# Lane 8 : Tile 15 : Raw : Read 1 Aligned bases (outside insertions or deletions) :- 1616 bases of sequence found 162 were errors 0 were blanks 10.02 percent error rate 0.00 percent blank rate Indels :- 2 insertions 4 insertion bases mean insertion length 2.00 0 deletions unique alignments : 36 (total score 1709) cycles : 45 All error breakdowns and patterns below refer to non-indel bases. Breakdown of errors by cycle Cycle: Err pc: Blank pc: 1 33.33 0.00 2 33.33 0.00 3 36.11 0.00 4 47.22 0.00 5 38.89 0.00 6 22.22 0.00 7 27.78 0.00 8 44.44 0.00 9 30.56 0.00 10 25.00 0.00 11 38.89 0.00 12 35.29 0.00 13 38.24 0.00 14 0.00 0.00 15 0.00 0.00 16 0.00 0.00 17 0.00 0.00 18 0.00 0.00 19 0.00 0.00 20 0.00 0.00 21 0.00 0.00 22 0.00 0.00 23 0.00 0.00 24 0.00 0.00 25 0.00 0.00 26 0.00 0.00 27 0.00 0.00 28 0.00 0.00 29 0.00 0.00 30 0.00 0.00 31 0.00 0.00 32 0.00 0.00 33 0.00 0.00 34 0.00 0.00 35 0.00 0.00 36 0.00 0.00 37 0.00 0.00 38 0.00 0.00 39 2.78 0.00 40 0.00 0.00 41 0.00 0.00 42 0.00 0.00 43 0.00 0.00 44 0.00 0.00 45 0.00 0.00 Error rate relative to reference base (including blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: N pc A pc C pc G pc T pc A 0.00 89.98 2.20 3.61 4.21 C 0.00 2.61 88.41 5.80 3.19 G 0.00 4.90 2.02 90.78 2.31 T 0.00 3.89 1.81 4.66 89.64 Error rate relative to reference base (excluding blanks) (Given a reference base, what is it sequenced as?) Really: Read As: A pc C pc G pc T pc A 89.98 2.20 3.61 4.21 C 2.61 88.41 5.80 3.19 G 4.90 2.02 90.78 2.31 T 3.89 1.81 4.66 89.64 Error rate relative to sequenced base (excluding ref blanks) (Given a sequenced base, what was it really?) Read As: Really: A pc C pc G pc T pc N 0.00 0.00 0.00 0.00 A 91.63 1.84 3.47 3.06 C 3.33 92.42 2.12 2.12 G 4.85 5.39 84.91 4.85 T 5.44 2.85 2.07 89.64 Breakdown of errors by nucleotide Read As: Really: A ct C ct G ct T ct N 0 0 0 0 A 449 9 17 15 C 11 305 7 7 G 18 20 315 18 T 21 11 8 346 Full breakdown of errors by cycle and nucleotide Cycle: Read As: Really: A ct C ct G ct T ct 1 N 0 0 0 0 1 A 0 0 0 0 1 C 0 0 0 0 1 G 0 0 0 0 1 T 8 2 2 20 2 N 0 0 0 0 2 A 20 3 5 4 2 C 0 0 0 0 2 G 0 0 0 0 2 T 0 0 0 0 3 N 0 0 0 0 3 A 0 0 0 0 3 C 8 19 2 3 3 G 0 0 0 0 3 T 0 0 0 0 4 N 0 0 0 0 4 A 0 0 0 0 4 C 0 0 0 0 4 G 8 3 14 6 4 T 0 0 0 1 5 N 0 0 0 0 5 A 0 0 0 0 5 C 0 0 0 0 5 G 0 0 0 0 5 T 7 3 4 18 6 N 0 0 0 0 6 A 24 0 5 3 6 C 0 0 0 0 6 G 0 0 0 0 6 T 0 0 0 0 7 N 0 0 0 0 7 A 21 3 3 4 7 C 0 0 0 0 7 G 0 0 1 0 7 T 0 0 0 0 8 N 0 0 0 0 8 A 1 0 0 0 8 C 0 0 0 0 8 G 4 6 16 6 8 T 0 0 0 0 9 N 0 0 0 0 9 A 20 3 4 4 9 C 0 0 0 0 9 G 0 0 2 0 9 T 0 0 0 0 10 N 0 0 0 0 10 A 1 0 0 0 10 C 0 0 0 0 10 G 5 3 23 1 10 T 0 0 0 0 11 N 0 0 0 0 11 A 1 0 0 0 11 C 0 2 0 0 11 G 0 0 0 0 11 T 6 6 2 18 12 N 0 0 0 0 12 A 2 0 0 0 12 C 3 18 5 4 12 G 0 0 0 0 12 T 0 0 0 1 13 N 0 0 0 0 13 A 2 0 0 0 13 C 0 0 0 0 13 G 1 8 18 4 13 T 0 0 0 1 14 N 0 0 0 0 14 A 9 0 0 0 14 C 0 6 0 0 14 G 0 0 13 0 14 T 0 0 0 8 15 N 0 0 0 0 15 A 9 0 0 0 15 C 0 8 0 0 15 G 0 0 8 0 15 T 0 0 0 11 16 N 0 0 0 0 16 A 16 0 0 0 16 C 0 7 0 0 16 G 0 0 6 0 16 T 0 0 0 7 17 N 0 0 0 0 17 A 9 0 0 0 17 C 0 7 0 0 17 G 0 0 5 0 17 T 0 0 0 15 18 N 0 0 0 0 18 A 14 0 0 0 18 C 0 3 0 0 18 G 0 0 10 0 18 T 0 0 0 9 19 N 0 0 0 0 19 A 9 0 0 0 19 C 0 6 0 0 19 G 0 0 7 0 19 T 0 0 0 14 20 N 0 0 0 0 20 A 9 0 0 0 20 C 0 4 0 0 20 G 0 0 12 0 20 T 0 0 0 11 21 N 0 0 0 0 21 A 13 0 0 0 21 C 0 8 0 0 21 G 0 0 7 0 21 T 0 0 0 8 22 N 0 0 0 0 22 A 11 0 0 0 22 C 0 8 0 0 22 G 0 0 8 0 22 T 0 0 0 9 23 N 0 0 0 0 23 A 9 0 0 0 23 C 0 14 0 0 23 G 0 0 8 0 23 T 0 0 0 5 24 N 0 0 0 0 24 A 20 0 0 0 24 C 0 9 0 0 24 G 0 0 2 0 24 T 0 0 0 5 25 N 0 0 0 0 25 A 12 0 0 0 25 C 0 4 0 0 25 G 0 0 12 0 25 T 0 0 0 8 26 N 0 0 0 0 26 A 14 0 0 0 26 C 0 7 0 0 26 G 0 0 4 0 26 T 0 0 0 11 27 N 0 0 0 0 27 A 12 0 0 0 27 C 0 11 0 0 27 G 0 0 6 0 27 T 0 0 0 7 28 N 0 0 0 0 28 A 11 0 0 0 28 C 0 9 0 0 28 G 0 0 8 0 28 T 0 0 0 8 29 N 0 0 0 0 29 A 16 0 0 0 29 C 0 6 0 0 29 G 0 0 10 0 29 T 0 0 0 4 30 N 0 0 0 0 30 A 10 0 0 0 30 C 0 15 0 0 30 G 0 0 3 0 30 T 0 0 0 8 31 N 0 0 0 0 31 A 7 0 0 0 31 C 0 9 0 0 31 G 0 0 10 0 31 T 0 0 0 10 32 N 0 0 0 0 32 A 9 0 0 0 32 C 0 10 0 0 32 G 0 0 8 0 32 T 0 0 0 9 33 N 0 0 0 0 33 A 10 0 0 0 33 C 0 13 0 0 33 G 0 0 4 0 33 T 0 0 0 9 34 N 0 0 0 0 34 A 12 0 0 0 34 C 0 6 0 0 34 G 0 0 8 0 34 T 0 0 0 10 35 N 0 0 0 0 35 A 5 0 0 0 35 C 0 11 0 0 35 G 0 0 9 0 35 T 0 0 0 11 36 N 0 0 0 0 36 A 5 0 0 0 36 C 0 11 0 0 36 G 0 0 11 0 36 T 0 0 0 9 37 N 0 0 0 0 37 A 8 0 0 0 37 C 0 14 0 0 37 G 0 0 3 0 37 T 0 0 0 11 38 N 0 0 0 0 38 A 12 0 0 0 38 C 0 6 0 0 38 G 0 0 12 0 38 T 0 0 0 6 39 N 0 0 0 0 39 A 9 0 0 0 39 C 0 8 0 0 39 G 0 0 6 1 39 T 0 0 0 12 40 N 0 0 0 0 40 A 14 0 0 0 40 C 0 5 0 0 40 G 0 0 4 0 40 T 0 0 0 13 41 N 0 0 0 0 41 A 11 0 0 0 41 C 0 6 0 0 41 G 0 0 12 0 41 T 0 0 0 7 42 N 0 0 0 0 42 A 18 0 0 0 42 C 0 6 0 0 42 G 0 0 3 0 42 T 0 0 0 9 43 N 0 0 0 0 43 A 6 0 0 0 43 C 0 8 0 0 43 G 0 0 11 0 43 T 0 0 0 11 44 N 0 0 0 0 44 A 14 0 0 0 44 C 0 9 0 0 44 G 0 0 8 0 44 T 0 0 0 5 45 N 0 0 0 0 45 A 14 0 0 0 45 C 0 12 0 0 45 G 0 0 3 0 45 T 0 0 0 7 Error rate relative to reference by cycle/nucleotide Cycle: Read As: Really: A prp C prp G prp T prp @1 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @1 A 0.000 0.000 0.000 0.000 @1 C 0.000 0.000 0.000 0.000 @1 G 0.000 0.000 0.000 0.000 @1 T 1.000 1.000 1.000 1.000 @2 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @2 A 1.000 1.000 1.000 1.000 @2 C 0.000 0.000 0.000 0.000 @2 G 0.000 0.000 0.000 0.000 @2 T 0.000 0.000 0.000 0.000 @3 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @3 A 0.000 0.000 0.000 0.000 @3 C 1.000 1.000 1.000 1.000 @3 G 0.000 0.000 0.000 0.000 @3 T 0.000 0.000 0.000 0.000 @4 N 0.000 0.000 0.000 0.000 @4 A 0.000 0.000 0.000 0.000 @4 C 0.000 0.000 0.000 0.000 @4 G 1.000 1.000 1.000 0.857 @4 T 0.000 0.000 0.000 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1577 11227340 The 7 most common words with 2 blanks or less: Ranking Occurrences Words [Limited to first 100000 patterns seen] 1 7 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA TACGTAAGAGTCGCGACTCTTACGTAAGATCGGAAGAGCACACGT 2 6 GGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAAT 3 5 TACGTAAGAGTCGAACAACTGAACGGACTGGAAACACTGGTCATA TACGTAAGAGTCGAATTTCACGCGGCGGCAAGTTGCCATACAAAA TACGTAAGAGTCGATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAAT TACGTAAGAGTCGTCATTTCCATGCGGTGCACTTTATGCGGACAC 4 4 37 sequences 5 3 205 sequences 6 2 2362 sequences 7 1 97389 sequences The 21 most common blank patterns (N=any nonblank character) Ranking Occurrences Words 1 249022 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 2 92 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.. 3 66 N.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 4 65 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N............... 5 55 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN............. 6 53 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N.NN..N..... 7 40 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN..N................. 8 36 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N.................... 9 33 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N.NNNNNNNNNNNN 10 24 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN............... 11 13 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N..... 12 11 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N.NNNNNN.NN.NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NN..N..... 13 10 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N.NNN.NN.NN.NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNN 14 9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN..N.N............... 15 8 NNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN....N........ 16 7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N............. 17 6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N.NNN.NN..N.NN 18 4 NNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNN.N.NNN.NN..N.NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN. 19 3 NNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNN.N.NNN.NN.NN.NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N.NNNNNN.NNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N..N..N..... NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNN.. 20 2 NNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNN.N.NNN..N..N.NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N.NNNNNNNNN.NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NN.... NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NN.N.. 21 1 8 sequences Log likelihood scores Cycle: Read As: Really: A C G T >1 N -47 -47 -47 -47 >1 A -47 -47 -47 -47 >1 C -47 -47 -47 -47 >1 G -47 -47 -47 -47 >1 T -47 -117 -117 22 >2 N -47 -47 -47 -47 >2 A 22 -98 -73 -84 >2 C -47 -47 -47 -47 >2 G -47 -47 -47 -47 >2 T -47 -47 -47 -47 >3 N -47 -47 -47 -47 >3 A -47 -47 -47 -47 >3 C -47 16 -117 -98 >3 G -47 -47 -47 -47 >3 T -47 -47 -47 -47 >4 N -47 -47 -47 -47 >4 A -47 -47 -47 -47 >4 C -47 -47 -47 -47 >4 G -45 -97 -8 -61 >4 T -47 -47 -47 -47 >5 N -47 -47 -47 -47 >5 A -47 -47 -47 -47 >5 C -47 -47 -47 -47 >5 G -47 -47 -47 -47 >5 T -55 -98 -84 10 >6 N -47 -47 -47 -47 >6 A 47 -47 -73 -98 >6 C -47 -47 -47 -47 >6 G -47 -47 -47 -47 >6 T -47 -47 -47 -47 >7 N -47 -47 -47 -47 >7 A 32 -97 -97 -82 >7 C -47 -47 -47 -47 >7 G -47 -47 -47 -47 >7 T -47 -47 -47 -47 >8 N -47 -47 -47 -47 >8 A -47 -47 -47 -47 >8 C -47 -47 -47 -47 >8 G -84 -63 0 -63 >8 T -47 -47 -47 -47 >9 N -47 -47 -47 -47 >9 A 25 -97 -82 -82 >9 C -47 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