July 18, 2008, Dr. Brian Fristensky, University of Manitoba
 dbsout.py - Extract hit lines or ID#'s from BLAST or FASTA output
            Send output to files or windows.
 
 Synopsis:
  dbsout.py infile [-e ethreshold] -d destination [outfile]
       IFN - output from BLAST or FASTA
       -e     - only select output for which the ETHRESHOLD is
                 <= ethreshold
       -d     - destination: one of the folloeing:
                 textedit - open output files in text editor
                   specified by the $GDE_TEXTEDIT environment variable
                files - write to files, using the basename
                 specified by destination.
                GDE - send hit lines to a GDE window
       outfile - basename for outputfile(s)
 
@modified: May 26 2010
@author: Dale Hamel
@contact: umhameld@cc.umanitoba.ca

Modules
		os re shutil sys

Classes
		Identifiers Parameters   class Identifiers     For a given database, a list of IDs from hit lines     Methods defined here: __init__(self) Initializes arguments:       db=""       list=[]       ofn="" writeFile(self, ONAME) @param ONAME: Name of the output file @type ONAME:str   class Parameters     Wrapper class for command line parameters By default, ETHRESHOLD is set to 10000, so that all hits will be returned, if -e is not set at the command line     Methods defined here: __init__(self) Initializes arguments:       IFN=""       ETHRESHOLD=float(10000)       DESTINATION=""       OFN=""       PID=""       TWOIDS="" Then calls read_args() to fill in their values from command line read_args(self) Read command line arguments into a Parameter object

Functions
		PARSEBLAST(P, HITS, ID1, ID2) Parse database identifiers from BLAST hit lines PARSEFASTA(HITS, ID1) Parse database identifiers from FASTA hit lines READHITS(P, HITS) Read hit lines from FASTA or BLAST output file RUNDGDE(P, ID1, ID2) Run the dgde in the background and  remove the temporary file when done RUNTEXTEDIT(OFN) Run the texteditor in the background and remove the temporary file when done main() Called when not in documentation mode.

Data
		BM = <birchlib.Birchmod instance> PROGRAM = 'dbsout.py : ' USAGE = '\n\tUSAGE: dbsout.py infile [-e ethreshold] -d destination [outfile]' blib = '/home/u11/umhameld/public_html/local/pylib/'