#ifndef ENSASSEMBLYEXCEPTION_H
#define ENSASSEMBLYEXCEPTION_H

/* ==================================================================== */
/* ========================== include files =========================== */
/* ==================================================================== */

#include "ensdatabaseadaptor.h"

AJ_BEGIN_DECLS




/* ==================================================================== */
/* ============================ constants ============================= */
/* ==================================================================== */

/* @const EnsEAssemblyexceptionType *******************************************
**
** Ensembl Assembly Exception Type enumeration.
**
******************************************************************************/

typedef enum EnsOAssemblyexceptionType
{
    ensEAssemblyexceptionTypeNULL,
    ensEAssemblyexceptionTypeHAP,
    ensEAssemblyexceptionTypePAR,
    ensEAssemblyexceptionTypePatchFix,
    ensEAssemblyexceptionTypePatchNovel,
    ensEAssemblyexceptionTypeHAPRef,
    ensEAssemblyexceptionTypePatchFixRef,
    ensEAssemblyexceptionTypePatchNovelRef
} EnsEAssemblyexceptionType;




/* ==================================================================== */
/* ========================== public data ============================= */
/* ==================================================================== */

/* @data EnsPAssemblyexceptionadaptor *****************************************
**
** Ensembl Assembly Exception Adaptor.
**
** @alias EnsSAssemblyexceptionadaptor
** @alias EnsOAssemblyexceptionadaptor
**
** @attr Adaptor [EnsPDatabaseadaptor] Ensembl Database Adaptor
** @attr CacheByReferenceSeqregion [AjPTable] Ensembl Assembly Exception cache
**                                            indexed on reference
**                                            Ensembl Sequence Region
**                                            identifiers
** @@
******************************************************************************/

typedef struct EnsSAssemblyexceptionadaptor
{
    EnsPDatabaseadaptor Adaptor;
    AjPTable CacheByReferenceSeqregion;
} EnsOAssemblyexceptionadaptor;

#define EnsPAssemblyexceptionadaptor EnsOAssemblyexceptionadaptor*




/* @data EnsPAssemblyexception ************************************************
**
** Ensembl Assembly Exception.
**
** An Ensembl Assembly Exception object encapsulates information about
** exceptions in the reference assembly path. Currently, the Ensembl system
** models two types of assembly exceptions.
**
** Haplotype (HAPs) assemblies represent alternative assembly paths of regions
** of increased genetic variablility.
** Pseudo-autosomal regions (PARs) are paired stretches at either tip of
** (mammalian) sex chromosomes where frequent chrossing over events occur.
** Due to the frequent exchange of genetic material those sequences represent
** exact copies of each other.
**
** @alias EnsSAssemblyexception
** @alias EnsOAssemblyexception
**
** @attr Use [ajuint] Use counter
** @cc Bio::EnsEMBL::Storable
** @attr Identifier [ajuint] SQL database-internal identifier
** @attr Adaptor [EnsPAssemblyexceptionadaptor] Ensembl Assembly
**                                              Exception Adaptor
** @cc Bio::EnsEMBL::AssemblyException
** @attr ReferenceSeqregion [ajuint] Ensembl Sequence Region identifier
** @attr ReferenceStart [ajuint] Ensembl Sequence Region start
** @attr ReferenceEnd [ajuint] Ensembl Sequence Region end
** @attr ExceptionSeqregion [ajuint] Ensembl Sequence Region identifier
** @attr ExceptionStart [ajuint] Ensembl Sequence Region start
** @attr ExceptionEnd [ajuint] Ensembl Sequence Region end
** @attr Orientation [ajint] Orientation
** @attr Type [EnsEAssemblyexceptionType] Type
** @@
******************************************************************************/

typedef struct EnsSAssemblyexception
{
    ajuint Use;
    ajuint Identifier;
    EnsPAssemblyexceptionadaptor Adaptor;
    ajuint ReferenceSeqregion;
    ajuint ReferenceStart;
    ajuint ReferenceEnd;
    ajuint ExceptionSeqregion;
    ajuint ExceptionStart;
    ajuint ExceptionEnd;
    ajint Orientation;
    EnsEAssemblyexceptionType Type;
} EnsOAssemblyexception;

#define EnsPAssemblyexception EnsOAssemblyexception*




/* ==================================================================== */
/* ======================= public functions =========================== */
/* ==================================================================== */

/*
** Prototype definitions
*/

/* Ensembl Assembly Exception */

EnsPAssemblyexception ensAssemblyexceptionNewCpy(
    const EnsPAssemblyexception ae);

EnsPAssemblyexception ensAssemblyexceptionNewIni(
    EnsPAssemblyexceptionadaptor aea,
    ajuint identifier,
    ajuint srid,
    ajuint srstart,
    ajuint srend,
    ajuint erid,
    ajuint erstart,
    ajuint erend,
    ajint ori,
    EnsEAssemblyexceptionType aet);

EnsPAssemblyexception ensAssemblyexceptionNewRef(EnsPAssemblyexception ae);

void ensAssemblyexceptionDel(EnsPAssemblyexception* Pae);

EnsPAssemblyexceptionadaptor ensAssemblyexceptionGetAdaptor(
    const EnsPAssemblyexception ae);

ajuint ensAssemblyexceptionGetExceptionEnd(
    const EnsPAssemblyexception ae);

ajuint ensAssemblyexceptionGetExceptionSeqregion(
    const EnsPAssemblyexception ae);

ajuint ensAssemblyexceptionGetExceptionStart(
    const EnsPAssemblyexception ae);

ajuint ensAssemblyexceptionGetIdentifier(
    const EnsPAssemblyexception ae);

ajint ensAssemblyexceptionGetOrientation(
    const EnsPAssemblyexception ae);

ajuint ensAssemblyexceptionGetReferenceEnd(
    const EnsPAssemblyexception ae);

ajuint ensAssemblyexceptionGetReferenceSeqregion(
    const EnsPAssemblyexception ae);

ajuint ensAssemblyexceptionGetReferenceStart(
    const EnsPAssemblyexception ae);

EnsEAssemblyexceptionType ensAssemblyexceptionGetType(
    const EnsPAssemblyexception ae);

AjBool ensAssemblyexceptionSetAdaptor(EnsPAssemblyexception ae,
                                      EnsPAssemblyexceptionadaptor aea);

AjBool ensAssemblyexceptionSetExceptionEnd(EnsPAssemblyexception ae,
                                           ajuint erend);

AjBool ensAssemblyexceptionSetExceptionSeqregion(EnsPAssemblyexception ae,
                                                 ajuint erid);

AjBool ensAssemblyexceptionSetExceptionStart(EnsPAssemblyexception ae,
                                             ajuint erstart);

AjBool ensAssemblyexceptionSetIdentifier(EnsPAssemblyexception ae,
                                         ajuint identifier);

AjBool ensAssemblyexceptionSetOrientation(EnsPAssemblyexception ae,
                                          ajint orientation);

AjBool ensAssemblyexceptionSetReferenceEnd(EnsPAssemblyexception ae,
                                           ajuint srend);

AjBool ensAssemblyexceptionSetReferenceSeqregion(EnsPAssemblyexception ae,
                                                 ajuint srid);

AjBool ensAssemblyexceptionSetReferenceStart(EnsPAssemblyexception ae,
                                             ajuint srstart);

AjBool ensAssemblyexceptionSetType(EnsPAssemblyexception ae,
                                   EnsEAssemblyexceptionType type);

AjBool ensAssemblyexceptionTrace(const EnsPAssemblyexception ae, ajuint level);

ajuint ensAssemblyexceptionCalculateExceptionLength(
    const EnsPAssemblyexception ae);

size_t ensAssemblyexceptionCalculateMemsize(const EnsPAssemblyexception ae);

ajuint ensAssemblyexceptionCalculateReferenceLength(
    const EnsPAssemblyexception ae);

EnsEAssemblyexceptionType ensAssemblyexceptionTypeFromStr(const AjPStr type);

const char* ensAssemblyexceptionTypeToChar(
    const EnsEAssemblyexceptionType aet);

AjBool ensListAssemblyexceptionSortReferenceEndAscending(AjPList aes);

AjBool ensListAssemblyexceptionSortReferenceEndDescending(AjPList aes);

/* Ensembl Assembly Exception Adaptor */

EnsPAssemblyexceptionadaptor ensRegistryGetAssemblyexceptionadaptor(
    EnsPDatabaseadaptor dba);

EnsPAssemblyexceptionadaptor ensAssemblyexceptionadaptorNew(
    EnsPDatabaseadaptor dba);

EnsPDatabaseadaptor ensAssemblyexceptionadaptorGetDatabaseadaptor(
    EnsPAssemblyexceptionadaptor aea);

void ensAssemblyexceptionadaptorDel(EnsPAssemblyexceptionadaptor* Paea);

AjBool ensAssemblyexceptionadaptorFetchAll(
    const EnsPAssemblyexceptionadaptor aea,
    AjPList aes);

AjBool ensAssemblyexceptionadaptorFetchAllbyReferenceSeqregion(
    const EnsPAssemblyexceptionadaptor aea,
    ajuint srid,
    AjPList aes);

/*
** End of prototype definitions
*/




AJ_END_DECLS

#endif /* !ENSASSEMBLYEXCEPTION_H */