 0 1 0 18 C 0 43 0 0 18 G 0 0 67 1 18 T 0 0 0 45 19 N 0 0 0 0 19 A 45 0 0 0 19 C 0 49 0 0 19 G 0 0 46 0 19 T 0 0 0 43 20 N 0 0 0 0 20 A 44 1 1 1 20 C 1 48 0 0 20 G 0 0 43 0 20 T 0 1 0 43 21 N 0 0 0 0 21 A 68 0 0 0 21 C 0 39 0 0 21 G 0 0 48 0 21 T 0 1 0 27 22 N 0 0 0 0 22 A 65 0 0 0 22 C 0 52 0 2 22 G 0 0 24 0 22 T 0 1 0 39 23 N 0 0 0 0 23 A 63 0 0 1 23 C 0 53 0 0 23 G 0 0 27 0 23 T 0 0 0 39 24 N 0 0 0 0 24 A 61 0 1 0 24 C 0 56 0 0 24 G 1 0 20 0 24 T 0 2 0 42 25 N 0 0 0 0 25 A 56 0 0 0 25 C 0 64 0 0 25 G 0 0 17 0 25 T 0 0 0 46 26 N 0 0 0 0 26 A 54 0 0 0 26 C 0 42 0 0 26 G 0 0 25 0 26 T 0 0 0 62 27 N 0 0 0 0 27 A 51 0 0 0 27 C 0 45 0 0 27 G 0 0 20 0 27 T 0 0 0 67 28 N 0 0 0 0 28 A 39 0 0 0 28 C 0 41 0 0 28 G 0 0 8 0 28 T 0 0 0 95 29 N 0 0 0 0 29 A 48 0 0 0 29 C 0 32 0 0 29 G 0 0 15 0 29 T 0 0 0 88 30 N 0 0 0 0 30 A 66 0 0 0 30 C 0 18 0 0 30 G 1 0 12 0 30 T 0 0 0 86 31 N 0 0 0 0 31 A 40 0 0 1 31 C 0 28 0 0 31 G 0 0 12 0 31 T 0 0 0 102 32 N 0 0 0 0 32 A 35 0 0 0 32 C 0 41 0 0 32 G 0 0 15 1 32 T 0 0 0 91 33 N 0 0 0 0 33 A 44 0 0 0 33 C 0 31 0 0 33 G 0 0 30 0 33 T 0 0 0 78 34 N 0 0 0 0 34 A 55 0 0 0 34 C 0 22 0 0 34 G 0 0 24 0 34 T 0 0 0 82 35 N 0 0 0 0 35 A 50 0 0 0 35 C 0 23 0 0 35 G 0 0 29 0 35 T 0 0 0 81 36 N 0 0 0 0 36 A 56 0 0 0 36 C 0 26 0 0 36 G 0 0 40 0 36 T 0 0 1 60 37 N 0 0 0 0 37 A 43 0 0 0 37 C 0 35 0 0 37 G 0 0 44 0 37 T 0 0 0 61 38 N 0 0 0 0 38 A 39 0 0 0 38 C 0 45 0 0 38 G 0 0 50 0 38 T 0 0 0 49 39 N 0 0 0 0 39 A 42 0 0 0 39 C 0 49 0 0 39 G 0 0 64 0 39 T 0 0 0 28 40 N 0 0 0 0 40 A 46 0 0 0 40 C 0 48 0 1 40 G 0 0 59 0 40 T 0 0 0 29 41 N 0 0 0 0 41 A 46 0 0 0 41 C 0 63 0 0 41 G 0 0 53 0 41 T 0 0 0 21 42 N 0 0 0 0 42 A 46 0 0 0 42 C 0 52 0 0 42 G 0 0 65 0 42 T 0 0 0 20 43 N 0 0 0 0 43 A 60 0 0 0 43 C 0 51 0 0 43 G 0 0 45 0 43 T 0 0 0 27 44 N 0 0 0 0 44 A 73 0 0 0 44 C 0 36 0 0 44 G 0 0 42 0 44 T 0 0 0 32 45 N 0 0 0 0 45 A 67 0 0 0 45 C 0 45 0 0 45 G 0 1 43 0 45 T 0 0 0 27 Error rate relative to reference by cycle/nucleotide Cycle: Read As: Really: A prp C prp G prp T prp @1 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @1 A 0.700 0.000 0.100 0.077 @1 C 0.100 0.769 0.000 0.000 @1 G 0.000 0.000 0.600 0.154 @1 T 0.200 0.231 0.300 0.769 @2 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @2 A 0.789 0.167 0.100 0.158 @2 C 0.000 0.833 0.000 0.053 @2 G 0.105 0.000 0.800 0.053 @2 T 0.105 0.000 0.100 0.737 @3 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @3 A 0.643 0.000 0.000 0.000 @3 C 0.071 0.846 0.000 0.074 @3 G 0.143 0.000 0.941 0.074 @3 T 0.143 0.154 0.059 0.852 @4 N 0.000 0.000 0.000 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12 15 7 sequences 13 14 ATGATTGGCGTATCCAACCTGCAGAGTTTTATCGCTTCCATGACG TGATTGGCGTATCCAACCTGCAGAGTTTTATCGCTTCCATGACGC 14 13 ACTCTGCAGGTTGGATACGCCAATCATTTTTATCGAAGCGCGCAT CCTGCAGAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTC 15 12 AAGCGATAAAACTCTGCAGGTTGGATACGCCAATCATTTTTATCG CGTCATGGAAGCGATAAAACTCTGCAGGTTGGATACGCCAATCAT TGCGTCATGGAAGCGATAAAACTCTGCAGGTTGGATACGCCAATC 16 11 GTATCCAACCTGCAGAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTA TATCCAACCTGCAGAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAA 17 10 AAACTCTGCAGGTTGGATACGCCAATCATTTTTATCGAAGCGCGC ATTGGCGTATCCAACCTGCAGAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAG CATGGAAGCGATAAAACTCTGCAGGTTGGATACGCCAATCATTTT GGCGTATCCAACCTGCAGAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAG TCCAACCTGCAGAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACA 18 9 8 sequences 19 8 CTGCAGGTTGGATACGCCAATCATTTTTATCGAAGCGCGCATAAA GATAAAACTCTGCAGGTTGGATACGCCAATCATTTTTATCGAAGC 20 7 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAACTCTGCAGGTTGGATACGCCAATCATTTTTATCGAAGCGCG CTGCGTCATGGAAGCGATAAAACTCTGCAGGTTGGATACGCCAAT GATCTAGTGTCTTCTGCTTGATTCCTCTGCTGGCCAGGATTTTTT GATCTGCTAGCGGCGACATACGGAAATAGCCTCCGGCTCACCGGA GCGTCATGGAAGCGATAAAACTCTGCAGGTTGGATACGCCAATCA 21 6 GAAGCGATAAAACTCTGCAGGTTGGATACGCCAATCATTTTTATC 22 5 CCAACCTGCAGAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACAC GCGTATCCAACCTGCAGAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGT 23 4 GATCCCTCGGGGACCGGCAATTCTTCAAGCAATAAACAGGAATAC GATCTCCAGTACGCGCCCCACGCTGACGGTTTCTAACCTGTACGG GATCTCCCGAGGTTGTTCGGGTCAATCCAGTTCACCTCAACGGCA 24 3 CCAGTCACTTAGGCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAA GATCTGAATTCGTTGTTCGGGTCAATCCAGTTCACCTCAACGGCA 25 2 GATCCAAAACGCATAAAATGCGGGGATTCACTGGCTGCACGCTCA TACGTAAGAGTCGCGGAAAACGAACAAGCGCAAGAGTAAACATAG TACGTAAGAGTCGGTTGCTTGGAAAGATTGGTGTTTTCCATAATA 26 1 364 sequences The 2 most common blank patterns (N=any nonblank character) Ranking Occurrences Words 1 1329 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 2 1 NNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN..................... Log likelihood scores Cycle: Read As: Really: A C G T >1 N -47 -47 -47 -47 >1 A 54 -47 -90 -90 >1 C -100 100 -47 -47 >1 G -47 -47 47 -47 >1 T -90 -69 -69 9 >2 N -47 -47 -47 -47 >2 A 47 -127 -127 -75 >2 C -47 69 -47 -69 >2 G -65 -47 42 -100 >2 T -87 -47 -120 66 >3 N -47 -47 -47 -47 >3 A -47 -47 -47 -47 >3 C -111 56 -47 -77 >3 G -95 -47 60 -95 >3 T -111 -111 -143 66 >4 N -47 -47 -47 -47 >4 A 60 -95 -47 -95 >4 C -47 65 -132 -80 >4 G -139 -47 139 -47 >4 T -47 -47 -143 143 >5 N -47 -47 -47 -47 >5 A 84 -136 -104 -47 >5 C -138 138 -47 -47 >5 G -139 -139 74 -107 >5 T -47 -136 -136 104 >6 N -47 -47 -47 -47 >6 A 102 -47 -121 -153 >6 C -47 134 -47 -134 >6 G -47 -47 -47 -47 >6 T -97 -130 -47 77 >7 N -47 -47 -47 -47 >7 A 113 -47 -144 -144 >7 C -47 141 -47 -141 >7 G -160 -47 129 -160 >7 T -47 -130 -47 130 >8 N -47 -47 -47 -47 >8 A 138 -47 -47 -138 >8 C -127 95 -127 -47 >8 G -47 -172 123 -141 >8 T -47 -47 -47 -47 >9 N -47 -47 -47 -47 >9 A 127 -127 -47 -47 >9 C -47 95 -127 -127 >9 G -47 -47 131 -131 >9 T -176 -47 -47 176 >10 N -47 -47 -47 -47 >10 A 127 -47 -47 -127 >10 C -47 132 -47 -132 >10 G -173 -47 173 -47 >10 T -47 -172 -172 141 >11 N -47 -47 -47 -47 >11 A 80 -100 -132 -47 >11 C -47 146 -47 -146 >11 G -180 -47 180 -47 >11 T -47 -47 -47 -47 >12 N -47 -47 -47 -47 >12 A -47 -47 -47 -47 >12 C -47 -47 -47 -47 >12 G -47 -47 -47 -47 >12 T -169 -47 -47 169 >13 N -47 -47 -47 -47 >13 A -47 -47 -47 -47 >13 C -127 127 -47 -47 >13 G -47 -47 156 -156 >13 T -47 -167 -47 167 >14 N -47 -47 -47 -47 >14 A -47 -47 -47 -47 >14 C -47 -47 -47 -47 >14 G -47 -182 182 -47 >14 T -47 -47 -47 -47 >15 N -47 -47 -47 -47 >15 A -47 -47 -47 -47 >15 C -47 138 -47 -138 >15 G -47 -47 -47 -47 >15 T -47 -170 -47 170 >16 N -47 -47 -47 -47 >16 A -47 -47 -47 -47 >16 C -47 132 -47 -132 >16 G -47 -47 -47 -47 >16 T -174 -143 -47 124 >17 N -47 -47 -47 -47 >17 A -47 -47 -47 -47 >17 C -47 -47 -47 -47 >17 G -47 -47 -47 -47 >17 T -47 -47 -47 -47 >18 N -47 -47 -47 -47 >18 A 141 -47 -141 -47 >18 C -47 -47 -47 -47 >18 G -47 -47 182 -182 >18 T -47 -47 -47 -47 >19 N -47 -47 -47 -47 >19 A -47 -47 -47 -47 >19 C -47 -47 -47 -47 >19 G -47 -47 -47 -47 >19 T -47 -47 -47 -47 >20 N -47 -47 -47 -47 >20 A 116 -166 -166 -166 >20 C -168 168 -47 -47 >20 G -47 -47 -47 -47 >20 T -47 -163 -47 163 >21 N -47 -47 -47 -47 >21 A -47 -47 -47 -47 >21 C -47 -47 -47 -47 >21 G -47 -47 -47 -47 >21 T -47 -143 -47 143 >22 N -47 -47 -47 -47 >22 A -47 -47 -47 -47 >22 C -47 141 -47 -141 >22 G -47 -47 -47 -47 >22 T -47 -159 -47 159 >23 N -47 -47 -47 -47 >23 A 179 -47 -47 -179 >23 C -47 -47 -47 -47 >23 G -47 -47 -47 -47 >23 T -47 -47 -47 -47 >24 N -47 -47 -47 -47 >24 A 178 -47 -178 -47 >24 C -47 -47 -47 -47 >24 G -130 -47 130 -47 >24 T -47 -132 -47 132 >25 N -47 -47 -47 -47 >25 A -47 -47 -47 -47 >25 C -47 -47 -47 -47 >25 G -47 -47 -47 -47 >25 T -47 -47 -47 -47 >26 N -47 -47 -47 -47 >26 A -47 -47 -47 -47 >26 C -47 -47 -47 -47 >26 G -47 -47 -47 -47 >26 T -47 -47 -47 -47 >27 N -47 -47 -47 -47 >27 A -47 -47 -47 -47 >27 C -47 -47 -47 -47 >27 G -47 -47 -47 -47 >27 T -47 -47 -47 -47 >28 N -47 -47 -47 -47 >28 A -47 -47 -47 -47 >28 C -47 -47 -47 -47 >28 G -47 -47 -47 -47 >28 T -47 -47 -47 -47 >29 N -47 -47 -47 -47 >29 A -47 -47 -47 -47 >29 C -47 -47 -47 -47 >29 G -47 -47 -47 -47 >29 T -47 -47 -47 -47 >30 N -47 -47 -47 -47 >30 A -47 -47 -47 -47 >30 C -47 -47 -47 -47 >30 G -107 -47 107 -47 >30 T -47 -47 -47 -47 >31 N -47 -47 -47 -47 >31 A 160 -47 -47 -160 >31 C -47 -47 -47 -47 >31 G -47 -47 -47 -47 >31 T -47 -47 -47 -47 >32 N -47 -47 -47 -47 >32 A -47 -47 -47 -47 >32 C -47 -47 -47 -47 >32 G -47 -47 117 -117 >32 T -47 -47 -47 -47 >33 N -47 -47 -47 -47 >33 A -47 -47 -47 -47 >33 C -47 -47 -47 -47 >33 G -47 -47 -47 -47 >33 T -47 -47 -47 -47 >34 N -47 -47 -47 -47 >34 A -47 -47 -47 -47 >34 C -47 -47 -47 -47 >34 G -47 -47 -47 -47 >34 T -47 -47 -47 -47 >35 N -47 -47 -47 -47 >35 A -47 -47 -47 -47 >35 C -47 -47 -47 -47 >35 G -47 -47 -47 -47 >35 T -47 -47 -47 -47 >36 N -47 -47 -47 -47 >36 A -47 -47 -47 -47 >36 C -47 -47 -47 -47 >36 G -47 -47 -47 -47 >36 T -47 -47 -177 177 >37 N -47 -47 -47 -47 >37 A -47 -47 -47 -47 >37 C -47 -47 -47 -47 >37 G -47 -47 -47 -47 >37 T -47 -47 -47 -47 >38 N -47 -47 -47 -47 >38 A -47 -47 -47 -47 >38 C -47 -47 -47 -47 >38 G -47 -47 -47 -47 >38 T -47 -47 -47 -47 >39 N -47 -47 -47 -47 >39 A -47 -47 -47 -47 >39 C -47 -47 -47 -47 >39 G -47 -47 -47 -47 >39 T -47 -47 -47 -47 >40 N -47 -47 -47 -47 >40 A -47 -47 -47 -47 >40 C -47 168 -47 -168 >40 G -47 -47 -47 -47 >40 T -47 -47 -47 -47 >41 N -47 -47 -47 -47 >41 A -47 -47 -47 -47 >41 C -47 -47 -47 -47 >41 G -47 -47 -47 -47 >41 T -47 -47 -47 -47 >42 N -47 -47 -47 -47 >42 A -47 -47 -47 -47 >42 C -47 -47 -47 -47 >42 G -47 -47 -47 -47 >42 T -47 -47 -47 -47 >43 N -47 -47 -47 -47 >43 A -47 -47 -47 -47 >43 C -47 -47 -47 -47 >43 G -47 -47 -47 -47 >43 T -47 -47 -47 -47 >44 N -47 -47 -47 -47 >44 A -47 -47 -47 -47 >44 C -47 -47 -47 -47 >44 G -47 -47 -47 -47 >44 T -47 -47 -47 -47 >45 N -47 -47 -47 -47 >45 A -47 -47 -47 -47 >45 C -47 -47 -47 -47 >45 G -47 -163 163 -47 >45 T -47 -47 -47 -47 Cumulative errors by cycle Cycle: 1 2 3 4 5 !1 33 46 46 46 46 !2 37 46 54 54 54 !3 51 58 67 71 71 !4 64 72 79 84 86 !5 75 85 88 95 97 !6 83 94 97 101 105 !7 92 104 107 111 112 !8 99 110 114 118 118 !9 115 127 130 135 135 !10 123 136 138 144 144 !11 130 143 146 152 152 !12 145 158 161 167 167 !13 153 165 170 175 176 !14 152 165 170 175 176 !15 152 163 170 175 176 !16 150 161 170 175 176 !17 150 161 170 175 176 !18 150 159 170 175 176 !19 150 159 170 175 176 !20 148 156 170 175 176 !21 148 155 170 175 176 !22 148 152 170 175 176 !23 148 151 170 175 176 !24 148 148 170 174 176 !25 148 148 170 174 176 !26 148 148 170 174 176 !27 148 148 170 174 176 !28 148 148 170 174 176 !29 148 148 170 174 176 !30 148 148 169 174 176 !31 148 148 168 174 176 !32 147 148 168 174 176 !33 147 148 168 174 176 !34 147 148 168 174 176 !35 147 148 168 174 176 !36 146 148 168 174 176 !37 146 148 168 174 176 !38 146 148 168 174 176 !39 146 148 168 174 176 !40 146 147 168 174 176 !41 146 147 168 174 176 !42 146 147 168 174 176 !43 146 147 168 174 176 !44 146 147 168 174 176 !45 145 147 168 174 176 # Lane 4 : Tile 5 : Quality Filtered : Read 2 Aligned bases (outside insertions or deletions) :- 31095 bases of sequence found 69 were errors 0 were blanks 0.22 percent error rate 0.00 percent blank rate Indels :- 0 insertions 0 deletions unique alignments : 691 (total score 152912) cycles : 45 All error breakdowns and patterns below refer to non-indel bases. Breakdown of errors by cycle Cycle: Err pc: Blank pc: 1 0.14 0.00 2 0.14 0.00 3 0.14 0.00 4 0.14 0.00 5 0.29 0.00 6 0.00 0.00 7 0.29 0.00 8 0.14 0.00 9 0.14 0.00 10 0.14 0.00 11 0.29 0.00 12 0.14 0.00 13 0.14 0.00 14 0.00 0.00 15 0.00 0.00 16 0.14 0.00 17 0.00 0.00 18 0.14 0.00 19 0.00 0.00 20 0.00 0.00 21 0.29 0.00 22 0.14 0.00 23 0.29 0.00 24 0.00 0.00 25 0.14 0.00 26 0.43 0.00 27 0.29 0.00 28 0.29 0.00 29 0.00 0.00 30 0.29 0.00 31 0.14 0.00 32 0.29 0.00 33 0.43 0.00 34 0.43 0.00 35 0.58 0.00 36 0.58 0.00 37 0.29 0.00 38 0.58 0.00 39 0.29 0.00 40 0.14 0.00 41 0.14 0.00 42 0.14 0.00 43 0.29 0.00 44 0.87 0.00 45 0.14 0.00 Error rate relative to reference base (including blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: N pc A pc C pc G pc T pc A 0.00 99.80 0.14 0.02 0.05 C 0.00 0.11 99.76 0.06 0.07 G 0.00 0.04 0.01 99.85 0.10 T 0.00 0.07 0.08 0.15 99.70 Error rate relative to reference base (excluding blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: A pc C pc G pc T pc A 99.80 0.14 0.02 0.05 C 0.11 99.76 0.06 0.07 G 0.04 0.01 99.85 0.10 T 0.07 0.08 0.15 99.70 Error rate relative to sequenced base (excluding ref blanks) (Given a sequenced base, what was it really?) Read As: Really: A pc C pc G pc T pc N 0.00 0.00 0.00 0.00 A 99.82 0.09 0.03 0.06 C 0.17 99.73 0.01 0.09 G 0.03 0.05 99.79 0.14 T 0.05 0.07 0.11 99.77 Breakdown of errors by nucleotide Read As: Really: A ct C ct G ct T ct N 0 0 0 0 A 8764 8 3 5 C 12 6981 1 6 G 2 4 7977 11 T 4 5 8 7304 Full breakdown of errors by cycle and nucleotide Cycle: Read As: Really: A ct C ct G ct T ct 1 N 0 0 0 0 1 A 208 0 0 0 1 C 0 166 0 0 1 G 0 0 136 0 1 T 0 1 0 180 2 N 0 0 0 0 2 A 222 1 0 0 2 C 0 146 0 0 2 G 0 0 155 0 2 T 0 0 0 167 3 N 0 0 0 0 3 A 213 0 0 0 3 C 0 152 0 1 3 G 0 0 167 0 3 T 0 0 0 158 4 N 0 0 0 0 4 A 204 0 0 0 4 C 0 140 0 0 4 G 0 1 171 0 4 T 0 0 0 175 5 N 0 0 0 0 5 A 191 0 0 0 5 C 0 147 0 0 5 G 0 0 158 0 5 T 1 0 1 193 6 N 0 0 0 0 6 A 184 0 0 0 6 C 0 152 0 0 6 G 0 0 174 0 6 T 0 0 0 181 7 N 0 0 0 0 7 A 182 0 0 1 7 C 0 143 0 0 7 G 1 0 173 0 7 T 0 0 0 191 8 N 0 0 0 0 8 A 181 0 0 0 8 C 0 160 0 0 8 G 0 1 173 0 8 T 0 0 0 176 9 N 0 0 0 0 9 A 175 1 0 0 9 C 0 128 0 0 9 G 0 0 188 0 9 T 0 0 0 199 10 N 0 0 0 0 10 A 191 0 0 0 10 C 0 160 0 0 10 G 0 1 164 0 10 T 0 0 0 175 11 N 0 0 0 0 11 A 214 0 0 0 11 C 1 158 0 0 11 G 0 0 155 0 11 T 0 1 0 162 12 N 0 0 0 0 12 A 204 0 0 0 12 C 1 162 0 0 12 G 0 0 159 0 12 T 0 0 0 165 13 N 0 0 0 0 13 A 208 0 0 0 13 C 0 139 0 0 13 G 1 0 166 0 13 T 0 0 0 177 14 N 0 0 0 0 14 A 221 0 0 0 14 C 0 143 0 0 14 G 0 0 176 0 14 T 0 0 0 151 15 N 0 0 0 0 15 A 202 0 0 0 15 C 0 161 0 0 15 G 0 0 177 0 15 T 0 0 0 151 16 N 0 0 0 0 16 A 201 0 1 0 16 C 0 148 0 0 16 G 0 0 188 0 16 T 0 0 0 153 17 N 0 0 0 0 17 A 195 0 0 0 17 C 0 157 0 0 17 G 0 0 179 0 17 T 0 0 0 160 18 N 0 0 0 0 18 A 162 0 0 0 18 C 0 172 0 0 18 G 0 0 206 0 18 T 0 1 0 150 19 N 0 0 0 0 19 A 201 0 0 0 19 C 0 166 0 0 19 G 0 0 194 0 19 T 0 0 0 130 20 N 0 0 0 0 20 A 184 0 0 0 20 C 0 183 0 0 20 G 0 0 166 0 20 T 0 0 0 158 21 N 0 0 0 0 21 A 179 0 0 0 21 C 1 147 0 0 21 G 0 0 206 1 21 T 0 0 0 157 22 N 0 0 0 0 22 A 194 0 0 0 22 C 0 156 0 0 22 G 0 1 173 0 22 T 0 0 0 167 23 N 0 0 0 0 23 A 193 0 0 0 23 C 1 138 0 0 23 G 0 0 175 1 23 T 0 0 0 183 24 N 0 0 0 0 24 A 191 0 0 0 24 C 0 151 0 0 24 G 0 0 197 0 24 T 0 0 0 152 25 N 0 0 0 0 25 A 176 0 0 0 25 C 0 152 0 1 25 G 0 0 186 0 25 T 0 0 0 176 26 N 0 0 0 0 26 A 201 0 0 0 26 C 0 131 0 0 26 G 0 0 181 1 26 T 1 0 1 175 27 N 0 0 0 0 27 A 207 0 0 0 27 C 0 158 0 0 27 G 0 0 174 2 27 T 0 0 0 150 28 N 0 0 0 0 28 A 196 1 0 0 28 C 0 164 0 0 28 G 0 0 204 0 28 T 0 0 1 125 29 N 0 0 0 0 29 A 205 0 0 0 29 C 0 157 0 0 29 G 0 0 192 0 29 T 0 0 0 137 30 N 0 0 0 0 30 A 196 0 0 0 30 C 1 161 0 0 30 G 0 0 190 1 30 T 0 0 0 142 31 N 0 0 0 0 31 A 195 0 0 0 31 C 0 171 0 0 31 G 0 0 178 0 31 T 1 0 0 146 32 N 0 0 0 0 32 A 188 0 0 0 32 C 0 139 0 0 32 G 0 0 199 0 32 T 0 0 2 163 33 N 0 0 0 0 33 A 187 0 0 0 33 C 2 145 0 0 33 G 0 0 190 1 33 T 0 0 0 166 34 N 0 0 0 0 34 A 188 0 0 0 34 C 2 162 0 0 34 G 0 0 172 1 34 T 0 0 0 166 35 N 0 0 0 0 35 A 208 1 0 1 35 C 1 144 0 0 35 G 0 0 171 1 35 T 0 0 0 164 36 N 0 0 0 0 36 A 213 0 0 1 36 C 1 157 1 1 36 G 0 0 163 0 36 T 0 0 0 154 37 N 0 0 0 0 37 A 199 1 0 0 37 C 0 157 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Log likelihood scores Cycle: Read As: Really: A C G T >1 N -47 -47 -47 -47 >1 A -47 -47 -47 -47 >1 C -47 -47 -47 -47 >1 G -47 -47 -47 -47 >1 T -47 -225 -47 225 >2 N -47 -47 -47 -47 >2 A 234 -234 -47 -47 >2 C -47 -47 -47 -47 >2 G -47 -47 -47 -47 >2 T -47 -47 -47 -47 >3 N -47 -47 -47 -47 >3 A -47 -47 -47 -47 >3 C -47 218 -47 -218 >3 G -47 -47 -47 -47 >3 T -47 -47 -47 -47 >4 N -47 -47 -47 -47 >4 A -47 -47 -47 -47 >4 C -47 -47 -47 -47 >4 G -47 -223 223 -47 >4 T -47 -47 -47 -47 >5 N -47 -47 -47 -47 >5 A -47 -47 -47 -47 >5 C -47 -47 -47 -47 >5 G -47 -47 -47 -47 >5 T -228 -47 -228 198 >6 N -47 -47 -47 -47 >6 A -47 -47 -47 -47 >6 C -47 -47 -47 -47 >6 G -47 -47 -47 -47 >6 T -47 -47 -47 -47 >7 N -47 -47 -47 -47 >7 A 226 -47 -47 -226 >7 C -47 -47 -47 -47 >7 G -223 -47 223 -47 >7 T -47 -47 -47 -47 >8 N -47 -47 -47 -47 >8 A -47 -47 -47 -47 >8 C -47 -47 -47 -47 >8 G -47 -223 223 -47 >8 T -47 -47 -47 -47 >9 N -47 -47 -47 -47 >9 A 224 -224 -47 -47 >9 C -47 -47 -47 -47 >9 G -47 -47 -47 -47 >9 T -47 -47 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217 >19 N -47 -47 -47 -47 >19 A -47 -47 -47 -47 >19 C -47 -47 -47 -47 >19 G -47 -47 -47 -47 >19 T -47 -47 -47 -47 >20 N -47 -47 -47 -47 >20 A -47 -47 -47 -47 >20 C -47 -47 -47 -47 >20 G -47 -47 -47 -47 >20 T -47 -47 -47 -47 >21 N -47 -47 -47 -47 >21 A -47 -47 -47 -47 >21 C -216 216 -47 -47 >21 G -47 -47 231 -231 >21 T -47 -47 -47 -47 >22 N -47 -47 -47 -47 >22 A -47 -47 -47 -47 >22 C -47 -47 -47 -47 >22 G -47 -223 223 -47 >22 T -47 -47 -47 -47 >23 N -47 -47 -47 -47 >23 A -47 -47 -47 -47 >23 C -213 213 -47 -47 >23 G -47 -47 224 -224 >23 T -47 -47 -47 -47 >24 N -47 -47 -47 -47 >24 A -47 -47 -47 -47 >24 C -47 -47 -47 -47 >24 G -47 -47 -47 -47 >24 T -47 -47 -47 -47 >25 N -47 -47 -47 -47 >25 A -47 -47 -47 -47 >25 C -47 218 -47 -218 >25 G -47 -47 -47 -47 >25 T -47 -47 -47 -47 >26 N -47 -47 -47 -47 >26 A -47 -47 -47 -47 >26 C -47 -47 -47 -47 >26 G -47 -47 225 -225 >26 T -224 -47 -224 194 >27 N -47 -47 -47 -47 >27 A -47 -47 -47 -47 >27 C -47 -47 -47 -47 >27 G -47 -47 193 -193 >27 T -47 -47 -47 -47 >28 N -47 -47 -47 -47 >28 A 229 -229 -47 -47 >28 C -47 -47 -47 -47 >28 G -47 -47 -47 -47 >28 T -47 -47 -209 209 >29 N -47 -47 -47 -47 >29 A -47 -47 -47 -47 >29 C -47 -47 -47 -47 >29 G -47 -47 -47 -47 >29 T -47 -47 -47 -47 >30 N -47 -47 -47 -47 >30 A -47 -47 -47 -47 >30 C -220 220 -47 -47 >30 G -47 -47 227 -227 >30 T -47 -47 -47 -47 >31 N -47 -47 -47 -47 >31 A -47 -47 -47 -47 >31 C -47 -47 -47 -47 >31 G -47 -47 -47 -47 >31 T -216 -47 -47 216 >32 N -47 -47 -47 -47 >32 A -47 -47 -47 -47 >32 C -47 -47 -47 -47 >32 G -47 -47 -47 -47 >32 T -47 -47 -191 191 >33 N -47 -47 -47 -47 >33 A -47 -47 -47 -47 >33 C -186 186 -47 -47 >33 G -47 -47 227 -227 >33 T -47 -47 -47 -47 >34 N -47 -47 -47 -47 >34 A -47 -47 -47 -47 >34 C -190 190 -47 -47 >34 G -47 -47 223 -223 >34 T -47 -47 -47 -47 >35 N -47 -47 -47 -47 >35 A 201 -232 -47 -232 >35 C -215 215 -47 -47 >35 G -47 -47 223 -223 >35 T -47 -47 -47 -47 >36 N -47 -47 -47 -47 >36 A 232 -47 -47 -232 >36 C -220 171 -220 -220 >36 G -47 -47 -47 -47 >36 T -47 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>45 T -47 -47 -225 225 Cumulative errors by cycle Cycle: 1 2 3 4 5 !1 690 691 691 691 691 !2 689 691 691 691 691 !3 689 690 691 691 691 !4 689 690 690 691 691 !5 688 690 690 690 691 !6 688 690 690 690 691 !7 687 690 690 690 690 !8 687 690 690 690 690 !9 687 690 690 690 690 !10 687 690 690 690 690 !11 686 690 690 690 690 !12 686 690 690 690 690 !13 686 690 690 690 690 !14 686 690 690 690 690 !15 686 690 690 690 690 !16 685 690 690 690 690 !17 685 690 690 690 690 !18 684 690 690 690 690 !19 684 690 690 690 690 !20 684 690 690 690 690 !21 682 690 690 690 690 !22 681 690 690 690 690 !23 679 690 690 690 690 !24 679 690 690 690 690 !25 678 690 690 690 690 !26 676 689 690 690 690 !27 674 689 690 690 690 !28 673 688 690 690 690 !29 673 688 690 690 690 !30 671 688 690 690 690 !31 671 687 690 690 690 !32 670 686 690 690 690 !33 669 686 688 690 690 !34 667 686 688 689 690 !35 666 683 688 689 690 !36 666 682 686 688 690 !37 666 682 685 687 690 !38 666 681 684 687 688 !39 664 681 684 687 688 !40 664 681 684 687 688 !41 664 681 684 687 688 !42 664 681 684 687 688 !43 663 681 684 687 688 !44 661 680 684 686 687 !45 661 679 684 686 687 # Lane 4 : Tile 5 : Quality Filtered : All Reads Aligned bases (outside insertions or deletions) :- 39330 bases of sequence found 193 were errors 0 were blanks 0.49 percent error rate 0.00 percent blank rate Indels :- 0 insertions 12 deletions 12 deletion bases mean deletion length 1.00 unique alignments : 874 (total score 189734) cycles : 90 All error breakdowns and patterns below refer to non-indel bases. Error rate relative to reference base (including blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: N pc A pc C pc G pc T pc A 0.00 99.57 0.17 0.12 0.14 C 0.00 0.18 99.46 0.09 0.27 G 0.00 0.14 0.04 99.64 0.17 T 0.00 0.18 0.23 0.29 99.30 Error rate relative to reference base (excluding blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: A pc C pc G pc T pc A 99.57 0.17 0.12 0.14 C 0.18 99.46 0.09 0.27 G 0.14 0.04 99.64 0.17 T 0.18 0.23 0.29 99.30 Error rate relative to sequenced base (excluding ref blanks) (Given a sequenced base, what was it really?) Read As: Really: A pc C pc G pc T pc N 0.00 0.00 0.00 0.00 A 99.57 0.14 0.13 0.16 C 0.21 99.48 0.05 0.26 G 0.13 0.08 99.51 0.28 T 0.16 0.24 0.18 99.42 Breakdown of errors by nucleotide Read As: Really: A ct C ct G ct T ct N 0 0 0 0 A 10664 15 14 17 C 18 8498 4 22 G 13 8 9705 27 T 15 23 17 9407