# Lane 4 : Tile 15 : Quality Filtered : Read 1 Aligned bases (outside insertions or deletions) :- 9135 bases of sequence found 126 were errors 0 were blanks 1.38 percent error rate 0.00 percent blank rate Indels :- 0 insertions 6 deletions 8 deletion bases mean deletion length 1.33 unique alignments : 203 (total score 40939) cycles : 45 All error breakdowns and patterns below refer to non-indel bases. Breakdown of errors by cycle Cycle: Err pc: Blank pc: 1 7.39 0.00 2 5.91 0.00 3 4.43 0.00 4 5.42 0.00 5 1.97 0.00 6 2.46 0.00 7 2.96 0.00 8 2.96 0.00 9 2.96 0.00 10 1.97 0.00 11 0.49 0.00 12 1.48 0.00 13 0.99 0.00 14 0.99 0.00 15 0.49 0.00 16 0.99 0.00 17 2.46 0.00 18 0.49 0.00 19 0.99 0.00 20 0.00 0.00 21 1.48 0.00 22 1.48 0.00 23 1.97 0.00 24 1.48 0.00 25 1.48 0.00 26 0.00 0.00 27 0.00 0.00 28 0.49 0.00 29 0.00 0.00 30 0.00 0.00 31 0.00 0.00 32 0.00 0.00 33 0.00 0.00 34 0.49 0.00 35 0.00 0.00 36 0.99 0.00 37 1.97 0.00 38 0.49 0.00 39 0.49 0.00 40 0.00 0.00 41 0.00 0.00 42 0.00 0.00 43 0.49 0.00 44 0.00 0.00 45 0.99 0.00 Error rate relative to reference base (including blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: N pc A pc C pc G pc T pc A 0.00 98.12 0.70 0.70 0.47 C 0.00 0.87 98.20 0.58 0.35 G 0.00 0.52 0.36 98.81 0.31 T 0.00 0.30 0.72 0.34 98.65 Error rate relative to reference base (excluding blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: A pc C pc G pc T pc A 98.12 0.70 0.70 0.47 C 0.87 98.20 0.58 0.35 G 0.52 0.36 98.81 0.31 T 0.30 0.72 0.34 98.65 Error rate relative to sequenced base (excluding ref blanks) (Given a sequenced base, what was it really?) Read As: Really: A pc C pc G pc T pc N 0.00 0.00 0.00 0.00 A 98.49 0.71 0.47 0.33 C 0.87 97.75 0.40 0.98 G 0.77 0.51 98.30 0.41 T 0.42 0.25 0.25 99.07 Breakdown of errors by nucleotide Read As: Really: A ct C ct G ct T ct N 0 0 0 0 A 2088 15 10 7 C 15 1693 7 17 G 15 10 1913 8 T 10 6 6 2335 Full breakdown of errors by cycle and nucleotide Cycle: Read As: Really: A ct C ct G ct T ct 1 N 0 0 0 0 1 A 8 0 1 1 1 C 3 11 2 3 1 G 1 0 6 0 1 T 2 0 2 7 2 N 0 0 0 0 2 A 7 2 1 0 2 C 0 7 0 1 2 G 4 1 10 0 2 T 1 0 2 33 3 N 0 0 0 0 3 A 11 0 1 0 3 C 2 7 0 1 3 G 0 2 36 1 3 T 0 2 0 20 4 N 0 0 0 0 4 A 10 3 2 0 4 C 4 31 0 1 4 G 0 0 19 0 4 T 1 0 0 24 5 N 0 0 0 0 5 A 32 0 0 1 5 C 0 26 0 0 5 G 1 0 20 1 5 T 1 0 0 24 6 N 0 0 0 0 6 A 24 0 0 1 6 C 0 20 1 0 6 G 1 0 45 0 6 T 2 0 0 20 7 N 0 0 0 0 7 A 23 0 1 0 7 C 1 16 1 0 7 G 0 1 54 1 7 T 1 0 0 25 8 N 0 0 0 0 8 A 17 3 0 0 8 C 0 21 0 0 8 G 1 0 46 0 8 T 1 1 0 48 9 N 0 0 0 0 9 A 18 2 2 1 9 C 0 19 1 0 9 G 0 0 49 0 9 T 0 0 0 55 10 N 0 0 0 0 10 A 20 0 1 1 10 C 0 26 0 1 10 G 1 0 56 0 10 T 0 0 0 59 11 N 0 0 0 0 11 A 22 0 0 0 11 C 0 29 0 1 11 G 0 0 82 0 11 T 0 0 0 44 12 N 0 0 0 0 12 A 40 1 1 0 12 C 0 28 0 1 12 G 0 0 77 0 12 T 0 0 0 42 13 N 0 0 0 0 13 A 44 0 0 0 13 C 0 24 0 0 13 G 1 0 66 1 13 T 0 0 0 67 14 N 0 0 0 0 14 A 58 0 0 1 14 C 0 21 0 1 14 G 0 0 71 0 14 T 0 0 0 51 15 N 0 0 0 0 15 A 48 1 0 0 15 C 0 41 0 0 15 G 0 0 65 0 15 T 0 0 0 48 16 N 0 0 0 0 16 A 42 0 0 0 16 C 1 22 0 0 16 G 0 0 86 0 16 T 0 1 0 51 17 N 0 0 0 0 17 A 28 0 0 0 17 C 0 48 1 1 17 G 0 1 71 2 17 T 0 0 0 51 18 N 0 0 0 0 18 A 35 0 0 0 18 C 0 55 0 1 18 G 0 0 64 0 18 T 0 0 0 48 19 N 0 0 0 0 19 A 56 0 0 0 19 C 0 47 0 0 19 G 1 0 53 1 19 T 0 0 0 45 20 N 0 0 0 0 20 A 79 0 0 0 20 C 0 46 0 0 20 G 0 0 43 0 20 T 0 0 0 35 21 N 0 0 0 0 21 A 64 1 0 0 21 C 0 43 0 0 21 G 1 1 43 0 21 T 0 0 0 50 22 N 0 0 0 0 22 A 65 0 0 0 22 C 1 58 0 0 22 G 0 0 38 0 22 T 0 1 1 39 23 N 0 0 0 0 23 A 76 1 0 0 23 C 0 69 0 2 23 G 1 0 20 0 23 T 0 0 0 34 24 N 0 0 0 0 24 A 57 0 0 0 24 C 1 57 0 2 24 G 0 0 26 0 24 T 0 0 0 60 25 N 0 0 0 0 25 A 64 0 0 0 25 C 1 59 0 0 25 G 1 0 19 0 25 T 0 1 0 58 26 N 0 0 0 0 26 A 46 0 0 0 26 C 0 60 0 0 26 G 0 0 25 0 26 T 0 0 0 72 27 N 0 0 0 0 27 A 47 0 0 0 27 C 0 45 0 0 27 G 0 0 26 0 27 T 0 0 0 85 28 N 0 0 0 0 28 A 54 0 0 0 28 C 0 48 0 1 28 G 0 0 13 0 28 T 0 0 0 87 29 N 0 0 0 0 29 A 70 0 0 0 29 C 0 33 0 0 29 G 0 0 14 0 29 T 0 0 0 86 30 N 0 0 0 0 30 A 60 0 0 0 30 C 0 27 0 0 30 G 0 0 8 0 30 T 0 0 0 108 31 N 0 0 0 0 31 A 60 0 0 0 31 C 0 43 0 0 31 G 0 0 11 0 31 T 0 0 0 89 32 N 0 0 0 0 32 A 34 0 0 0 32 C 0 40 0 0 32 G 0 0 29 0 32 T 0 0 0 100 33 N 0 0 0 0 33 A 57 0 0 0 33 C 0 34 0 0 33 G 0 0 24 0 33 T 0 0 0 88 34 N 0 0 0 0 34 A 72 0 0 0 34 C 0 22 0 0 34 G 1 0 24 0 34 T 0 0 0 84 35 N 0 0 0 0 35 A 52 0 0 0 35 C 0 19 0 0 35 G 0 0 41 0 35 T 0 0 0 91 36 N 0 0 0 0 36 A 45 0 0 1 36 C 0 40 0 0 36 G 0 0 35 1 36 T 0 0 0 81 37 N 0 0 0 0 37 A 42 1 0 0 37 C 0 37 0 0 37 G 0 2 56 0 37 T 1 0 0 64 38 N 0 0 0 0 38 A 43 0 0 0 38 C 1 47 0 0 38 G 0 0 56 0 38 T 0 0 0 56 39 N 0 0 0 0 39 A 50 0 0 0 39 C 0 59 0 0 39 G 0 1 57 0 39 T 0 0 0 36 40 N 0 0 0 0 40 A 48 0 0 0 40 C 0 71 0 0 40 G 0 0 61 0 40 T 0 0 0 23 41 N 0 0 0 0 41 A 62 0 0 0 41 C 0 56 0 0 41 G 0 0 56 0 41 T 0 0 0 29 42 N 0 0 0 0 42 A 60 0 0 0 42 C 0 53 0 0 42 G 0 0 54 0 42 T 0 0 0 36 43 N 0 0 0 0 43 A 68 0 0 0 43 C 0 39 1 0 43 G 0 0 65 0 43 T 0 0 0 30 44 N 0 0 0 0 44 A 88 0 0 0 44 C 0 48 0 0 44 G 0 0 39 0 44 T 0 0 0 28 45 N 0 0 0 0 45 A 82 0 0 0 45 C 0 41 0 0 45 G 0 1 54 0 45 T 0 0 1 24 Error rate relative to reference by cycle/nucleotide Cycle: Read As: Really: A prp C prp G prp T prp @1 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @1 A 0.571 0.000 0.091 0.091 @1 C 0.214 1.000 0.182 0.273 @1 G 0.071 0.000 0.545 0.000 @1 T 0.143 0.000 0.182 0.636 @2 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @2 A 0.583 0.200 0.077 0.000 @2 C 0.000 0.700 0.000 0.029 @2 G 0.333 0.100 0.769 0.000 @2 T 0.083 0.000 0.154 0.971 @3 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @3 A 0.846 0.000 0.027 0.000 @3 C 0.154 0.636 0.000 0.045 @3 G 0.000 0.182 0.973 0.045 @3 T 0.000 0.182 0.000 0.909 @4 N 0.000 0.000 0.000 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GATCTGCTAGCTCCGGTTAAGGATGGAAGAGAGTATCTGTTCCAC 26 2 AATAAACGCCACCTGCGGGATATCATGCGGATCAACGCAAACAAA CCGATGACATACAGCGCCCATTTATCCACATCCGCCGCACCAAGA GATCCAGCTTACATTATGAAGAGCAGCATATTACAGCCGTATGGG TACGTAAGAGTCGGAAAACGAACAAGCGCAAGAGTAAACATAGTG TACGTAAGAGTCGGAAGAGATTCTGTCATCTCGTATGCCGTCTTC TACGTAAGAGTCGTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTA 27 1 378 sequences The 3 most common blank patterns (N=any nonblank character) Ranking Occurrences Words 1 1427 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 2 2 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN................. NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.. 3 1 NNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN............... NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN... Log likelihood scores Cycle: Read As: Really: A C G T >1 N -47 -47 -47 -47 >1 A 60 -47 -95 -95 >1 C -72 13 -92 -72 >1 G -77 -47 77 -47 >1 T -65 -47 -65 24 >2 N -47 -47 -47 -47 >2 A 36 -60 -95 -47 >2 C -47 84 -47 -84 >2 G -43 -114 30 -47 >2 T -154 -47 -123 104 >3 N -47 -47 -47 -47 >3 A 104 -47 -104 -47 >3 C -60 36 -47 -95 >3 G -47 -126 107 -157 >3 T -47 -100 -47 100 >4 N -47 -47 -47 -47 >4 A 30 -60 -81 -47 >4 C -90 79 -47 -154 >4 G -47 -47 -47 -47 >4 T -138 -47 -47 138 >5 N -47 -47 -47 -47 >5 A 150 -47 -47 -150 >5 C -47 -47 -47 -47 >5 G -132 -47 100 -132 >5 T -138 -47 -47 138 >6 N -47 -47 -47 -47 >6 A 138 -47 -47 -138 >6 C -47 130 -130 -47 >6 G -165 -47 165 -47 >6 T -100 -47 -47 100 >7 N -47 -47 -47 -47 >7 A 136 -47 -136 -47 >7 C -123 90 -123 -47 >7 G -47 -174 143 -174 >7 T -139 -47 -47 139 >8 N -47 -47 -47 -47 >8 A 75 -75 -47 -47 >8 C -47 -47 -47 -47 >8 G -166 -47 166 -47 >8 T -169 -169 -47 138 >9 N -47 -47 -47 -47 >9 A 55 -102 -102 -134 >9 C -47 127 -127 -47 >9 G -47 -47 -47 -47 >9 T -47 -47 -47 -47 >10 N -47 -47 -47 -47 >10 A 100 -47 -132 -132 >10 C -47 141 -47 -141 >10 G -174 -47 174 -47 >10 T -47 -47 -47 -47 >11 N -47 -47 -47 -47 >11 A -47 -47 -47 -47 >11 C -47 146 -47 -146 >11 G -47 -47 -47 -47 >11 T -47 -47 -47 -47 >12 N -47 -47 -47 -47 >12 A 130 -161 -161 -47 >12 C -47 144 -47 -144 >12 G -47 -47 -47 -47 >12 T -47 -47 -47 -47 >13 N -47 -47 -47 -47 >13 A -47 -47 -47 -47 >13 C -47 -47 -47 -47 >13 G -182 -47 151 -182 >13 T -47 -47 -47 -47 >14 N -47 -47 -47 -47 >14 A 176 -47 -47 -176 >14 C -47 132 -47 -132 >14 G -47 -47 -47 -47 >14 T -47 -47 -47 -47 >15 N -47 -47 -47 -47 >15 A 168 -168 -47 -47 >15 C -47 -47 -47 -47 >15 G -47 -47 -47 -47 >15 T -47 -47 -47 -47 >16 N -47 -47 -47 -47 >16 A -47 -47 -47 -47 >16 C -134 134 -47 -47 >16 G -47 -47 -47 -47 >16 T -47 -170 -47 170 >17 N -47 -47 -47 -47 >17 A -47 -47 -47 -47 >17 C -47 138 -169 -169 >17 G -47 -186 137 -155 >17 T -47 -47 -47 -47 >18 N -47 -47 -47 -47 >18 A -47 -47 -47 -47 >18 C -47 174 -47 -174 >18 G -47 -47 -47 -47 >18 T -47 -47 -47 -47 >19 N -47 -47 -47 -47 >19 A -47 -47 -47 -47 >19 C -47 -47 -47 -47 >19 G -173 -47 142 -173 >19 T -47 -47 -47 -47 >20 N -47 -47 -47 -47 >20 A -47 -47 -47 -47 >20 C -47 -47 -47 -47 >20 G -47 -47 -47 -47 >20 T -47 -47 -47 -47 >21 N -47 -47 -47 -47 >21 A 180 -180 -47 -47 >21 C -47 -47 -47 -47 >21 G -164 -164 133 -47 >21 T -47 -47 -47 -47 >22 N -47 -47 -47 -47 >22 A -47 -47 -47 -47 >22 C -176 176 -47 -47 >22 G -47 -47 -47 -47 >22 T -47 -160 -160 129 >23 N -47 -47 -47 -47 >23 A 188 -188 -47 -47 >23 C -47 153 -47 -153 >23 G -130 -47 130 -47 >23 T -47 -47 -47 -47 >24 N -47 -47 -47 -47 >24 A -47 -47 -47 -47 >24 C -177 127 -47 -146 >24 G -47 -47 -47 -47 >24 T -47 -47 -47 -47 >25 N -47 -47 -47 -47 >25 A -47 -47 -47 -47 >25 C -177 177 -47 -47 >25 G -127 -47 127 -47 >25 T -47 -176 -47 176 >26 N -47 -47 -47 -47 >26 A -47 -47 -47 -47 >26 C -47 -47 -47 -47 >26 G -47 -47 -47 -47 >26 T -47 -47 -47 -47 >27 N -47 -47 -47 -47 >27 A -47 -47 -47 -47 >27 C -47 -47 -47 -47 >27 G -47 -47 -47 -47 >27 T -47 -47 -47 -47 >28 N -47 -47 -47 -47 >28 A -47 -47 -47 -47 >28 C -47 168 -47 -168 >28 G -47 -47 -47 -47 >28 T -47 -47 -47 -47 >29 N -47 -47 -47 -47 >29 A -47 -47 -47 -47 >29 C -47 -47 -47 -47 >29 G -47 -47 -47 -47 >29 T -47 -47 -47 -47 >30 N -47 -47 -47 -47 >30 A -47 -47 -47 -47 >30 C -47 -47 -47 -47 >30 G -47 -47 -47 -47 >30 T -47 -47 -47 -47 >31 N -47 -47 -47 -47 >31 A -47 -47 -47 -47 >31 C -47 -47 -47 -47 >31 G -47 -47 -47 -47 >31 T -47 -47 -47 -47 >32 N -47 -47 -47 -47 >32 A -47 -47 -47 -47 >32 C -47 -47 -47 -47 >32 G -47 -47 -47 -47 >32 T -47 -47 -47 -47 >33 N -47 -47 -47 -47 >33 A -47 -47 -47 -47 >33 C -47 -47 -47 -47 >33 G -47 -47 -47 -47 >33 T -47 -47 -47 -47 >34 N -47 -47 -47 -47 >34 A -47 -47 -47 -47 >34 C -47 -47 -47 -47 >34 G -138 -47 138 -47 >34 T -47 -47 -47 -47 >35 N -47 -47 -47 -47 >35 A -47 -47 -47 -47 >35 C -47 -47 -47 -47 >35 G -47 -47 -47 -47 >35 T -47 -47 -47 -47 >36 N -47 -47 -47 -47 >36 A 165 -47 -47 -165 >36 C -47 -47 -47 -47 >36 G -47 -47 154 -154 >36 T -47 -47 -47 -47 >37 N -47 -47 -47 -47 >37 A 162 -162 -47 -47 >37 C -47 -47 -47 -47 >37 G -47 -144 144 -47 >37 T -180 -47 -47 180 >38 N -47 -47 -47 -47 >38 A -47 -47 -47 -47 >38 C -167 167 -47 -47 >38 G -47 -47 -47 -47 >38 T -47 -47 -47 -47 >39 N -47 -47 -47 -47 >39 A -47 -47 -47 -47 >39 C -47 -47 -47 -47 >39 G -47 -175 175 -47 >39 T -47 -47 -47 -47 >40 N -47 -47 -47 -47 >40 A -47 -47 -47 -47 >40 C -47 -47 -47 -47 >40 G -47 -47 -47 -47 >40 T -47 -47 -47 -47 >41 N -47 -47 -47 -47 >41 A -47 -47 -47 -47 >41 C -47 -47 -47 -47 >41 G -47 -47 -47 -47 >41 T -47 -47 -47 -47 >42 N -47 -47 -47 -47 >42 A -47 -47 -47 -47 >42 C -47 -47 -47 -47 >42 G -47 -47 -47 -47 >42 T -47 -47 -47 -47 >43 N -47 -47 -47 -47 >43 A -47 -47 -47 -47 >43 C -47 159 -159 -47 >43 G -47 -47 -47 -47 >43 T -47 -47 -47 -47 >44 N -47 -47 -47 -47 >44 A -47 -47 -47 -47 >44 C -47 -47 -47 -47 >44 G -47 -47 -47 -47 >44 T -47 -47 -47 -47 >45 N -47 -47 -47 -47 >45 A -47 -47 -47 -47 >45 C -47 -47 -47 -47 >45 G -47 -173 173 -47 >45 T -47 -47 -138 138 Cumulative errors by cycle Cycle: 1 2 3 4 5 !1 32 47 47 47 47 !2 51 60 69 69 69 !3 63 71 79 83 83 !4 74 79 88 92 95 !5 85 90 98 102 104 !6 93 97 106 108 111 !7 102 107 114 118 120 !8 114 120 128 131 134 !9 121 128 137 140 142 !10 137 145 155 158 160 !11 150 157 168 171 173 !12 159 169 180 183 185 !13 171 181 193 196 198 !14 170 180 193 196 198 !15 170 180 192 196 198 !16 168 180 192 196 198 !17 165 178 192 196 198 !18 165 177 192 196 198 !19 164 176 192 196 198 !20 164 176 192 196 198 !21 163 174 192 196 198 !22 163 171 192 196 198 !23 162 168 192 196 198 !24 162 165 192 196 198 !25 162 162 192 196 198 !26 162 162 192 196 198 !27 162 162 192 196 198 !28 161 162 192 196 198 !29 161 162 192 196 198 !30 161 162 192 196 198 !31 161 162 192 196 198 !32 161 162 192 196 198 !33 161 162 192 196 198 !34 161 162 191 196 198 !35 161 162 191 196 198 !36 160 162 190 196 198 !37 160 162 189 193 198 !38 160 162 189 193 197 !39 160 162 189 192 197 !40 160 162 189 192 197 !41 160 162 189 192 197 !42 160 162 189 192 197 !43 159 162 189 192 197 !44 159 162 189 192 197 !45 158 162 188 192 197 # Lane 4 : Tile 15 : Quality Filtered : Read 2 Aligned bases (outside insertions or deletions) :- 33210 bases of sequence found 27 were errors 22 were blanks 0.08 percent error rate 0.07 percent blank rate Indels :- 0 insertions 0 deletions unique alignments : 739 (total score 164573) cycles : 45 All error breakdowns and patterns below refer to non-indel bases. Breakdown of errors by cycle Cycle: Err pc: Blank pc: 1 0.14 0.27 2 0.14 0.00 3 0.00 0.00 4 0.00 0.00 5 0.00 0.00 6 0.00 0.00 7 0.14 0.00 8 0.00 0.00 9 0.00 0.00 10 0.00 0.00 11 0.14 0.00 12 0.00 0.00 13 0.14 0.00 14 0.00 0.00 15 0.14 0.00 16 0.00 0.00 17 0.00 0.00 18 0.00 0.00 19 0.14 0.00 20 0.00 0.00 21 0.14 0.00 22 0.00 0.00 23 0.27 0.00 24 0.00 0.00 25 0.14 0.00 26 0.14 0.00 27 0.27 0.00 28 0.00 0.00 29 0.14 0.00 30 0.27 0.00 31 0.00 0.00 32 0.27 0.14 33 0.27 0.14 34 0.00 0.14 35 0.00 0.27 36 0.14 0.14 37 0.14 0.14 38 0.00 0.14 39 0.00 0.14 40 0.00 0.14 41 0.14 0.27 42 0.41 0.27 43 0.00 0.27 44 0.00 0.27 45 0.00 0.27 Error rate relative to reference base (including blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: N pc A pc C pc G pc T pc A 0.02 99.87 0.09 0.01 0.01 C 0.12 0.01 99.85 0.00 0.01 G 0.05 0.00 0.00 99.86 0.09 T 0.09 0.00 0.03 0.06 99.82 Error rate relative to reference base (excluding blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: A pc C pc G pc T pc A 99.89 0.09 0.01 0.01 C 0.01 99.97 0.00 0.01 G 0.00 0.00 99.91 0.09 T 0.00 0.03 0.06 99.91 Error rate relative to sequenced base (excluding ref blanks) (Given a sequenced base, what was it really?) Read As: Really: A pc C pc G pc T pc N 9.09 40.91 18.18 31.82 A 99.99 0.01 0.00 0.00 C 0.11 99.87 0.00 0.03 G 0.01 0.00 99.93 0.06 T 0.01 0.01 0.10 99.87 Breakdown of errors by nucleotide Read As: Really: A ct C ct G ct T ct N 2 9 4 7 A 9363 1 0 0 C 8 7515 0 2 G 1 0 8458 5 T 1 1 8 7825 Full breakdown of errors by cycle and nucleotide Cycle: Read As: Really: A ct C ct G ct T ct 1 N 0 0 1 1 1 A 224 0 0 0 1 C 0 169 0 0 1 G 0 0 150 0 1 T 0 0 1 192 2 N 0 0 0 0 2 A 228 0 0 0 2 C 0 162 0 0 2 G 0 0 165 0 2 T 0 0 1 182 3 N 0 0 0 0 3 A 229 0 0 0 3 C 0 167 0 0 3 G 0 0 154 0 3 T 0 0 0 188 4 N 0 0 0 0 4 A 224 0 0 0 4 C 0 175 0 0 4 G 0 0 157 0 4 T 0 0 0 182 5 N 0 0 0 0 5 A 215 0 0 0 5 C 0 170 0 0 5 G 0 0 171 0 5 T 0 0 0 182 6 N 0 0 0 0 6 A 217 0 0 0 6 C 0 172 0 0 6 G 0 0 179 0 6 T 0 0 0 170 7 N 0 0 0 0 7 A 221 0 0 0 7 C 0 176 0 0 7 G 1 0 167 0 7 T 0 0 0 173 8 N 0 0 0 0 8 A 213 0 0 0 8 C 0 147 0 0 8 G 0 0 195 0 8 T 0 0 0 183 9 N 0 0 0 0 9 A 203 0 0 0 9 C 0 170 0 0 9 G 0 0 189 0 9 T 0 0 0 176 10 N 0 0 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blank patterns (N=any nonblank character) Ranking Occurrences Words 1 1423 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 2 6 ............................................. 3 1 ....N..NN...NN.....N..N.NN.N................. ....NNNNNNNNNNN.N.NNNNNNNNNNN................ .NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.............. .NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNN..... NN.N......................................... Log likelihood scores Cycle: Read As: Really: A C G T >1 N -47 -47 0 0 >1 A -47 -47 -47 -47 >1 C -47 -47 -47 -47 >1 G -47 -47 -47 -47 >1 T -47 -47 -228 228 >2 N -47 -47 -47 -47 >2 A -47 -47 -47 -47 >2 C -47 -47 -47 -47 >2 G -47 -47 -47 -47 >2 T -47 -47 -226 226 >3 N -47 -47 -47 -47 >3 A -47 -47 -47 -47 >3 C -47 -47 -47 -47 >3 G -47 -47 -47 -47 >3 T -47 -47 -47 -47 >4 N -47 -47 -47 -47 >4 A -47 -47 -47 -47 >4 C -47 -47 -47 -47 >4 G -47 -47 -47 -47 >4 T -47 -47 -47 -47 >5 N -47 -47 -47 -47 >5 A -47 -47 -47 -47 >5 C -47 -47 -47 -47 >5 G -47 -47 -47 -47 >5 T -47 -47 -47 -47 >6 N -47 -47 -47 -47 >6 A -47 -47 -47 -47 >6 C -47 -47 -47 -47 >6 G -47 -47 -47 -47 >6 T -47 -47 -47 -47 >7 N -47 -47 -47 -47 >7 A -47 -47 -47 -47 >7 C -47 -47 -47 -47 >7 G -222 -47 222 -47 >7 T -47 -47 -47 -47 >8 N -47 -47 -47 -47 >8 A -47 -47 -47 -47 >8 C -47 -47 -47 -47 >8 G -47 -47 -47 -47 >8 T -47 -47 -47 -47 >9 N -47 -47 -47 -47 >9 A -47 -47 -47 -47 >9 C -47 -47 -47 -47 >9 G -47 -47 -47 -47 >9 T -47 -47 -47 -47 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by cycle Cycle: 1 2 3 4 5 !1 735 736 736 736 736 !2 736 738 738 738 738 !3 736 738 738 738 738 !4 736 738 738 738 738 !5 736 738 738 738 738 !6 736 738 738 738 738 !7 735 738 738 738 738 !8 735 738 738 738 738 !9 735 738 738 738 738 !10 735 738 738 738 738 !11 734 738 738 738 738 !12 734 738 738 738 738 !13 733 738 738 738 738 !14 733 738 738 738 738 !15 733 737 738 738 738 !16 733 737 738 738 738 !17 733 737 738 738 738 !18 733 737 738 738 738 !19 732 737 738 738 738 !20 732 737 738 738 738 !21 731 737 738 738 738 !22 731 737 738 738 738 !23 729 737 738 738 738 !24 729 737 738 738 738 !25 728 737 738 738 738 !26 727 737 738 738 738 !27 725 737 738 738 738 !28 725 737 738 738 738 !29 724 737 738 738 738 !30 723 736 738 738 738 !31 723 736 738 738 738 !32 720 735 737 737 737 !33 719 735 736 737 737 !34 719 735 736 737 737 !35 718 734 735 736 736 !36 719 735 736 736 737 !37 718 735 736 736 737 !38 718 735 736 736 737 !39 718 735 736 736 737 !40 718 735 736 736 737 !41 717 733 735 735 736 !42 716 731 735 735 736 !43 716 731 735 735 736 !44 716 731 735 735 736 !45 716 731 735 735 736 # Lane 4 : Tile 15 : Quality Filtered : All Reads Aligned bases (outside insertions or deletions) :- 42345 bases of sequence found 153 were errors 22 were blanks 0.36 percent error rate 0.05 percent blank rate Indels :- 0 insertions 6 deletions 8 deletion bases mean deletion length 1.33 unique alignments : 942 (total score 205512) cycles : 90 All error breakdowns and patterns below refer to non-indel bases. Error rate relative to reference base (including blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: N pc A pc C pc G pc T pc A 0.02 99.55 0.20 0.14 0.10 C 0.10 0.17 99.55 0.11 0.08 G 0.04 0.10 0.07 99.66 0.13 T 0.07 0.07 0.19 0.13 99.55 Error rate relative to reference base (excluding blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: A pc C pc G pc T pc A 99.57 0.20 0.14 0.10 C 0.17 99.64 0.11 0.08 G 0.10 0.07 99.70 0.13 T 0.07 0.19 0.13 99.62 Error rate relative to sequenced base (excluding ref blanks) (Given a sequenced base, what was it really?) Read As: Really: A pc C pc G pc T pc N 9.09 40.91 18.18 31.82 A 99.71 0.14 0.09 0.06 C 0.25 99.47 0.08 0.21 G 0.15 0.10 99.63 0.12 T 0.11 0.07 0.14 99.69 Breakdown of errors by nucleotide Read As: Really: A ct C ct G ct T ct N 2 9 4 7 A 11451 16 10 7 C 23 9208 7 19 G 16 10 10371 13 T 11 7 14 10160