# Lane 8 : Tile 5 : Quality Filtered : Read 1 Aligned bases (outside insertions or deletions) :- 1301 bases of sequence found 137 were errors 0 were blanks 10.53 percent error rate 0.00 percent blank rate Indels :- 2 insertions 4 insertion bases mean insertion length 2.00 0 deletions unique alignments : 29 (total score 1353) cycles : 45 All error breakdowns and patterns below refer to non-indel bases. Breakdown of errors by cycle Cycle: Err pc: Blank pc: 1 34.48 0.00 2 41.38 0.00 3 37.93 0.00 4 34.48 0.00 5 24.14 0.00 6 31.03 0.00 7 17.24 0.00 8 37.93 0.00 9 27.59 0.00 10 37.93 0.00 11 48.28 0.00 12 44.44 0.00 13 55.56 0.00 14 0.00 0.00 15 0.00 0.00 16 0.00 0.00 17 0.00 0.00 18 0.00 0.00 19 0.00 0.00 20 0.00 0.00 21 0.00 0.00 22 0.00 0.00 23 0.00 0.00 24 0.00 0.00 25 0.00 0.00 26 0.00 0.00 27 0.00 0.00 28 0.00 0.00 29 0.00 0.00 30 0.00 0.00 31 0.00 0.00 32 0.00 0.00 33 0.00 0.00 34 0.00 0.00 35 0.00 0.00 36 0.00 0.00 37 0.00 0.00 38 0.00 0.00 39 3.45 0.00 40 0.00 0.00 41 0.00 0.00 42 0.00 0.00 43 0.00 0.00 44 0.00 0.00 45 3.45 0.00 Error rate relative to reference base (including blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: N pc A pc C pc G pc T pc A 0.00 87.26 4.07 4.34 4.34 C 0.00 3.61 88.45 4.33 3.61 G 0.00 5.62 3.00 89.51 1.87 T 0.00 2.62 0.29 5.83 91.25 Error rate relative to reference base (excluding blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: A pc C pc G pc T pc A 87.26 4.07 4.34 4.34 C 3.61 88.45 4.33 3.61 G 5.62 3.00 89.51 1.87 T 2.62 0.29 5.83 91.25 Error rate relative to sequenced base (excluding ref blanks) (Given a sequenced base, what was it really?) Read As: Really: A pc C pc G pc T pc N 0.00 0.00 0.00 0.00 A 90.45 2.81 4.21 2.53 C 5.58 91.08 2.97 0.37 G 5.57 4.18 83.28 6.97 T 4.65 2.91 1.45 90.99 Breakdown of errors by nucleotide Read As: Really: A ct C ct G ct T ct N 0 0 0 0 A 322 10 15 9 C 15 245 8 1 G 16 12 239 20 T 16 10 5 313 Full breakdown of errors by cycle and nucleotide Cycle: Read As: Really: A ct C ct G ct T ct 1 N 0 0 0 0 1 A 0 0 0 0 1 C 0 0 0 0 1 G 0 0 1 0 1 T 6 3 1 13 2 N 0 0 0 0 2 A 12 2 6 4 2 C 0 0 0 0 2 G 0 0 0 0 2 T 0 0 0 0 3 N 0 0 0 0 3 A 0 0 0 0 3 C 9 13 2 0 3 G 0 0 0 0 3 T 0 0 0 0 4 N 0 0 0 0 4 A 0 0 0 0 4 C 0 0 0 0 4 G 6 2 14 2 4 T 0 0 0 0 5 N 0 0 0 0 5 A 1 0 0 0 5 C 0 0 0 0 5 G 0 0 0 0 5 T 4 2 1 16 6 N 0 0 0 0 6 A 14 4 4 1 6 C 0 0 0 0 6 G 0 0 0 0 6 T 0 0 0 1 7 N 0 0 0 0 7 A 18 1 1 3 7 C 0 0 0 0 7 G 0 0 1 0 7 T 0 0 0 0 8 N 0 0 0 0 8 A 0 0 0 0 8 C 0 1 0 0 8 G 2 3 14 6 8 T 0 0 0 0 9 N 0 0 0 0 9 A 17 3 4 1 9 C 0 0 0 0 9 G 0 0 0 0 9 T 0 0 0 1 10 N 0 0 0 0 10 A 0 0 0 0 10 C 0 1 0 0 10 G 3 5 15 3 10 T 0 0 0 0 11 N 0 0 0 0 11 A 1 0 0 0 11 C 0 0 0 0 11 G 0 0 0 0 11 T 6 5 3 13 12 N 0 0 0 0 12 A 0 0 0 0 12 C 6 14 6 0 12 G 0 0 0 0 12 T 0 0 0 0 13 N 0 0 0 0 13 A 1 0 0 0 13 C 0 0 0 0 13 G 5 2 11 8 13 T 0 0 0 0 14 N 0 0 0 0 14 A 6 0 0 0 14 C 0 6 0 0 14 G 0 0 9 0 14 T 0 0 0 8 15 N 0 0 0 0 15 A 9 0 0 0 15 C 0 7 0 0 15 G 0 0 6 0 15 T 0 0 0 7 16 N 0 0 0 0 16 A 9 0 0 0 16 C 0 7 0 0 16 G 0 0 5 0 16 T 0 0 0 8 17 N 0 0 0 0 17 A 5 0 0 0 17 C 0 5 0 0 17 G 0 0 4 0 17 T 0 0 0 15 18 N 0 0 0 0 18 A 9 0 0 0 18 C 0 2 0 0 18 G 0 0 11 0 18 T 0 0 0 7 19 N 0 0 0 0 19 A 6 0 0 0 19 C 0 8 0 0 19 G 0 0 4 0 19 T 0 0 0 11 20 N 0 0 0 0 20 A 8 0 0 0 20 C 0 6 0 0 20 G 0 0 8 0 20 T 0 0 0 7 21 N 0 0 0 0 21 A 8 0 0 0 21 C 0 10 0 0 21 G 0 0 7 0 21 T 0 0 0 4 22 N 0 0 0 0 22 A 7 0 0 0 22 C 0 6 0 0 22 G 0 0 8 0 22 T 0 0 0 8 23 N 0 0 0 0 23 A 5 0 0 0 23 C 0 14 0 0 23 G 0 0 6 0 23 T 0 0 0 4 24 N 0 0 0 0 24 A 12 0 0 0 24 C 0 9 0 0 24 G 0 0 1 0 24 T 0 0 0 7 25 N 0 0 0 0 25 A 11 0 0 0 25 C 0 3 0 0 25 G 0 0 7 0 25 T 0 0 0 8 26 N 0 0 0 0 26 A 11 0 0 0 26 C 0 6 0 0 26 G 0 0 3 0 26 T 0 0 0 9 27 N 0 0 0 0 27 A 11 0 0 0 27 C 0 8 0 0 27 G 0 0 4 0 27 T 0 0 0 6 28 N 0 0 0 0 28 A 10 0 0 0 28 C 0 8 0 0 28 G 0 0 3 0 28 T 0 0 0 8 29 N 0 0 0 0 29 A 14 0 0 0 29 C 0 6 0 0 29 G 0 0 4 0 29 T 0 0 0 5 30 N 0 0 0 0 30 A 9 0 0 0 30 C 0 9 0 0 30 G 0 0 5 0 30 T 0 0 0 6 31 N 0 0 0 0 31 A 11 0 0 0 31 C 0 6 0 0 31 G 0 0 4 0 31 T 0 0 0 8 32 N 0 0 0 0 32 A 6 0 0 0 32 C 0 5 0 0 32 G 0 0 6 0 32 T 0 0 0 12 33 N 0 0 0 0 33 A 8 0 0 0 33 C 0 7 0 0 33 G 0 0 5 0 33 T 0 0 0 9 34 N 0 0 0 0 34 A 5 0 0 0 34 C 0 3 0 0 34 G 0 0 8 0 34 T 0 0 0 13 35 N 0 0 0 0 35 A 5 0 0 0 35 C 0 7 0 0 35 G 0 0 5 0 35 T 0 0 0 12 36 N 0 0 0 0 36 A 5 0 0 0 36 C 0 4 0 0 36 G 0 0 4 0 36 T 0 0 0 16 37 N 0 0 0 0 37 A 5 0 0 0 37 C 0 4 0 0 37 G 0 0 6 0 37 T 0 0 0 14 38 N 0 0 0 0 38 A 4 0 0 0 38 C 0 5 0 0 38 G 0 0 9 0 38 T 0 0 0 11 39 N 0 0 0 0 39 A 3 0 0 0 39 C 0 12 0 0 39 G 0 0 7 1 39 T 0 0 0 6 40 N 0 0 0 0 40 A 8 0 0 0 40 C 0 5 0 0 40 G 0 0 4 0 40 T 0 0 0 12 41 N 0 0 0 0 41 A 6 0 0 0 41 C 0 6 0 0 41 G 0 0 9 0 41 T 0 0 0 8 42 N 0 0 0 0 42 A 15 0 0 0 42 C 0 10 0 0 42 G 0 0 0 0 42 T 0 0 0 4 43 N 0 0 0 0 43 A 7 0 0 0 43 C 0 6 0 0 43 G 0 0 8 0 43 T 0 0 0 8 44 N 0 0 0 0 44 A 6 0 0 0 44 C 0 11 0 0 44 G 0 0 7 0 44 T 0 0 0 5 45 N 0 0 0 0 45 A 14 0 0 0 45 C 0 5 0 1 45 G 0 0 6 0 45 T 0 0 0 3 Error rate relative to reference by cycle/nucleotide Cycle: Read As: Really: A prp C prp G prp T prp @1 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @1 A 0.000 0.000 0.000 0.000 @1 C 0.000 0.000 0.000 0.000 @1 G 0.000 0.000 0.500 0.000 @1 T 1.000 1.000 0.500 1.000 @2 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @2 A 1.000 1.000 1.000 1.000 @2 C 0.000 0.000 0.000 0.000 @2 G 0.000 0.000 0.000 0.000 @2 T 0.000 0.000 0.000 0.000 @3 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @3 A 0.000 0.000 0.000 0.000 @3 C 1.000 1.000 1.000 0.000 @3 G 0.000 0.000 0.000 0.000 @3 T 0.000 0.000 0.000 0.000 @4 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @4 A 0.000 0.000 0.000 0.000 @4 C 0.000 0.000 0.000 0.000 @4 G 1.000 1.000 1.000 1.000 @4 T 0.000 0.000 0.000 0.000 @5 N 0.000 0.000 0.000 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blanks or less: Ranking Occurrences Words [Limited to first 100000 patterns seen] 1 17 TACGTAAGAGTCGCGACTCTTACGTAAGATCGGAAGAGCACACGT 2 6 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA TACGTAAGAGTCGCAAATCACCAGAAGGCGGTTCCTGAATGAATG TACGTAAGAGTCGGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTC 3 5 8 sequences 4 4 38 sequences 5 3 198 sequences 6 2 2820 sequences 7 1 96932 sequences The 11 most common blank patterns (N=any nonblank character) Ranking Occurrences Words 1 251530 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 2 21 .NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 3 11 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN................... NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.. 4 8 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNN.NNN 5 7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNN...N.N.N...N.N.N 6 6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNN..NN.N.N...N.N.N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N............... 7 5 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNN.NNN.N.N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNN.N.N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN... 8 4 NN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NN.N.N...N.N.N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NN.NNN...N.N.N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN..NNN...... 9 3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNN...... NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN..... NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.... NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N 10 2 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNN.....N.N...N.N.N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N................. NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN..N............ NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NN............ 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Log likelihood scores Cycle: Read As: Really: A C G T >1 N -47 -47 -47 -47 >1 A -47 -47 -47 -47 >1 C -47 -47 -47 -47 >1 G -47 -47 -47 -47 >1 T -45 -82 -134 11 >2 N -47 -47 -47 -47 >2 A 0 -104 -47 -69 >2 C -47 -47 -47 -47 >2 G -47 -47 -47 -47 >2 T -47 -47 -47 -47 >3 N -47 -47 -47 -47 >3 A -47 -47 -47 -47 >3 C -22 7 -104 -47 >3 G -47 -47 -47 -47 >3 T -47 -47 -47 -47 >4 N -47 -47 -47 -47 >4 A -47 -47 -47 -47 >4 C -47 -47 -47 -47 >4 G -47 -104 14 -104 >4 T -47 -47 -47 -47 >5 N -47 -47 -47 -47 >5 A -47 -47 -47 -47 >5 C -47 -47 -47 -47 >5 G -47 -47 -47 -47 >5 T -67 -102 -134 35 >6 N -47 -47 -47 -47 >6 A 19 -67 -67 -134 >6 C -47 -47 -47 -47 >6 G -47 -47 -47 -47 >6 T -47 -47 -47 -47 >7 N -47 -47 -47 -47 >7 A 55 -134 -134 -82 >7 C -47 -47 -47 -47 >7 G -47 -47 -47 -47 >7 T -47 -47 -47 -47 >8 N -47 -47 -47 -47 >8 A -47 -47 -47 -47 >8 C -47 -47 -47 -47 >8 G -106 -86 10 -50 >8 T -47 -47 -47 -47 >9 N -47 -47 -47 -47 >9 A 32 -86 -72 -138 >9 C -47 -47 -47 -47 >9 G -47 -47 -47 -47 >9 T -47 -47 -47 -47 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