Jan.  4, 2006, Dr. Brian Fristensky, University of Manitoba
 
 Description: Convert a file of trees to a GDE
 flat file. 
 
 Synopsis: tree2flat.py infile outfile
 
 Files: infile      file of trees in Phylip tree format
 
        outfile     GDE flat file, containing one or more
                    trees
 
@modified: May 26 2010
@author: Dale Hamel
@contact: umhameld@cc.umanitoba.ca

Modules
		os re sys

Classes
		Parameters   class Parameters       Methods defined here: __init__(self) Initializes arguments:         IFN=""         OFN="" Then calls read_args() to fill in their values from command line read_args(self) Read command line arguments into a Parameters object

Functions
		GETTREES(FN) - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Read a file containing one or more trees, where a tree can be defined by the regular expression    (.*);   In practice, it is more complicated, because we need to strip off leading and trailing whitespace, including newline characters. The quickest way seems to be to  read in lines and concatenate them into big lines, stripping whitespace as we go. When a line contains a semicolon (;), we break it into two lines and begin a new tree. WRITETREES(OUTFILE, IFN, TREES) For each tree in TREES, write an entry in the form  "name  tree  where the name is the input file name, followed by a number, and tree is the tree on a single line main() Called when not in documentation mode.

Data
		BM = <birchlib.Birchmod instance> PROGRAM = 'tree2flat.py ' USAGE = '\n\tUSAGE: tree2flat.py infile outfile' blib = '/home/u11/umhameld/public_html/local/pylib/'